Вследствие того, что музей древнерусского искусства имени Андрея Рублёва находился в системе Управления по делам архитектуры при Совете Министров РСФСР и не подходил к нему по своему профилю, постоянно возникало взаимное непонимание и недооценка значения создаваемого музея. Так, в мае 1951 года заместитель начальника Управления по делам архитектуры отказался подписать письмо председателю Комитета по делам культурно-просветительских учреждений при Совмине РСФСР с просьбой передать в музей имени Андрея Рублёва из краеведческих музеев древнерусских городов произведения древнерусского искусства, которые никогда не могли быть использованы в их экспозиции. Вместо того, чтобы помочь музею отреставрировать и привести в порядок здание белокаменного собора, управление не только не оказало нужного содействия, но Приказом за № 151 от 2 сентября 1951 года разместило в помещении музея отделы Охраны памятников и Главную инспекцию государственного архитектурного контроля РСФСР. Так оно заняло две большие комнаты, невероятно стеснив музей вместе с его коллекциями. Музею тогда принадлежала всего одна комната в двадцать квадратных метров. В дальнейшем управление, сделав перегородку, заняло юго-западный угол пристройки под свой архив, а в здание собора перевезло оборудование телефонной станции для будущего здания Управления и старый инвентарь. Инспекцией по государственной охране памятников архитектуры города Москвы было составлено несколько актов, требующих немедленного приостановления дальнейших попыток приспособить здание для целей не соответствующих назначению его, как памятника и как музея. Хотя первое было предусмотрено Постановлением Совмина СССР от 10 декабря 1947 года. Затем 18 ноября 1951 года в Совет Министров СССР от Совета Министров РСФСР за подписью председателя Черноусова поступило предложение: «Считая нецелесообразным дальнейшее существование музея им. Андрея Рублёва, так как не имеется реальных условий для его открытия, просим разрешить передать помещение музея республиканской специальной научно-реставрационной мастерской Управления по делам архитектуры РСФСР, а музей «упразднить». Ранее, в августе 1950 года распоряжением зам. начальника Управления по делам архитектуры В.Д. Голли была сделана попытка разместить республиканскую реставрационную мастерскую в северном приделе белокаменного собора. Совет Министров передал дело на рассмотрение в ЦК КПСС, где этот вопрос был рассмотрен у М.А. Суслова, после чего вопрос о ликвидации музея больше не возникал.
В этом аспекте очень любопытны архивные документы, отражающие напряженную ситуацию, сложившуюся вокруг проблемы развития музея к весне 1952 года. Так, член-корреспондент АН СССР В. Н. Лазарев, обращаясь с письмом в институт истории искусств Академии наук 26 марта 1952 года, писал: «В настоящее время в СССР не имеется такого музея, где бы были собраны воедино различные виды искусства Древней Руси. Обозрение закрытых фондов музеев… крайне затруднено, а порою они совершенно недоступны. В силу этого создаваемый музей им. А. Рублёва должен будет обогатить представления не только специалистов, но и широких народных масс о древнерусской художественной культуре».
Метко определил место нарождающегося музея древнерусского искусства в ряду других ведущих музеев страны в своем письме от 29 марта 1952 года будущий академик, профессор Б.А. Рыбаков: «В музее необходимо сосредоточить и экспонировать материалы по всем (Подчеркнуто в тексте мной. – Д.А.) видам древнерусского искусства. Третьяковская галерея рассматривает искусство XI–XV вв. лишь как вводный раздел, а Государственный исторический музей является по преимуществу хранилищем материалов, из числа которых экспонированы лишь немногие. В музее Андрея Рублёва наряду с архитектурой и живописью необходимо подробно показать и прикладное искусство… Высокая, своеобразная и яркая культура русского народа, еще недостаточно известная широким массам, вполне заслуживает того, чтобы ей был посвящен большой и серьезно организованный музей»[27].
События 1952 года стали определяющими для статуса и профиля музея Андрея Рублёва. В документах музейного архива сохранились материалы, отразившие накал страстей, разгоревшихся на заседании в Управлении по делам архитектуры при Совмине РСФСР 27 марта 1952 года по вопросу о профиле и судьбе музея. Именно здесь во всей полноте проявились две концепции этого формирующегося учреждения. За развертывание музея-заповедника историко-архитектурного профиля в той или иной форме в основном выступили работники советского аппарата в сфере культуры и управления по делам архитектуры, мало представлявшие себе перспективы музея древнерусского иконописного искусства. В их числе видим начальника Управления РСФСР по делам архитектуры Совмина РСФСР Серегина, председателя Совмина РСФСР Д.П. Проферансова, зам. начальника по делам архитектуры В.Д. Голли, видных работников культуры Мневу, Григорова и др. Основополагающие корневые формы отечественной культуры, выражаемые иконописным искусством, еще не были поняты и признаны этими чиновниками. Дискуссию открыл начальник управления по делам архитектуры РСФСР Серегин, который отметил: «…практика существования таких заповедников показала, что две организации не могут быть в одном заповеднике. Например, Коломенское – архитектурно-исторический заповедник и в то же время музей, где расположен экспозиционный материал. В Новодевичьем – та же картина. Мы хотели бы, может быть по тому же принципу организовать и историко-архитектурный заповедник Андроньева монастыря, …при котором будет музей, как один из его элементов»[28].