В 1590 году Спенсер выпустил первые три книги своей самой известной работы «Королева Фей» («The Faerie Queene»), отправившись в Лондон, чтобы опубликовать и продвинуть эту работу, вероятно, при содействии Роли. Он был достаточно успешен, чтобы получить пожизненную пенсию в размере 50 фунтов стерлингов в год от королевы. Вероятно, он надеялся занять место при дворе благодаря своей поэзии, но его следующая значительная публикация смело вызвала противодействие главного секретаря королевы, лорда Берли, Уильяма Сесила (William Cecil), включив в нее сатирическую историю матери Хабберд. Он вернулся в Ирландию.
В 1591 году Спенсер опубликовал перевод в стихах сонетов Иоахима Дю Белле «Римские Древности» («Les Antiquites de Rome»), который был опубликован в 1558 году. Версия Спенсера «Руины Рима: Белле» («Ruines of Rome: by Bellay»), была написана под влиянием латинских стихотворений на ту же тему, написанных Жаном или Янисом Виталисом и опубликованных в 1576 году.
К 1594 году первая жена Спенсера умерла, и в том же году он женился на гораздо более молодой Элизабет Бойл, родственнице Ричарда Бойла, 1-го графа Корка. Он адресовал ей последовательность сонетов Аморетти. Сам брак был отпразднован в Эпиталамионе. У них был сын по имени Перегрин.
В 1596 году Спенсер написал брошюру в прозе под названием «Взгляд на современное состояние Ирландии» («A View of the Present State of Ireland»). Это произведение в форме диалога распространялось в рукописи, оставаясь неопубликованным до середины семнадцатого века. Вполне вероятно, что она не была напечатана при жизни автора из-за ее подстрекательского содержания. В брошюре утверждалось, что Ирландия никогда не будет полностью «умиротворена» англичанами до тех пор, пока ее родной язык и обычаи не будут уничтожены, если это необходимо, с помощью насилия.
В 1598 году, во время Девятилетней войны, Спенсер был изгнан из своего дома коренными ирландскими войсками Аодх-Нейла. Его замок в Килколмане был сожжен, и Бен Джонсон (Ben Jonson), у которого, возможно, была личная информация, утверждал, что один из его маленьких детей погиб в огне.
Титульный лист, и «Гимны Фаура» (Fowre Hymnes») Эдмунда Спенсера, были опубликованы Уильямом Понсонби в Лондоне в 1596 году.
Через год после того, как его выгнали из дома, в 1599 году, Спенсер отправился в Лондон, где умер в полной нищете в возрасте сорока шести лет отроду, «...из–за нехватки хлеба», по словам Бена Джонсона. Данное обвинение, долгое время считалось одним из наиболее сомнительных заявлений Джонсона (но прочитав раздел «Рифма и Резон» читатель может опровергнуть это сомнение).
Его гроб был перенесен на могилу в Уголок поэтов в Вестминстерском аббатстве другими поэтами, которые со слезами бросили в его могилу много ручек и стихотворений. Его вторая жена пережила его и дважды выходила замуж. Его сестра Сара, которая сопровождала его в Ирландию, вышла замуж за члена семьи Трэверс, и ее потомки на протяжении веков были видными землевладельцами в Корке.
«Рифма и Резон».
Томас Фуллер (Thomas Fuller) в «Достойной Англии» («Worthies of England») включил историю, в которой королева велела своему казначею Уильяму Сесилу заплатить Спенсеру сто фунтов за его стихи. Казначей, однако, возразил, что сумма была слишком большой. Она сказала: «Тогда дай ему то, что является резонным…». Не получив своевременно свою плату, Спенсер написал стихотворное четверостишие посвятив его королеве, как одно из её достижений:
© Swami Runinanda
© Свами Ранинанда
________________
I was promis'd on a time,
To have a reason for my rhyme:
From that time unto this season,
I receiv'd nor rhyme nor reason.
Мне обещано было в своё время,
Иметь причину для моей рифмы:
С того времени до этого сезона
Я не получил ни рифмы, ни резона.
(Литературный перевод Свами Ранинанда 11.10.2021).
Она немедленно приказала казначею выплатить Спенсеру первоначальные 100 фунтов стерлингов.
Эта история, была связана со Спенсером и Томасом Чарчьярдом (Thomas Churchyard), которые, испытывали трудности с выплатой пенсии, единственного источника (жизненно необходимого) дохода, который королева Англии Елизавета назначила поэту. Бытовали слухи и предположения, что у Спенсера, не было никаких трудностей с получением выплаты издателю в виде долгов, хотя не были исключены длительные бюрократические задержки и отказы в выплате.