В первом этаже острога устроили одиннадцать или двенадцать камер или, как тогда говорили, арестантских чуланов. Позднее, в 1828 году, когда арестантов прибавилось, очистили для них и второй этаж, разгородив его так, что образовалось 16 дополнительных чуланов. В 1842 году надстроили еще и третий этаж, устроив в нем по Фруменкову девять чуланов, а по Богуславскому — пять. Гернет о числе чуланов на 3-м этаже не пишет. Инвалидная команда, ютившаяся вдоль коридора второго этажа, т. е. в положении чуть получше арестантского, в 1837 г. перешла по соседству с тюрьмой в новое, построенное для нее и обер-офицера здание. Оба советских историка называют первый этаж подвальным, а второй — вторым, вопреки, казалось бы, простой логике. Стены первого этажа были значительно толще, чем второго, размеры окон в нем были много меньше, воздух сырее, но все же такая разница не дает право называть первый этаж подвальным. Не делают историки ясной оговорки и о том, что с постепенным уменьшением числа узников в остроге, арестантов переводили из первого в более сухие, светлые и теплые камеры верхних этажей. За последние 13 лет (1870–1883 гг.) заключенные содержались только в третьем этаже.
В 1886 году Соловки посетил командующий Петербургским военным округом великий князь Владимир Александрович. Осмотрев пустой острог, он признал присутствие в монастыре воинской караульной команды совершенно излишней и приказал перевести ее на материк. Последние политические — Потапов и Григорьев — уже четыре года, как выбыли на материк. Даже за десять лет до приезда великого князя в остроге, по словам Немировича-Данченко, оставалось всего двое арестантов и двое «не в роде арестантов». Об этих двух «не в роде» подробнее сказано в первой книге в главе о Пришвине (стр. 229-я). Опустевший Острог в 1903 голу был передан монастырю. В нем открыли больницу для монахов и богомольцев и несколько келий отвели схимникам. В караульном здании устроили квартиры для врача и фельдшера, там же разместили аптеку. В концлагерный период в бывшем остроге и потом монастырской больнице помещался кремлевский лазарет и мертвецкая, в которой в период тифозных эпидемий, рассказывают, умершие соловчане лежали один на другом. В 1932 году весною из любопытства я заглянул в дверное окошко морга. На деревянном настиле вроде нар лежал в своем костюме покойник, внешне — из интеллигентных старичков. На Соловках мертвецов видел только во сне, а так, чтобы вблизи, наяву, на ощупь, с мясом и костями, как этого — больше на острове не довелось. Потому и запомнил.
Из всего до сих пор изложенного должно быть ясным, что подавляющим большинством среди присланных «под караул» и «под начала для строгого смирения» было духовенство, раскольники и сектанты, т. е. осужденные по делам веры. Подначальные жили вместе с монастырским населением и обязаны были работать на оби: ель. К каждому подначальному прикреплялся монах для исправления пороков или заблуждений и наблюдения за ним, чтобы не сбежал. Историки не особенно интересовались детализацией этих групп по социальному положению и видам раскольничества и сектантства, хотя имели все данные для этого. Поэтому нам придется ограничиться далее приведенной характеристикой ссыльных Пругавиным и добавить сейчас к ней, как подтверждение, отдельные цифры, обороненные советскими историками. Так, с 1806 по 1825 год т. е. за 19 лет, на Соловки, по сведениям Колчина, было прислано для наказания 27 человек, из них, по подсчету Гернета, (кн. 1-я. стр. 279) только один за чисто уголовное преступление, а все остальные — по делам веры. Дальше, из его второй книги (стр. 486) узнаем: в списке 1826 года из 30 фамилий 29 были заключены за разные религиозные преступления, в большинстве за скопчество; из 45 заключенных в 1830 году 36 чел. содержались по делам веры, 5 — уголовных, 3 — политических и один — за «сварливый нрав»; из 19 заключенных в 1855 году за религиозные преступления содержалось 18 человек и только один за смешанное: за религиозное и уголовное.