1 октября 1916 года обер-лейтенант флота Дёниц, в то время исполнявший обязанности адъютанта капитана второго ранга фон Кнорра на «Бреслау», был откомандирован в подводный военно-морской флот. В аттестации, данной на него его последним командиром, было сказано, что обер-лейтенант является способным офицером и годен для прохождения службы как в подводном, так и в надводном флотах. Первоначально последовал приказ о возвращении на родину. Юная чета Дёницев прибыла в город Киль и поселилась на Фельдштрассе. Шел третий год первой мировой войны, на Западном фронте она давно уже превратилась в позиционную войну на суше и в транспортную войну на море, английская блокада наложила свой отпечаток на положение с материальным обеспечением. Блестящая империя кайзера, кажущееся неисчерпаемым благополучие, бьющее через край сознание силы уже угасли. Родной край совсем не походил на ту страну, которую Дёниц покинул в 1912 году. Последняя надежда — на глобальную подводную войну против Англии, чтобы вынудить эту островную империю к уступкам и ослабить удушающую петлю блокады. Но какое воздействие окажет это на позицию Соединенных Штатов Америки — такой вопрос не возникал у молодых, начинающих офицеров-подводников, да и не мог возникнуть, так как для вопросов и раздумий теперь не было времени. Один учебный курс следовал за другим: сначала обучение подводным торпедным стрельбам на учебном миноносце «Вюртемберг», затем курс обучения вахтенных командиров подводных лодок на учебном судне «Вулкан». В январе 1917 года, незадолго до объявления глобальной подводной войны, обер-лейтенант Дёниц прибыл для прохождения службы в должности вахтенного офицера на подлодку U-39. Командир, капитан-лейтенант Вальтер Форстман, уже создал себе известность. Дёниц учился ведению боевых действий в Атлантике. Число погружений резко возросло. Однако те подлодки, что имелись в распоряжении для ведения транспортной войны, очень проигрывали в количественном отношении. Каждая подлодка вела свой бой в одиночку. Противник же отправлял свои транспортные суда в сопровождении многочисленного и хорошо вооруженного конвоя. Таким образом, действия подлодок не смогли помешать Соединенным Штатам Америки объявить войну Германской империи, использовав как повод к пей глобальную подводную войну. Соединенные Штаты Америки отправили в Европу большую Экспедиционную армию, состоящую из прекрасно вооруженных свежих дивизий.
Но, как и в 1914–1916 годах, судьбе вновь было угодно удалить Дёница с главного театра военных действий, разворачивающих у берегов Англии. Он был назначен во Вторую немецкую подводную флотилию, базировавшуюся в австро-венгерском военном порту Пола (современное название Сплит, находится в Хорватии. — Прим. пер.) на Адриатическом море. Когда район стратегического сосредоточения и развертывания немецких подлодок в Северном море сузился, то местом нахождения военно-морских сил стран Центральной Европы (военного союза Германии и Австро-Венгрии, к которому присоединились Болгария и Турция. — Прим. пер.) стал порт Пола в «бутылочном горлышке» Адриатики. Каждая подлодка, вводимая в бой против итальянских кораблей, осуществлявших связь между портами, и против британских караванов судов с их охранением, должна была прорываться сквозь минные и сетевые заграждения противника в проливе Отранто, опасаясь также и наблюдения с воздуха.
В Поле Дёниц стал командиром небольшой подлодки UC-25, затем он получил под свое начало большую подлодку U–68 с шестью торпедными аппаратами (12 торпед) и корабельной пушкой калибра 88 мм. Боевая задача, поставленная ему, предписывала заминировать морское пространство близ берегов Сицилии и затем топить вражеские торговые суда. В начале октября 1918 года он согласовал свои действия с командиром другой подлодки о совместном нападении на вражеский конвой в море юго-восточнее Сицилии, создав, так сказать, прообраз группового взаимодействия подлодок при выполнении боевой задачи. Но эта операция не осуществилась, ремонтные работы задержали выход в море второй подлодки.