Она смотрела теперь на эту школу как на большую помеху для себя и для своих будущих детей. Соня не желала спасать вместе с Лёвочкой «тонущих» Пушкиных и Ломоносовых, которые якобы «кишели» в яснополянской школе. У нее была своя точка зрения на филантропическую деятельность мужа и, в частности, на его проект «университета в лаптях». Для Толстого же школа являлась олицетворением одного из самых «прелестных и поэтических» периодов его жизни. Тем не менее под влиянием жены ему пришлось отказаться от школы, этого «фарисейства», и вскоре «тот» флигель стал использоваться как хранилище книг. Так над школой, «последней любовницей» мужа, Соня одержала победу. Под новый, 1864 год студенты покидали Ясную Поляну, и Лев Николаевич с грустью провожал их прощальным взглядом, думая про себя: «Со студентами и с народом распростился».
После женитьбы для Толстого началась совсем иная жизнь, наполненная «неимоверным счастьем». Он сам себя не узнавал, любил жену «все так же, ежели не больше», когда писал, то все время слышал ее голос. Прожив 34 года, он даже не мог предположить, что может так сильно любить. Ему порой казалось, что он словно «украл» это незаслуженное счастье. Что ж, любовь, как думала Соня, оглупляет людей, и даже он, ее Лёвочка, не был исключением. Она даже об этом написала сестре Тане и еще о своем горячем желании, «чтобы он был умнее». Ведь мир, как известно, принадлежит только холодным умам. Если в медовый месяц еще как‑то простительно так любить, одерживая верх над разумом, то теперь, с точки зрения Сони, любовь должна быть сдержаннее и разумнее.
На свой теперешний дом, в котором она проживала с мужем, его тетенькой Ергольской, она взглянула словно заново, глазами рационально мыслящего человека, и подумала, что дом в пять комнат слишком тесен. Присутствие Татьяны Александровны Соне казалось лишним. Тетенька вызывала у нее раздражение своим «старчеством», как и ее компаньонка Охотницкая, постоянно проживавшая в доме. Соня не знала, как ей поступить с тетенькой. После раздумий она вспомнила о том, что Татьяна Александровна «вынянчила» ее мужа, когда тот остался сиротой. И поэтому она решила, что тетенька может ей быть очень полезной, что она сможет вынянчить еще и ее детей. А однажды Сонино сердце растаяло, когда Татьяна Александровна вручила ей связку больших и малых ключей от многочисленных сундуков, шкафов, бюро, ящичков, кладовой с припасами, погреба, чердака. Ключей оказалось больше тридцати. Довольная Соня прикрепила их к большому кольцу и подвесила к поясу своего платья. Позже эту тяжелую связку ключей она хранила в специальном ящике, с ключом от которого никогда не расставалась.
Соня рано поняла, что ей придется постоянно сражаться с ветряными мельницами своего мужа. За короткое время она успела очень многое изменить в «диком», холостяцком и архаичном образе жизни Ясной Поляны, который так не нравился ей. Она с ужасом узнала о том, что до женитьбы ее муж и его братья спали на соломе и без простыней. Аромат сена потом даже нравился Соне, и позже она набивала детские тюфяки соломой, каждый месяц меняя ее. Тюфяки были набиты так туго, что даже трещали. Ей удалось приучить мужа спать не на любимой им сафьяновой подушке, завернутым в простыню, а на выглаженной ею наволочке, под одеялом с пододеяльником. Она запретила слугам спать на полу и где попало, там, где сон их заставал. Соне очень не нравилась яснополянская вольница — например, страсть поваров к спиртному или неопрятный вид. Молодую хозяйку также смущала непонятная должность Агафьи Михайловны, служанки, проживавшей в Ясной Поляне со времен бабушки писателя. Эта пожилая женщина страстно любила собак — легавых, гончих, борзых. Она обихаживала своих питомцев, за что и была почитаема хозяином усадьбы и шутливо прозвана им «собачьей гувернанткой». Соня решительным образом положила конец этим «безобразиям», введя строгий порядок и ранжир. Она стала пользоваться колокольчиком, чтобы хоть как‑то урезонивать домочадцев, в том числе и Агафью Михайловну. Соня регулярно позванивала в колокольчик, таким образом призывая всех к должному порядку.