Вероятно, судьба Гальдера в течение его девятимесячного заключения была непосредственно в руках Гитлера и в суматохе последних месяцев войны не было принято окончательного решения. Гальдер и другие видные заключенные, к которым принадлежали также племянник Молотова и пастор Нимеллер, в конце войны чудом избежали смерти, так как Гиммлер приказал «не допускать их в руки врага, а убить». Только в силу счастливого стечения обстоятельств и быстрого освобождения Южного Тироля этот приказ не был выполнен, так что Гальдер пережил конец Третьего рейха в мае 1945 года.
Пленный и обвиняемый под стражей союзников
Освобожденный американцами Гальдер, однако, вышел на свободу не сразу. Надежда вместе с американскими частями вернуться в Баварию не оправдалась. Как и все другие бывшие офицеры генерального штаба, он попал в плен. Естественно, что разочарование его было велико. Вместе с другими бывшими заключенными гестапо Гальдер, теперь уже как военнопленный союзников, после краткого пребывания в одной из альпийских гостиниц на Прагзерском озере был доставлен машиной и самолетом через Кортина д’Ампеццо, Верону и Рим в Неаполь. После последующих остановок в гостиницах и лагерях военнопленных на Капри, Казерте и Адверсе, где, по его мнению, с ними обращались «как с преступниками», их в середине июня наконец переправили самолетом через Париж во Франкфурт. В конце августа 1945 года его жену отпустили домой, а в августе 1945 года оп прибыл в Висбаден и в лагерь Фалькенштейн в Таунусе, где наконец почувствовал корректное отношение к себе. С октября 1945 года по январь 1946 года американцы предоставили его в распоряжение англичан, как пленного и информатора для допросов, которые разместили его для этих целей в замке, под Лондоном. Он болезненно воспринял известие о смерти своей почти 90-летней матери, тем более что узнал об этом, находясь далеко от нее и в заключении. Потом, до августа 1946 года, его как свидетеля допрашивали в Нюрнберге во дворце юстиции, после чего отправили под Аллендорф в округе Марбург. Если его физические страдания на этом прекратились, то далеко еще не закончилась неизвестность в отношении дальнейшего пребывания в заключении.
Пребывание в американском плену Гальдер воспринимал как несправедливость, так как в конце войны оп уже был уволен с действительной военной службы. Только 20 июня 1947 года американцы официально отпустили его из плена, после чего он был переведен в статус гражданского интернированного. Во время пребывания в плену семья, друзья и он сам опасались, что его будут обвинять как военного преступника на международном военном трибунале в Нюрнберге, так как он находился в заключении как интернированный согласно «списку № 7 разыскиваемых военных преступников». Поэтому он с облегчением узнал 30 сентября 1946 года о том, что генеральный штаб сухопутных войск, которым он командовал как никак четыре года, освобожден от обвинения в том, что он был преступной организацией.
После этого Гальдер не ждал больше личного обвинения в Нюрнберге. О себе самом он писал тогда, что в силу его уже теперь известной позиции к Гитлеру и национал-социалистскому режиму — в отличие, например, от генерал-фельдмаршал а фон Манштейна — «он просто не тот тип, с которым можно вести оголтелую враждебную кампанию против юнкеров, милитаристов или слепых фанатиков». Свою функцию и ответственность как высшего офицера, принадлежавшего к руководящей элите Третьего рейха, в первые годы войны он оценивал довольно низко. Характерным для того времени общепринятого отрицания вины многими высшими командирами является анонимно сохранившееся высказывание одного из допрошенных американцами главнокомандующего воздушными силами, которым он пытался смягчить обвинение: «Я был всего лишь маленьким фельдмаршалом». Ввиду опасности предстать перед военным трибуналом Гальдер также прибегал к необходимой лжи во имя защиты и отрицал причастность военных к нацистским преступлениям, особенно на востоке; он уверял, что придерживался концепции оборонительной войны против большевизма. Так, он, как свидетель в «процессе Вильгельм-штрассе», в сентябре 1948 года утверждал, что немецкое нападение на СССР «было военной необходимостью», чтобы опередить Красную Армию.
В момент опасений и неизвестности по поводу Нюрнбергского трибунала Гальдер, с другой стороны, горько жаловался на то, что «Нюрнберг является местом не права, а политики», где обвинение имеет свободу «разжигать» общественное мнение тенденциозными сообщениями в прессе, в го время как защита лишена такой возможности. Эта озлобленность основывалась, однако, также и на тогдашних жизненных условиях Гальдера, так как в течение своего девятимесячного пребывания в Нюрнбергском дворце юстиции он был размещен в камере подвальной секции, которая напоминала о размещении в подвальной тюрьме гестапо на Принц-Альбрехт-штрассе, к тому же его почта была ограничена.