Широкий масштаб работы по сбору памятников также мог быть организован только в системе министерства культуры, так как подобная работа могла проводиться с привлечением всех имеющихся кадров опытных специалистов – искусствоведов и реставраторов, умеющих разбираться в памятниках. Кадры таких специалистов были в те годы крайне ограничены – от 20 до 25 человек в Москве и Ленинграде. В регионах таких специалистов были только единицы. Потому, учитывая будущие масштабы изучения, показа и популяризации древнерусского искусства для подсобных работ в помощь опытным специалистам следовало привлекать к этой работе студенчество университета, художественных вузов. Для «живой работы с памятниками», необходимо было готовить новые кадры музейных работников, искусствоведов реставраторов и копировщиков. Было необходимо торопиться с организацией такой работы, поскольку каждый год промедления стоил гибели сотен художественно-исторических памятников, утрату которых будущие поколения не простили бы специалистам, взявшимся за это дело. Для должной организации работ по сбору, хранению и реставрации памятников, а также для возможности организаций выставок на специальные темы (например, «Выставка произведений древнерусской монументальной живописи из фрагментов фресок и копий», «Выставка из произведений московской школы живописи» и т. д.) необходимо было позаимствовать произведения древнерусского искусства, находящиеся в фондах других государственных музеев. Таковыми являлись: Государственная Третьяковская галерея, Государственный исторический музей, Русский музей, Ярославский и Вологодский краеведческие музеи и ряд других. Необходимо было, наконец, приступить к реализации постановления о превращении музея имени Андрея Рублёва в «музей-заповедник». Этот вопрос надолго повис в воздухе. Территория, объявленная заповедником имени Андрея Рублёва, находилась в ведении коммунального домоуправления и заселена жильцами. Вопреки запрещению она продолжала застраиваться организациями, не имеющими никакого права размещаться в этих стенах. Это была экспериментально-строительная площадка Академии архитектуры СССР, приспособившая здания в северной части заповедника под слесарные, столярные мастерские и гараж. Здание бывшей монастырской покойницкой площадка использовала под свою контору.
Необходимо было ускорить вопрос об ограждении территории, так как хлопоты музея, фактически не являющегося хозяином заповедника, продвигались крайне медленно. Вопрос об организации заповедника и его ограждении был неразрывно связан и с возможностью обозрения музея широкой публикой, так как для этого требовалось приведение территории заповедника в надлежащий вид. Дальнейшее существование музея имени Андрея Рублёва, имеющего все данные для того, чтобы стать крупнейшим культурно-просветительским центром РСФСР, вне системы Министерства культуры СССР было невозможно. Только в этой системе музей смог бы рассчитывать на всемерную поддержку его деятельности.
Практически организация музея имени Андрея Рублёва началась с мая 1949 года, т. е. с момента назначения первых сотрудников. Первого июля того же 1949-го года Комитет по делам архитектуры при Совете Министров СССР, которому было поручено выполнение Постановления был ликвидирован. Постановлением Совмина СССР за № 3298 от 30 июля 1949 года музей был передан в Управление по делам архитектуры РСФСР. Однако Управление не принимало музей в свою систему вопреки Постановлению в течение шести месяцев – до 31.12.1949 года. Еще Комитет по делам архитектуры при Совмине СССР приказом от 11 июля 1949 года утвердил Положение о музее имени А. Рублёва. Третий пункт Положения гласил: «Музей является научно-просветительским и исследовательским учреждением». Потому основными задачами в этой области становились: