Три года прошло мирно: в 1395 году митрополит Киприан приехал в Новгород вместе с послом патриаршим и запросил суда; новгородцы суда ему не дали, и несмотря на то, при отъезде он благословил владыку Ивана и весь Великий Новгород. Но в 1397 году великий князь вдруг послал за Волок на Двину бояр своих, приказавши объявить всей Двинской свободе (колонии): "Чтоб вам задаться за великого князя, а от Новгорода бы отняться? Князь великий хочет вас от Новгорода оборонять, хочет стоять за вас". В дошедших до нас летописях выставлена одна причина такого поступка великокняжеского: Василий Димитриевич вместе с Витовтом литовским отправили послов своих к новгородцам с требованием разорвать мир с немцами; новгородцы не послушались князей и дали такой ответ в Москву: "Князь Василий! С тобою у нас мир, с Витовтом другой, с немцами третий!" Но есть очень вероятное известие, что великий князь решился захватить Заволоцкую свободу, узнавши о сношениях новгородцев с Витовтом литовским, который склонял их поддаться ему.
Как бы то ни было, бояре двинские и все двиняне задались за великого князя и целовали ему крест; но Василий не удовольствовался этим, послал войско захватить Волок Ламский, Торжок, Бежецкий Верх, Вологду, после чего сложил с себя крестное целование к Новгороду и крестную грамоту скинул. Новгородцы сделали то же самое, но хотели кончить дело миром, и когда митрополит прислал ко владыке, чтоб тот ехал в Москву по святительским делам, то вместе с архиепископом новгородцы отправили к великому князю послов своих: владыка подал великому князю благословение и доброе слово, а послы - челобитье от Новгорода; владыка говорил Василию: "Чтоб тебе, господин сын князь великий, мое благословение и доброе слово и новгородское челобитье принять, от Новгорода от своих мужей вольных нелюбье отложить, принять их в старину; чтобы при твоем, сын, княжении другого кровопролития между христианами не было; а что ты, сын князь великий, на крестном целовании отнял у Новгорода Заволочье, Торжок, Волок, Вологду, Бежецкий Верх, того, князь великий, отступись, пусть пойдет то к Новгороду по старине, и общий суд на порубежьи отложи потому что это не старина". Но великий князь не принял ни благословения, ни доброго слова от владыки, ни челобитья от послов новгородских и мира не взял.
Тогда на следующий (1398) год, весною, новгородцы сказали своему господину владыке отцу Иоанну: "Не можем, господин отец, терпеть такого насилия от своего князя великого, Василия Димитриевича, что отнял у нас, у св. Софии и у Великого Новгорода пригороды и волости, нашу отчину и дедину, хотим поискать их", - и целовали крест все за один брат, что отыскивать им пригородов и волостей св.
Софии и Великого Новгорода, сказали: "Или найдем свою отчину, или головы свои положим за св. Софию и за своего господина, за Великий Новгород". Владыка Иоанн благословил своих детей, и новгородцы с тремя воеводами отправились за Волок, на Двину, к городку Орлецу. На дороге встретил их вельский волостель владыкин, Исаия, и сказал: "Господа воеводы новгородские! наехал князя великого боярин Андрей с двинянами на Софийскую волость Вель в самый велик день, волость св.
Софии повоевали, а на головах окуп взяли; от великого князя приехал в засаду, на Двину, князь Федор ростовский городок беречь, судить и пошлины брать с новгородских волостей, а двинские воеводы, Иван да Конон, с своими друзьями волости новгородские и бояр новгородских поделили себе на части". Услыхавши об этом, новгородские воеводы сказали друг другу: "Братья! если так вздумал господин наш князь великий с клятвопреступниками двинскими воеводами, то лучше нам умереть за св. Софию, чем быть в обиде от своего великого князя", - и пошли на великокняжеские волости, на Белоозеро, взяли их на щит, повоевали и пожгли; старый городок белозерский пожгли, а из нового вышли князья белозерские с великокняжескими воеводами и добили челом воеводам новгородскими всему войску, заплативши 60 рублей окупа. Новгородцы захватили и Кубенские волости, воевали около Вологды, взяли и сожгли Устюг, где оставались четыре недели; отсюда двое воевод с детьми боярскими ходили к Галичу и только одного дня не дошли до него.
Добычу взяли новгородцы страшную; пленников отпустили на окуп, потому что уже лодьи не поднимали, и многое принуждены были бросить. С Устюга Двиною пошли новгородцы к городку Орлецу, стояли под ним четыре недели, но когда начали бить пороками, то двиняне вышли из городка с плачем, и воеводы, по новгородскому слову, приняли их челобитье, схватили только воевод заволоцких, которые водили Двинскую землю на зло, по словам летописца: одних казнили смертию, других сковали, у князя Федора ростовского взяли присуд и пошлины, которые он побрал, а самого с товарищами оставили в живых; у гостей великокняжеских взяли окупа 300 рублей; у двинян за их вину взяли 2000 рублей да 3000 лошадей. С торжеством возвратилось новгородское войско домой, из 3000 человек потерявши только одного.
Пленный воевода заволоцкий Иван Никитин как главный переветник скинут был с моста; братья его Герасим и Родион выпросили себе у Великого Новгорода жизнь с условием постричься в монахи; четвертый, Анфал, убежал с дороги; за ним погнался Яков Прокофьев с 700 человек и пригнал к Устюгу, где в то время был ростовский архиепископ Григорий и князь Юрий Андреевич; Яков спросил владыку Григория, князя Юрия и устюжан: "Стоите ли за беглеца новгородского Анфала?" Те отвечали, что не стоят. Тогда Яков пошел дальше за Анфалом и настиг его за Медвежьею горою, где беглец с товарищами своими устроил себе острог и бился из-за него с новгородцами; устюжане обманули Якова и в числе 2000 человек пришли на помощь к Анфалу и бились с новгородцами крепко на реке Сухоне, у порога Стрельного: Яков победил, убил 400 человек устюжан и дружины Анфаловой, перетопил других в Сухоне, но сам Анфал убежал в Устюг. Это было уже в 1399 году; но еще в предыдущем 1398 новгородцы, несмотря на свои успехи, отправили к великому князю архимандрита, посадника, тысяцкого и двоих житых людей со вторичною просьбою о мире и получили его на старинных условиях.