4 октября Дёниц на подлодке U–68 атаковал британский конвой у мыса Пассеро возле берегов Сицилии и потопил один корабль, однако отказал аппарат управления глубоководным погружением. Он был вынужден всплыть прямо в расположении вражеского конвоя и тотчас подвергся артобстрелу с торговых судов и с кораблей конвоя. Его подлодка получила множество повреждений и сдалась. Британцы вытащили из воды главного инженера и пятерых матросов и пленили всех до единого членов экипажа. Попав на британский военный корабль, Дёниц тотчас приказал своей спасенной команде построиться, подтянуться и провозгласил троекратное «Ура» в честь Его Величества кайзера. Британский командир нашел эти действия театральными и отодвинул Дёница в сторону. В остальном обращение с ними было безупречным.
Дёниц был доставлен в лагерь военнопленных Вардалия на Мальте. Тем временем в Германии вспыхнула революция, матросы океанского флота подняли красное знамя, кайзер, являвшийся верховным главнокомандующим военно-морским флотом, покинул страну и отправился в Голландию. Была провозглашена республика. Когда 11 ноября было заключено перемирие, Дёница отправили в Великобританию в офицерский лагерь Редмайес, под Шеффилдом. Среди заключенных здесь 600 немецких офицеров находились также и несколько подводников. Стали вдруг раздаваться осторожные суждения, что в душе, мол, многие из пас всегда были республиканцами. Для Дёница же верность кайзеру и в несчастье оставалась высшим долгом. Он стремился при любых обстоятельствах сохранить свое достоинство. Только в июле 1919 года, после подписания мирного договора в Версале, он вернулся в Киль к жене, которая ждала его все это время.
Имперские военные порты, внушавшие прежде гордость, были теперь пусты. Согласно решениям Версальского мирного договора германскому военно-морскому флоту разрешили оставить 6 старых линейных кораблей, 6 еще более старых легких крейсеров, 24 эсминца и миноносца. Максимальное водоизмещение броненосцев не должно было превышать 10 000 тонн, тяжелых крейсеров — 6 000 тонн, миноносцев — 800 тонн. Иметь тяжелые боевые корабли, подводные лодки, морскую авиацию, тяжелую береговую артиллерию запрещалось навсегда. Личный состав ограничивался 1 500 офицерами и 15 000 рядовых, поступающих на службу добровольно. Еще в 1922 году положение было очень тяжелым: из линейных кораблей только два, считавшихся флагманскими кораблями для двух военных баз военно-морского флота на Северном и Балтийском морях, были пригодны к боевому применению; из шести крейсеров лишь четыре сохранили боеспособность, да один использовался как учебное судно; из эсминцев — в общей сложности 22, из них 4 судна служили для охраны рыбного промысла.
Стоило ли служить дальше? Такой вопрос возник и перед молодым обер-лейтенантом, как перед тысячами других его товарищей. Первый главнокомандующий нового республиканского военно-морского флота адмирал фон Трота, наоборот, в этих тяжелых обстоятельствах воспользовался выпавшим ему шансом, чтобы набрать 1 500 офицеров, разрешавшихся ему по договору, и выбрать лучших из всего офицерского корпуса, принимавшего участие в боевых действиях. Дёниц, как он сам это признавал, был монархистом и по своему убеждению, и по своему воспитанию. Теоретически он также и позже признавал монархию самой идеальной формой государственного устройства, и саркастическое высказывание Гитлера о том, что армия у него христианская, военно-воздушные силы — национал-социалистические, а военно-морские силы — кайзеровские, относились также и к Дёницу, которого его враги потом называли «фанатичным национал-социалистом». В 1919 году молодым морским офицерам было, впрочем, ясно, что есть более важные заботы, чем возрождать бесславно павшую монархию. Новое государство — чуждая им республика, принявшая в городе Веймаре новую конституцию, — нуждалось для своей защиты в лояльных государственных служащих. Еще оставался открытым вопрос о победе большевизма в Германии. Тесть Дёница, генерал Вебер, решил остаться на службе. Народ и родина были для этих офицеров превыше какой-либо формы правления. Он призвал Дёница последовать его примеру.
Офицеры-подводники в конце концов стали считаться элитой среди морских офицеров. Дёницу ничто не препятствовало быть принятым в военно-морские силы. В августе 1919 года он начал служить в береговой части и стал референтом по обработке анкетных данных офицерского состава в отделе кадров военно-морской базы в Киле на Балтийском море. Его начальником был имевший много наград командир подлодки, капитан 3-го ранга Отто Шульце. 1 марта 1920 года Дёниц был назначен командиром на старый миноносец первой флотилии в Киле.