Итак, боги разрешили свои затруднения как нельзя лучше. Вместо сожженных мотыг и лопат были изготовлены новые, возобновились работы на реках и каналах, земля стала кормить и богов и смертных. В результате люди расплодились так стремительно, что через двенадцать столетий шум непрерывно возрастающего населения сделался невыносимым и Энлиль лишился сна: «земля ревела, как дикий бык». Энлиль, в крайнем раздражении, добился у богов согласия на то, чтобы наслать на людей чуму, надеясь таким образом сократить их численность и уменьшить шум.
В те дни жил на земле весьма умный человек — Атрахасис, бывший в услужении у Энки. Он обратился к своему мудрому господину за помощью, умоляя предотвратить чуму, и Энки посоветовал ему собрать совет старейшин и объявить народу через вестников о том, чтобы люди вели себя тише и чтобы каждый совершал ежедневные приношения не своим личным богам, но богу чумы, Намтару, и славил его молитвой. Устыдившись при виде изобильных даров и почестей, Намтар удержал руку и отвел от людей болезни.
Однако по прошествии еще двенадцати сотен лет люди снова размножились и подняли шум. На этот раз Энлиль принудил богов наказать людской род засухой: Адад, бог дождя, должен был удерживать ливни. И вновь Атрахасис воззвал к Энки, и опять получил совет поклоняться и приносить дары только посылающему бедствие богу. Адад, подобно Намтару, пришел в замешательство и позволил дождям излиться свободно.
Но, по-видимому, людской шум все возрастал, пока Энлиль окончательно не лишился сна. Тогда, насколько позволяет судить поврежденный текст, боги решили наложить полный запрет на все дары природы без исключения. Ану и Адад должны были охранять небо, Энлиль — землю, Энки — воды, дабы совершенно лишить человечество каких-либо средств пропитания. Эти меры, которые нельзя было отвратить никакой усердной молитвой, оказались роковыми:
В конечном итоге план, уже намеченный, был, по-видимому, сорван Энки, который (случайно, по его утверждениям) позволил обширным косякам рыбы появиться на земле и напитать страждущее человечество. Тогда Энлиль потерял всякое терпение и, приведенный в ярость усмешками богов, которых позабавила уловка перехитрившего его Энки, утвердился в намерении навсегда покончить с человеческим родом. Он связал всех своих собратьев клятвой обрушить на землю потоп.
Вначале Энлиль пожелал, чтобы потоп устроили Нинтур и Энки, поскольку они сотворили человека, но Энки воспротивился этому; потоп был делом самого Энлиля. Затем, несмотря на данную клятву блюсти тайну, Энки ухитряется предупредить Атрахасиса о грозящей опасности, притворившись, что обращается не к нему, а к хижине, в которой тот находился. Атрахасис строит громадную лодку, объяснив старейшинам города, что должен уйти в изгнание из-за раздора между его личным богом — Энки и Энлилем, во владении которого находился Шуруппак, где он жил. Погрузив на судно животных всех родов и видов, взяв на борт семью, он увидел, что погода меняется. Охваченный дурными предчувствиями, он плотно затворяет дверцу, и тут же на землю обрушивается потоп, сметая все на своем пути.