Хотя главнокомандующий США в Европе генерал Клей сначала намеревался закончить проект через год, он был потом продолжен на 1948 год, так как администрация США в рамках развития «холодной войны» требовала все новые заключения и экспертизы в качестве важных источников информации для войны на востоке. Наконец после очередного переезда в Карлсруэ в начале июня 1954 года работа была официально продолжена и распространена на исследования военно-воздушных сил. В качестве первоисточников обработчикам была в большом объеме предоставлена также немецкая документация, захваченная западными союзниками. До 1961 года под руководством Гальдера было составлено более 2 500 различных исследований.
Ими Гальдер хотел прежде всего продокументировать «искусство войскового и оперативного командования» в духе многовековой традиции. С его точки зрения в целом результаты работы «делали честь» инициаторам программы, сотрудникам и ему самому как руководителю. В специальных, отражающих их собственную работу исследованиях Гальдер и его сотрудники показывали, что для них важно было засвидетельствовать добродетели и честь немецкого солдата. Наряду с этим были и практические, очень выгодные для немецкой стороны результаты. Бывший генерал фон Швенненбург позже подтвердил, что в рамках работы для отдела истории было возможно похитить тот или иной обвинительный материал против немецких генералов, который мог бы найти применение на Нюрнбергском процессе. Это происходило даже с американской помощью. Знал ли об этом Гальдер и одобрял ли такие действия, установить невозможно. Но это кажется маловероятным, так как при исследовании ему, с одной стороны, была важна правда исторических событий, а с другой — он считал, что действия верховного главнокомандования сухопутных войск и генерального штаба во время второй мировой войны не подлежат обвинению.
Хотя генеральный штаб как институт в Нюрнберге был освобожден от обвинения в том, что он был преступной организацией, кадровым офицерам, как Гальдеру и его сотрудникам, было очень тяжело сохранять образ безупречного поведения и безупречной этики немецкого солдата перед лицом ставших известными в Нюрнберге немецких военных преступлений и массовых убийств евреев в Европе. Гальдер не закрывал глаза на эти преступления; он безгранично осуждал их. Однако именно молодым ученым и историкам он отказывал в способности охватывать трудные ситуации, которые приводили как к конфликтам, так и к связи с преступными приказами Гитлера.
Работу в отделе истории Гальдер связывал с надеждой на скорое тесное военное сотрудничество с США. Соответственно этому с весны 1950 года он составлял также для нового федерального правительства экспертизы о «возобновлении вооружения Германии» и структуре военной верхушки будущих немецких вооруженных сил. При этом он обратился к своим идеальным представлениям о том, что командование этими вооруженными силами должно «нести в себе священный огонь истинного солдата». Своими работами о второй мировой войне он хотел дать для этого необходимый материал.
Особую ценность имеют эти составленные на основе личного опыта исследования в тех случаях, когда современная историография не располагает воспоминаниями участников. Однако они не соответствуют научным требованиям. Тем не менее как руководитель немецкой секции отдела истории в Карлсруэ Гальдер приобрел роль дуайена немецкой военной историографии периода второй мировой войны.
Многие военные писатели, мемуаристы, редакторы военно-научных журналов и издательства военного жанра предоставляли ему свои работы и проекты публикаций для рецензирования. Соответственно его влияние в этой области было огромным.
В эти годы Гальдер часто скептически отзывался о возможностях и способностях ученых-историков проникнуть в феномен генерального штаба и военной оппозиции, так как они или гнались за быстрым и поверхностным успехом в стиле журнализма, или «рассматривали такие вопросы исключительно на уровне критического подхода». Неоднократно он повторял, что молодые историки и студенты своими историческими исследованиями хотят занять кресло судьи. Это поколение историков из всего делает «в первую очередь юридической вопрос признания вины». С этим он не хотел иметь ничего общего. Если ему слишком надоедали расспросами о его работе или солдатскими вопросами, то он не стеснялся советовать молодому поколению сначала в солдатском коллективе выполнить свой гражданский долг, чтобы получить личное впечатление о солдатской службе, прежде чем заниматься историческими исследованиями. Показательно, что в пятидесятые годы Гальдер считал, что еще не пришло время приступить к исследованию военного сопротивления Гитлеру. В 1950 году он предостерегал от несвоевременной дискуссии о проблеме сопротивления и измены родине перед общественностью, так как еще близки эти события; к тому же не исключено, что общественное обсуждение вопроса сопротивления и присяги вызвало бы возможные осложнения для будущих немецких вооруженных сил, так как для них принципиальная верность присяге также имела основополагающий характер.