В первый месяц войны еще действовал приказ, предписывающий подводным лодкам придерживаться обычных классических правил и, кроме того, никогда не нападать на французские суда. Согласно общеизвестным правилам торговые корабли противника останавливали, забирали военные трофеи, эвакуировали экипаж. И только после этого торговое судно можно было затопить. Подводные же лодки из-за своих боевых качеств и системы вооружения были неспособны так действовать. Тотальная подводная война, или, как было принято у немцев говорить в первую мировую войну, — неограниченная подводная война, представляла собой для кораблей, подвергшихся нападению, слишком большую опасность; в сущности, ни одно из существовавших тогда правил ведения военных операций на суше и на море не подходило для этой формы ведения войны. При массированном применении подводных лодок против кораблей сопровождения невозможно было уделить должное внимание спасению экипажа торпедированного судна, невозможно было также получить приз (награду) — захваченное судно, — препроводив его, по законам традиционного ведения войны, в немецкий порт.
Ведение подводной «полувойны» принесло уже в первую ночь войны с 3 на 4 сентября 1939 года мучительную неудачу, которую едва ли можно было предвидеть. Подводная лодка U–30 под командованием капитан-лейтенанта Лемпа торпедировала в 250 милях западнее Ирландии большой пассажирский лайнер «Атения» водоизмещением 13 000 брутто-регистровых тонн, шедший с потушенными огнями. Командир подводной лодки принял лайнер за войсковой транспорт. Этот инцидент был замят, Дёниц прикрыл своего командира. Директивы и инструкции гитлеровского военно-морского руководства были составлены неясно и нечетко, вину за случившееся можно было отнести на этот счет. 20 сентября 1939 года Гитлер прибыл в сопровождении главнокомандующего военно-морским флотом генерал-адмирала Редера в Зенгварден под Вильгельмсхафеном. Дёниц кратко, ясно и по существу изложил свои тезисы о приоритете подводных лодок в судостроении, так как только подводный военно-морской флот, осуществляя удары по морским коммуникациям в Атлантике, был способен нанести Англии решающий удар. Гитлер молчал. Очевидно, он был не в состоянии усвоить эту сильную с точки зрения морской стратегии концепцию. Генерал-адмирал Редер также молчал. Он не думал о концепции Девица, его мысли сосредоточились на комбинированной войне, в которой были бы задействованы все боевые соединения военно-морских сил на морском пространстве вокруг Англин. С другой стороны, он размышлял о том, что не стоит заменять Дёница капитаном первого ранга Фридебургом, чтобы он занимался только техническими вопросами по строительству подводных лодок. Ведь только Дёниц обладал способностью вести в бой на созданном им вооружении и увлекать за собой своих людей.
30 сентября 1939 года изжило себя положение о призах после того, как Великобритания ясно дала понять, что будет вести борьбу с подводными лодками всеми доступными ей средствами.
1 октября 1939 года Дёницу было присвоено звание контр-адмирала, и должность его стала называться — командующий подводными силами. Способ ведения войны теперь несколько изменился. Строительство подводного флота не получило приоритета, к которому Дёниц стремился: ожидаемый выпуск 25 подводных лодок в месяц, приспособленных к действиям в мировом океане, столкнулся с чисто техническими трудностями производства. Как и в первую мировую войну, были нашумевшие рейды отдельных подводных лодок, раздутые национал-социалистической пропагандой как нечто грандиозное. Среди них была и ведущая подводная лодка — «Звезда» под командой чрезвычайно умелого и мужественного капитан-лейтенанта Прина, который по плану, разработанному Дёницем собственноручно, проник в бухту Скапа-Флоу и потопил британский линейный корабль. (Событие произошло 14 октября 1939 года. Английский линкор «Роял Оук» стоял в своей базе Скапа-Флоу. Прин привел туда подводную лодку «U-47» по узкому фарватеру и торпедировал корабль. Линкор пошел ко дну. Погибло 786 английских матросов и офицеров.) Однако для концепции атлантической войны, которая в тот момент еще не состоялась, это не имело никакого значения.
У Дёница был свой план ведения войны в суровых, неспокойных водах Атлантики, войны, которая могла бы продлиться годы, а не месяцы. Ему требовалось как можно больше подводных лодок, в идеальном случае — сто боевых единиц в районе проведения операций, управляемых по радио с командного пункта на суше. Ему нужна была также свобода действий для боевого применения своих подводных лодок на «экономическом» направлении, что означало иметь возможность сосредоточить свой флот на твердо выдержанном направлении главного удара по «Western Approaches». Необходимо было месяц за месяцем в этой транспортной войне отправлять на дно столько судов, чтобы потери превысили число новых поступлений. Судя по способу ведения войны на суше, мы знаем, что германский фюрер и верховный главнокомандующий вермахта были не в состоянии понять решающего значения формирования четкого направления главного удара и сосредоточения всех сил для достижения окончательного исхода битвы.