В конце концов королева смягчилась своё расположение к бывшему фавориту, и граф был освобожден, но Елизавета не возобновила его лицензию на монополию сладких вин. Что графа Эссекса привело в ярость, так как его материальное положение зависело от доходов, получаемых от производства сладких вин, и тогда он начал планировать свой мятеж. Он обвинил Роберта Сесила, главного государственного министра, в немилости к королеве, таким странным образом желая отстранить его и его сторонников от власти. Эссекс получил поддержку от других дворян и их подчинённых из числа армии, которые были недовольны советниками Елизаветы, и они разработали план захвата двора, Лондонского Тауэра и всего Лондон сити.
Однако, слух о заговоре дошел до Тайного совета, и Эссекс был вызван на заседание Совета. Он проигнорировал приглашение, вместо этого он и его последователи предприняли излишне поспешное решение начать восстание, заведомо зная, к чему приведут действия в спешке при недостаточной подготовке.
И на следующее утро, 8 февраля 1601 года, Эссекс во главе около 200 человек выступили в боевом порядке маршем по улицам Лондона с заявлением, что правительство королевы хотело убить Эссекса и передать правление Англии в руки короля Испании. Стоит отметить, что затея графа не вызвала особого сочувствия у горожан Лондона, который в большинстве игнорировал мятеж, за исключением небольшой толпы ремесленников, А, как только глашатай огласил решение Тайного Совета во главе с главным министром Робертом Сесилом о предательстве графа Эссекс, многие из его соратников по мятежу покинули его. К вечеру у графа не было другого выбора, кроме, как вернуться в свой дом, откуда Эссекс был взят под стражу и заключён в тюрьме Тауэра.
19 февраля 1601 года Эссекс предстал перед своими пэрами по обвинению в государственной измене. В цитате из Государственных судебных процессов (составленной Т. Б. Хауэллом (T. B. Howell) и Т. Дж. Хауэллом (T. J. Howel), 33 тома, Лондон, 1809—1826, т. I, стр. 1334—1360), Лаура Хейнс Кэдуолладер (Laura Hanes Cadwallader) было в краткой форме изложено обвинительное заключение:
«В обвинительном заключительном вердикте графу Эссексу было предъявлено обвинение в «заговоре и замысле по (захвату) Лондона... чтобы свергнуть и убить королеву, а также свергнуть правительство». В нем также говорилось, что Эссекс «...пытался возвыситься до короны Англии и узурпировать королевское достоинство», и что, чтобы осуществить эти намерения, он и другие «поднялись и собрались в открытом восстании, и побудили и убедили многих граждан Лондона присоединиться к ним в их измене и пытались заполучить город Лондон в своё владение, а также власть, в связи с чем ранил и убил многих подданных королевы, собравшихся тогда там с целью подавления такого восстания». Эссексу в том же вердикте было предъявлено обвинение в удержании лорда-хранителя и других членов Тайного совета под стражей «в течение четырех часов» и более».
В своих собственных показаниях Эссекс опроверг обвинение в связях с католиками, поклявшись, что «паписты были наняты и подкуплены, чтобы свидетельствовать против меня». Эссекс также утверждал, что Сесил заявил, что никто в мире, кроме инфанты Испании, не имеет права на корону Англии, после чего Сесил (который был после суда в дверном проеме, скрытом за каким-то гобеленом) вышел, чтобы сделать драматическое опровержение, опустившись на колени, чтобы поблагодарить Бога за предоставленную возможность. Свидетель, которого Эссекс ожидал подтвердить это утверждение, его дядя Уильям Ноллис был вызван и признался, что однажды в присутствии Сесила была прочитана книга, посвященная подобным вопросам. Книга могла быть либо «Книгой о престолонаследии», предположительно написанной Р. Долеманом, но, вероятно, Робертом Персоном, либо «Конференцией Персон о следующем престолонаследии короны Англии», работами, в которых предпочтение отдавалось католическому преемнику, дружественному Испании. Ноллис отрицал, что слышал, как Сесил сделал это заявление. Еще раз поблагодарив Бога, Сесил выразил свою благодарность за то, что он не был уличен, как предатель, а наоборот был признан честным человеком.
Эссекс был признан виновным и 25 февраля 1601 года был обезглавлен в Тауэр-Грин, став последним человеком, обезглавленным в Лондонском Тауэре. Это был трагический конец многообещающей карьеры и насыщенной жизни несмотря на то, что королева считала его казнь оправданной, она необычайно сильно горевала о нём.
Вне всякого сомнения, её депрессия после казни Эссекса способствовала собственной смерти, которая произошла спустя два года.