Игумен Филипп усердно заботился о братии. Подвижничество игумена служило для братии лучшим руководством. Он не сокращал своих молитвенных бдений и часто уединялся в избранное им место, известное как Филипповская пустынь.
В 1558 году был заложен главный храм обители — Спасо-Преображенский собор с приделом преподобных Зосимы и Савватия, который был освящен уже в отсутствие игумена Филиппа. В 1566 году игумен Филипп принял сан митрополита Московского и всея России. Святитель Филипп заступался за невинных людей, жертв опричнины, и обличал царя. Не страшили митрополита ни угрозы, ни попытки опорочить его имя. Неугодного святителя сослали в Тверской Отрочь монастырь, а в 1569 году он принял мученическую кончину от руки Малюты Скуратова и был погребен в этом монастыре за алтарем соборной церкви. Мощи святителя Филиппа были перенесены в Соловецкий монастырь по прошению игумена Иакова, которое было представлено от имени всей братии царю Феодору Иоанновичу в 1591 году.
В конце XVI века монастырь становится «великой государевой крепостью». При игумене Иакове в 1582-1594 годах из природного камня вокруг монастыря были построены мощные крепостные стены и башни, о которых упомянуто выше. Очертания этих стен обители напоминают корабль. Вел строительство старец Трифон (Кологривов). Волны многих военных бурь разбивались потом о них, стихая перед их непоколебимой твердыней. Тогда же, вместе с многочисленными иноками и паломниками-богомольцами, на главном соловецком острове стали размещаться и служащие царского воинского гарнизона. Поэтому в то время наиболее ревностные искатели пустынной жизни избрали для своих духовных подвигов самый удаленный из соловецких островов — Анзер. Он самый северный из прочих. Это край земной тверди, за которым только студеный Ледовитый океан. Так, подражая подвигам первожителей-чудотворцев Савватия, Зосимы и Германа, в XVII веке на Анзерском острове появились монахи-отшельники под предводительством преподобного Елеазара. Ими был основан Свято-Троицкий скит. А позже, в начале XVIII столетия, миру открылась вторая Голгофа со скитом, основанным величайшим аскетом — преподобным Иовом, бывшим духовником государя–императора Петра I, — в схиме Иисусом. Позднее эта святая соловецкая гора обагрилась кровью многочисленных СЛОНа, созданного богоборческой властью, обратившей храмы и кельи подвижников в места пыток и тюремные камеры. Здесь приняли мученическую кончину многие православные христиане, среди которых сотни священнослужителей. Множество из них прославлено Русской Православной Церковью в лике святых новомучеников XX века ко вселенскому общецерковному почитанию. В их числе священномученик Петр (Зверев), архиепископ Воронежский и Задонский.
В 1601 году тот же зодчий, который возводил неприступные монастырские стены и башни, возвел над Святыми вратами обители церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. Этому зодчему возможно принадлежат и другие сооружения: западное крыльцо, примыкающее к трапезной; галерея, соединяющая центральные храмы обители, построенные при святителе Филиппе.
Тяжелые заботы по защите монастыря и прибрежных владений легли на плечи преподобного Иринарха, который был игуменом с 1614 по 1626 год. Тогда сторожевую пограничную службу нес уже довольно многочисленный отряд стрельцов, состоящий на монастырском содержании. Позднее число «воинских людей» было увеличено до 1040 человек. Понимая трудное положение обители и ее важную роль в обороне Поморья, царь Михаил Феодорович на 5 лет освободил монастырь от уплаты пошлины и пожаловал его новыми угодьями.
Вообще, история обороны Соловков занимает особое место в монастырских летописях. Расположенные в открытом море, вблизи границ со Швецией, острова оказывались непреодолимой преградой на пути неприятеля к городам русского Поморья.
В 1646 году игумен Илия получил грамоты от царя Алексея Михайловича и патриарха Иосифа с торжественным повелением открыть мощи святителя Филиппа.
Мощи торжественно поставили в Спасо-Преображенском соборе. В 1652 году по царскому указу состоялось перенесение мощей великого угодника Божия в Успенский собор Московского Кремля. В монастырь прибыло посольство во главе с соловецким пострижеником, митрополитом Новгородским Никоном, будущим патриархом. Он привез грамоту, в которой царь, излагая свое пожелание видеть мощи святителя в Москве, просит у великого подвижника прощения своему предку. Незадолго до этого события, в 1651 году по указу царя игумен Илия получил сан архимандрита. С этого времени настоятели Соловецкого монастыря возводились в этот сан.