Жалуя знать, Борис одновременно старался укрепить в думе позиции своей родни. Его дядя Дмитрий Иванович Годунов получил титул конюшего — старшего боярина думы, боярин Степан Васильевич Годунов занял пост главы Большого дворца. В разное время в качестве бояр в думе царя Бориса заседали Иван Васильевич Семен Никитич и Матвей Михайлович, в качестве окольничих — Никита Васильевич, Степан Степанович, Иван Иванович и Петр Васильевич Годуновы.[12] Таким образом, на долю Годуновых приходилось почти треть состава двух высших «чинов» думы — бояр и окольничих.[13]
Старомосковская знать была представлена в думе значительно менее полно, чем высшая титулованная аристократия. Наибольших успехов на службе у Бориса добились Морозовы и Басмановы-Плещеевы,
Годунов заботился о воинском чине. Но он был далек от того, чтобы распахнуть двери Боярской думы перед представителями дворянства. Думные дворяне не вернули себе того влияния, которым они пользовались при Грозном.
Видными членами старой опричной думы были любимец Грозного Богдан Яковлевич Бельский и Игнатий Петрович Татищев. Даже Иван IV не решился дать высший думный чин Б. Я. Бельскому из-за его редкого худородства. Однако Бельский был двоюродным братом царицы Марии Скуратовой-Годуновой и по этой причине получил от родни чин окольничего. Борис пытался привлечь его на свою сторону, хотя постоянно опасался интриг с его стороны.
И. П. Татищев был произведен в казначеи, а его сын М. И. Татищев стал думным дворянином. Членами курии думных дворян стали также выдвинувшийся в опричнине Е. М. Пушкин, а позже его брат И. М. Большой Пушкин. В самом конце царствования Бориса чин думного дворянина получили В. Б. Сукин и А. М. Воейков, влияние которых на дела было невелико.[14]
Бывшие сподвижники Годуновых по опричнине рассчитывали на то, что утверждение новой династии перевернет вверх дном устоявшуюся систему местнических отношений, но их надежды не оправдались. Когда Пушкины дерзко заместничали с «великими» Морозовыми-Салтыковыми, их сразу одернули и наказали.[15]
Писатели Смутного времени утверждали, будто царь Борис подвергал гонениям высокородную знать, грабил имущество вельмож и бояр.[16] В действительности он вел весьма осторожную политику в отношении высшей аристократии.
Годунов получил трон вопреки воле боярских верхов, и потому поводов к раздору и взаимным подозрениям было более чем достаточно. Многие аристократические семьи, открыто боровшиеся за власть либо тайно помышлявшие о короне, не считали свое дело окончательно проигранным. Особые надежды они возлагали на недолговечность Бориса, удрученного старостью и болезнями. Борис был прекрасно осведомлен насчет замыслов своих недругов. Принимая присягу от подданных, он обязал их клятвой на кресте «царя, царицу и детей их на следу никаким ведовским мечтанием не испортить, ведовством по ветру никакого лиха не посылать», «людей своих с ведовством, со всяким лихим зельем и кореньем не посылать, ведунов и ведуней не добывать на государское лихо».[17] Подверженный суевериям Борис постоянно подозревал, что любое ухудшение в его здоровье связано с кознями знатных вассалов. Доносы, поступавшие от боярских холопов, питали его подозрения. «Изветы» поступали во все большем числе по той простой причине, что власти щедро жаловали доносчиков. Неосторожные разговоры по поводу худородного царя служили достаточным поводом для розыска и суда. Согласно описям царского архива начала XVII в., там хранилась целая связка «сыскных доводных дел старых… при царе Борисе».[18] Наибольшую известность приобрели «доводные дела», затронувшие боярские семьи. Шуйских, Катыревых-Ростовских, Шестуновых-Ярославских и Романовых.
Как правило, власти не располагали серьезными уликами, доказывавшими боярскую «измену». Поэтому арестованных чаще всего обвиняли в дурных замыслах и попытках причинить царской семье «лихо» с помощью колдунов и волшебных кореньев. Политические преследования неизбежно приобретали мистифицированную форму «колдовских» процессов. Типичным в этом отношении был процесс Шуйских.
Француз Яков Маржарет, служивший при дворе Годунова, сообщает, что государь подозревал Шуйских более всех остальных и многих подвергал пытке только за то, что они навещали Шуйских в их доме.[19] Опись царского архива сохранила такие подробности «дела» Шуйских, которые остались неизвестны Маржарету. В государственном архиве хранилось «дело доводное — извещали княж Ивановы Ивановича Шуйского люди Янко Иванов сын Марков и брат его Полуехтко на князя Ивана Ивановича Шуйского в коренье и в ведовском деле».[20] В глазах тогдашних судей обвинения в намерении извести царскую семью колдовством имели исключительно серьезное значение. Холопский донос дал Годунову повод во второй раз подвергнуть род Шуйских опале и ссылке. Однако царь желал избежать раздора с аристократией и ограничился самым мягким наказанием.