Гален обращается к работам Гиппократа, чтобы показать, насколько в медицинской практике важно уметь различать сходства и различия вещей и к каким ошибкам может привести отсутствие этого навыка. Так, в сочинении «О врачебном кабинете» есть рассуждение о таких состояниях, как вывих плеча и отрыв акромиона. Для правильной постановки диагноза важно, чтобы врач, несмотря на их кажущееся сходство, сумел увидеть различия и поставить правильный диагноз. В сочинении «О суставах» Гиппократ разбирает клиническую картину, наблюдаемую при смещении позвонка и повреждении его остистого отростка. Эти состояния также похожи, но одно из них легко устраняется, а другое имеет серьезные последствия. Из-за неумения их различать многие врачи ошибаются, что ведет к назначению неправильного лечения и может причинить вред пациенту. Гален говорит о том, что «постижение сходств и различий имеет большое значение, и каждый мастер должен понимать, подобны или различны вещи, которыми он занимается» (фрг. 9.4.30). На основе медицинского материала Гален делает обобщение, верное для любой сферы человеческого знания, и как бы переводит обсуждение со «специального» (медицинского) на «общий» (философский) уровень.
Гален вновь говорит о том, что правильному владению научным методом необходимо учиться у Гиппократа и Платона:
9.4.31. Однако, поскольку знание, о котором мы говорим, зависит прежде всего от практики, следует не искать обобщенного знания, но упражняться на многих и разнообразных примерах, и особенно на примерах, переданных нам теми, кто лучше всего овладел этим искусством, — Гиппократом и Платоном.
Он вновь обращается к трудам Платона, на первый взгляд не имеющим непосредственного отношения к медицине: ссылки на фрагменты из диалогов «Государство», «Федр», «Филеб» и «Софист» предваряет повторяющаяся вновь, как и перед разбором текстов Гиппократа, постановка вопроса. Отрывки из работ Платона позволяют Галену проиллюстрировать и необходимость применения научного метода в том числе в медицине. Помимо метода установления сходств и различий предметов, Гален говорит о том, что Платон «тренирует нас в методе разделения», который заключается в умении переходить от общего к частному и наоборот. Гален вслед за Платоном и Аристотелем указывает, что научный метод может быть индуктивным и дедуктивным:
9.5.11. К этому способу рассмотрения близок и так называемый метод разделения, в котором тренирует нас Платон в «Софисте» и «Государстве»…
9.5.12. Итак, в «Софисте» и «Государстве» он учит, как можно вместо произнесения термина разъяснять в ясных и кратких словах его значение…
9.5.13. В «Филебе» и «Федре» он показывает, что для формирования научного мышления необходимо двумя способами тренировать навык разделения и объединения: от первого и наиболее общего переходить к тому, что более не приемлет деления, проводя разделения посередине между этими крайностями, — в «Софисте» и «Государстве» он показал, что именно таким образом составляются определения видов, — и наоборот, от более частных и многочисленных видов подниматься к первому роду посредством объединения. Ведь путь в обоих случаях один, а направления два: от общего к частному и наоборот.
По Галену, знание о природе не может быть достоверным и истинным, если оно, с одной стороны, умозрительно и отвлечено от действительности, с другой — основывается на изменчивом «чувственном» мнении:
9.6.21. Ведь нет ничего удивительного в том, что в философии большинство разногласий не прекращаются: вопросы философии не могут быть окончательно решены с помощью эксперимента, поэтому некоторые считают, что мир не был сотворен, а другие — что был, как некоторые считают, что этот мир снаружи ничто не окружает, а другие говорят, что нечто окружает его, и из последних одни считают, что окружает его некая пустота, не имеющая в себе никакой материи, а другие — что существует бесконечное число иных миров, и множество их простирается в беспредельность.