В своих показаниях перед комиссией по денацификации Гальдер утверждал, что не был информирован о многих распоряжениях и приказах Гитлера, особенно о бесчинствах групп СС на Восточном фронте, и свое положение в нацистском государстве зачислял в категорию низких; далеко не все документы попадали на его письменный стол. Защитник поддерживал Гальдера в стремлении представить себя как человека, не располагавшего достаточной информацией, тем более, что в своей работе о «принципиальных вопросах освободительного закона» он называл процесс денацификации «жестоким спектаклем», которого «еще долго будут стыдиться будущие поколения». Выступления защитника многократно сопровождались бурными аплодисментами.
Общественный обвинитель в своем выступлении ходатайствовал о зачислении Гальдера в хрупну главных виновников с направлением его в трудовой лагерь на три года и о конфискации 30 % имущества. Комиссия приняла решение, что Гальдер как офицер генерального штаба попадает под «действие, но не под обвинение» закола о денацификации; процесс следует прекратить. К тому же комиссия постановила, что о коллективной вине генерального штаба не может быть и речи.
Газета «Зюддойче цайтунг» и швейцарская газета «Ди Тат» характеризовали в своих комментариях приговор как «объективно приемлемый», но одновременно констатировали, что нельзя оправдать политическую и моральную вину Гальдера. Она подтверждается записями в его дневнике. Совесть Гальдера должна была восстать против приказов Гитлера, и он не должен был служить ему после 1939–1940 гг.
Однако решение Мюнхенской комиссии еще не снимало с Гальдера вины. При проверке апелляции генерального обвинителя в кассационной палате при ответственном за процесс денацификации баварском государственном министерстве по чрезвычайным делам записи в дневнике Гальдера подвергли тщательной проверке и в ноябре 1948 года подали апелляцию со ссылкой на его конкретное участие в осуществлении противоречащих международному праву приказов при нападении на Советский Союз в 1941 году. Конкретно ему инкриминировали участие в подготовке указа о приостановлении военной подсудности в районе «Барбаросса» и приказа о комиссарах. Для Гальдера становилось опасным то, что его личная причастность к преступлениям нацистов стала предметом дебатов, а его дневник использовался юристами в качестве доказательства его личной ответственности за противоречащие международному праву акты насилия во время войны. Обсуждалось именно то, в чем его и Браухича обвинял летом 1941 года убитый нацистами бывший посол фон Хассель, когда он констатировал, что они, отдавая «преступные приказы», накладывают на сухопутные войска «позорное пятно убийц-поджигателей».
Снимающий вину приговор первой инстанции в конце декабря был отменен баварским министерством по особым делам. В этой критической для Гальдера ситуации к нему на помощь пришел его новый работодатель — армия США. В последующие месяцы комиссия по денацификации многократно и безрезультатно пыталась назначить срок апелляционного разбирательства и вызвать Гальдера из лагеря. Армия США сообщила президенту апелляционной палаты, что Гальдер занят в их отделе истории важным проектом и «необходим для выполнения этой задачи», так что он не может «появиться в Мюнхене». Ввиду этого препятствия апелляционное разбирательство не состоялось. Министерству по особым делам не помогло также и то, что оно обратилось к военной администрации США в Баварии с просьбой о поддержке: Гальдер в Мюнхен не приехал. Он остался в Кенигштейне, в Таунусе, при отделе истории под покровительством американцев. В то время он избегал контактов с прессой и отказывался давать интервью; он хотел, чтобы его оставили в покое. Наконец министерство по вопросам политической реабилитации в Баварии дало 6 сентября 1950 года указание отозвать поданную апелляцию, так как в силу изданного в это время закона об окончании политической реабилитации от 27 июля 1950 года невозможно было рассчитывать на то, что Гальдер будет квалифицирован как «главный виновник или активист». Соответственно этому прежний приговор от октября 1948 года вступил в силу 12 сентября 1950 года и Гальдер с этих пор считался «свободным от обвинения».
Случай с Гальдером свидетельствует, что денацификация не внесла ясности в отношении личной ответственности за функционирование нацистской диктатуры. Более того, в силу определенных обстоятельств она не способствовала искоренению всех остатков нацизма. Во многих случаях денацификация вела не к чистке, а к бесконтрольной реабилитации. Гальдер принадлежал к тому командному составу, к которому правительство США охотно обращалось с целью стабилизации своей военно-политической позиции в Средней Европе во время «холодной войны» с Советским Союзом, так что он мог рассчитывать на протекцию США. Его первоначальная деятельность в отделе истории армии США после 1945 года является примером вовлечения немцев в новый фронт «холодной войны».