Служба в главном командовании была непростой, тем более что баварский наследник престола, как и его начальник генерального штаба, известный своим особым чувством долга генерал Герман фон Куль, по военным и политическим причинам не всегда соглашались с решениями высшего командования при Гинденбурге и Людендорфе; нередко в штабе обсуждались противоположные мнения с многочисленными отечественными и зарубежными посетителями.
Личные наблюдения и опыт в убийственной позиционной войне в боях за Верден и на Сомме значительно и прочно повлияли на представления Гальдера о войне и его взгляды на современное руководство операциями и войсками. Прежде все го это сказалось на его требованиях быстрого, подвижного ведения войны с поисками решения, что он и поощрял в последующие годы как инструктор и руководитель больших маневров рейхсвера и вермахта, а потом во время второй мировой войны практиковал как начальник генерального штаба.
Наконец Гальдеру была поручена подготовка продвижения фронта на линию «Зигфрид» в сфере действий 2-й армии. Хотя служба в высших штабах была честью для молодого офицера генерального штаба, ему больше хотелось участвовать в боевых действиях. Во время войны он многократно просил послать его на фронт, однако получал отказ.
После роспуска штаба группы армий «Кронпринц Руппрехт фон Байерн» и возвращения войск на баварскую родину Гальдер в середине декабря 1918 года приехал в Мюнхен и был назначен адъютантом и капитаном в генеральном штабе главного баварского командования. Там в начале нового года он в рамках так называемого, «полугодия без войны» начал изучать экономику государства в Мюнхенском университете. Он посещал учебные занятия по статистике, страхованию и политической экономии доцентов фон Майера и Лотца. Когда в конце марта 1919 года он убедился, что, несмотря на осуществляемую Германией демобилизацию и разоружение, он может продолжать свою офицерскую карьеру, то к 15 апреля закончил свою учебу.
Как и многие другие офицеры, после крушения монархов и династий Гальдер потерял общественную и военную основу своей профессиональной деятельности. Как баварский офицер отречением баварского короля Людвига III 13 ноября 1918 года он был также освобожден от своей присяги в верности. Однако в силу того, что он работал в верховном командовании в подчинении кронпринца Баварского Руппрехта, «потерю» германского императора как консолидирующего центра военно-политических событий Гальдер не воспринимал так глубоко и болезненно, как прусские офицеры генерального штаба. Проявлявшаяся иногда критическая позиция кронпринца Руппрехта по отношению к Берлину или императору, Гинденбургу и Людендорфу не способствовала слепой вере во власть Гогенцоллернов в империи. Вместо этого Гальдер сохранил многолетнюю личную связь со своим главнокомандующим, кронпринцем Баварским, и использовал свой шанс, чтобы остаться кадровым офицером и в повой республике.
Офицер рейхсвера и вермахта
Умения и способности Гальдера как молодого офицера генерального штаба были признаны во время мировой войны, и это привело к тому, что он сначала остался в баварском генеральном штабе. В конце марта 1919 года его командировали в мюнхенское министерство военных дел под командованием министров Альберта Россхауптера и Эрнста Шнеппенхорста, где назначили в армейский отдел Начальником этого отдела был майор Риттер фон Лееб, с которым он уже работал в главном командовании группы армий «Кронпринц Руппрехт фон Байерн». Гальдер был подчинен отделению 1а (формирование) и руководил сферой общих организационных вопросов в связи с формированием новой оборонной структуры Германии. В то время состав вооруженных сил бывшей империи должен был быть постепенно снижен до уровня мирного времени. 20 июня 1919 года в Версале германская делегация подписала мирный договор. После вступления в силу этого договора численность немецкой армии должна была в течение трех месяцев сократиться до 200 000 человек, а к 31 марта 1920 года до окончательной предписанной численности в 100 000 солдат-добровольцев и 4 000 офицеров.