30 января 1943 года, в десятую годовщину так называемого прихода к власти Гитлера и в день гибели под Сталинградом 6-й армии, Дёниц принял в Берлине главнокомандование военно-морским флотом. Его собственный штаб командующего подводными силами во главе с контр-адмиралом Годтом, на которого в будущем легло непосредственное руководство боевыми операциями подводного флота, а также штаб руководства военно-морскими операциями дали ему ясно понять, как абсурден приказ Гитлера о сдаче на слом целых соединений тяжелых кораблей. Если снимут тяжелую артиллерию, в итоге получат 13 тяжелых батарей. Идея о направлении команд кораблей немедленно на подводный флот была далека от действительности, боевым действиям на суше они также не были обучены. Процесс уничтожения надводных боевых кораблей заблокирует в дальнейшем производственные мощности и помещения верфей. Не в характере Дёница было исполнять несправедливые или неправильные приказы, он также не был тем человеком, который в таком случае осознал бы свое бессилие и смирился перед Гитлером. Он снова полетел в ставку Гитлера и высказал ему, как ценна могла бы быть помощь больших кораблей при поддержке Восточного фронта, ведущего тяжелые бои, что эти боевые корабли должны сражаться, а не простаивать, быть полезными и нести службу. Гитлер был ошеломлен. Дёниц тут же спросил, будет ли дано его согласие на то, чтобы линкор «Шарнхорст» снова приступил к боевым действиям. Гитлер ссылался на «обязательность» выполнения своих приказов всегда, когда в голову приходило внезапное решение. Но теперь он пошел на уступки, хотя и настроен был скептически. Дёниц выиграл битву за флот на «внутреннем фронте».
Адмирал уже сказал однажды Гитлеру свое решительное «нет» на вопрос, серьезно затрагивающий моральную сторону ведения войны. 14 мая 1942 года, в присутствии гросс-адмирала Редера, он делал доклад Гитлеру о подводной войне, достигшей своего кульминационного момента. Гитлер видел уже победу на море у себя в руках и спросил с нетерпением, не следует ли также атаковать и оставшихся в живых после торпедирования корабля? По его мнению, хорошо обученный экипаж был не менее важен, чем весь корабль в целом, поэтому он считал, что нужно уничтожить всю команду. Дёниц в своей ясной и сухой манере отклонил такое предложение, сказав, что это было бы против всякой человеческой морали. Подводный флот не должен отягощать себя на войне еще и убийствами безоружных людей. Гитлер оставил эту тему и никогда больше к ней не возвращался. Картина эта всегда повторялась. Если кто-то из высших военных руководителей возражал Гитлеру, но тот чувствовал, что этот офицер его, Гитлера, миссию, выбранную им самим для себя, не ставит под сомнение, что он воспринимает его серьезно, то он мог перейти на примирительные позиции или отказаться от решения, которое до этого считалось окончательным.
Позиция Дёница по отношению к преступным и наглым требованиям Гитлера становится понятной по его реакции на инцидент, произошедший с сухогрузом «Пелеус». В феврале 1944 года группа из шести подводных лодок была направлена в Индийский океан, чтобы в отдаленной акватории продолжить подводную транспортную войну с противником. Но лишь пять подводных лодок прибыли в район операций. Подводная лодка U-852, командиром которой был капитан-лейтенант Хайнц Экк, натолкнулась в Южной Атлантике на крупное греческое грузовое судно «Пелеус» водоизмещением 4 695 брутто-регистровых тонн и потопила его двумя торпедами. Экк, опасаясь, что оставшиеся в живых члены экипажа могут выдать местонахождение его подводной лодки, приказал уничтожить пулеметным огнем находящихся в воде людей. Никто не должен был уцелеть. Тем не менее три члена команды через какое-то время достигли берегов Западной Африки, принадлежавших Португалии. В мае 1944 года Экк вместе со своей командой попал в плен, после того как у острова Сокотра перед входом в Красное море была потоплена его подводная лодка. После капитуляции, в октябре 1945 года, Экк, его офицеры и команда должны были предстать и держать ответ за убийство перед британским военным судом. Командир, три офицера и один обер-маат (старшина первой статьи. — Прим. пер.) были приговорены к смерти и расстреляны. Дёниц, который в это время уже находился в Нюрнберге как «военный преступник», узнав о случае с «Пелеусом», пытался найти оправдание своему подчиненному командиру в том, что его действия носили вынужденный характер из-за реально возникшей опасности раскрытия секретности всей операции. Одпако он дал недвусмысленно понять, что будучи немецким адмиралом, не мог ни санкционировать, ни одобрить действия подобного рода. Его самого никак нельзя было обвинить в преступлениях против человечества.