Однако у музея с таким профилем были явные противники, основным из которых уже в 1940-е годы проявило себя Главное управление по делам архитектуры при Совмине СССР. Начальник управления В. Шквариков в октябре 1949 года обращался к председателю Совмина РСФСР с просьбой или изменить уже наметившийся профиль музея по собиранию и изучению памятников древнерусского искусства, или передать музей в ведение комитета по делам искусств и Академию художеств. Подобная просьба повторилась и в октябре 1951 года, где отмечалось, «что дальнейшее сохранение музея Андрея Рублёва является неоправданным»[24]. Позиция руководства управления по делам архитектуры продолжала оставаться неизменной на протяжении всего периода 1950-х годов, вплоть до передачи музея в ведение органов культуры в 1957 году. На протяжении всего указанного периода руководство управления всячески ограничивало его развитие в данном направлении.
Директор музея имени Андрея Рублёва, назначенный на эту должность «сверху», оказался, однако, убежденным сторонником последней концепции. Давид Ильич Арсенишвили вступил в эту должность в 1949 году и уже в начале декабря обратился с личным письмом к президенту АН СССР академику С.И. Вавилову, где, ссылаясь на проект положения о музее, писал: «Музей обязан вести работу кроме изучения, собирания и популяризации произведений древнерусского искусства, но и работу по обобщению сложнейших вопросов реставрации памятников монументальной фресковой живописи и популяризации этого ценного дела». Таким образом, Д.И. Арсенишвили предполагал широкую научно-исследовательскую перспективу в работе музея. В конце письма он просил ходатайства со стороны академика и АН СССР по передаче музея в ведомство академии[25].
Позиция Д.И. Арсенишвили укрепилась, когда на работу в МиАР в 1950 году пришла специалист в области истории отечественного средневекового искусства Н.А. Дёмина, работавшая ранее хранителем в Государственной Третьяковской галерее. Она стала сподвижником и единомышленником директора.
Уже в начале 1950 года у Д.И. Арсенишвили созревает мысль обратиться с просьбой в вышестоящие инстанции о передаче «части икон и других материалов художественного значения» из краеведческих музеев периферии и отдалённых от Москвы регионов в музей Андрея Рублёва. Такой передаче, по его мнению, должны были подлежать все материалы, находящиеся в хранилищах и не экспонируемые в связи с профилем этих музеев или в связи с плохим состоянием этих памятников искусства. По свидетельствам источников, с такой просьбой он обратился впервые в комитет по делам культурно-просветительных учреждений при Совмине РСФСР 27 мая 1950 года[26]. Но тогда голос его не был услышан.
Положение о государственном историко-архитектурном заповеднике «Андроников монастырь», разработанное комитетом по делам архитектуры в 1950 году, в основном, отражало историко-архитектурные аспекты работы формирующегося музея, за исключением отдельного пункта, отражающего задачи «обобщения опыта и музейного показа примеров реставрации памятников древней монументальной живописи…».
В то время музей не имел ещё ни одного подлинного иконописного произведения, артефакта или памятника, кроме самого здания белокаменного собора с имеющимися в нём фрагментами фресок. По поводу организации музея имени Андрея Рублёва выдающийся деятель отечественной культуры и искусства Игорь Эммануилович Грабарь 27 марта 1952 года на заседании в Управлении по делам архитектуры высказался следующим образом: «Я полагаю, что создание такого музея необходимо… – такого музея нет и он должен быть создан… Сначала надо привести в порядок архитектурную часть этого места, нужно создать помещения, в которых этот музей может быть расположен. Надо это сделать. А проводить организационную работу музея надо пока исподволь, на бумаге: подсчитывать произведения древнерусского искусства путём экспедиций, собирать будущий материал… Даже такое собирание… такая регистрация – это уже большое дело. Мы пока имеем только 5–6 памятников (имеются ввиду принадлежащие лично самому Рублёву). А это должно стать ежедневным и ежегодным делом этого музея… Нужно иметь ввиду и другие виды искусства: шитье, резьбу, ткани, изделия из металла, кости. Это имеется в большом количестве и это нужно учитывать. Также надо иметь ввиду необходимость реставрации, приведение экспонатов в порядок, организацию их – всё это займет много лет. А постепенное освоение этой задачи нужно начать с помещения, где будет расположен этот музей. Но дело реставрации помещения совершенно не зависит ни от состава музея, ни от директора музея. Это совершенно особое задание, которое только органы архитектуры Моссовета и строительные инстанции могут выполнить, получив соответствующую директиву». Таким образом, со слов И.Э. Грабаря было понятно, что музей со штатом в 5 единиц, при полном отсутствии охраны и изолированного помещения, приспособленного для хранения памятников искусства, не мог взять на себя ответственность за их сохранность. Присутствие в здании белокаменного собора отделов Управления по делам архитектуры становилось абсолютно недопустимо. Музей мог проводить только подготовительную работу по выявлению памятников и проведение выставочной и научной работы, что по существу являлось разработкой методов показа и плана сбора материалов. Для того, чтобы музей был поставлен в надлежащие условия и приступил к сбору подлинных произведений, его в первую очередь следовало передать в систему Министерства культуры СССР, где необходимо было урегулировать вопрос о праве музея обследовать и собирать для своей экспозиции подходящие материалы из фондов краеведческих и художественных музеев древних городов, с памятников архитектуры, находящихся на государственном хранении.