Дёниц учил своих офицеров-подводников не полагаться на служебный авторитет офицера, а сосредоточить свое внимание на личности, на поступках, на основополагающих принципах взаимоотношений с командой. Учил он их также не думать в бою о смерти, а только о жизни. Это противоречило в корне принятой в Германии традиционно завышенной оценке героической смерти. Так пытался Дёниц сформировать дух вверенного ему офицерского корпуса всех родов военно-морских сил.
Когда в 1943 году он принял на себя обязанности главнокомандующего, было ясно, что возложенная на него задача чрезвычайно трудна, что от него ожидают почти невозможного. После провала глобальной подводной войны стало ясно, что ночь постепенно опускается на Третий рейх. Он должен продолжать подводную войну, чтобы сковывать вражеские военно-воздушные и военно-морские силы, вынудив их давать отпор подводным лодкам. Как вспоминал сам Дёниц, его моряки постоянно шли на самопожертвование. Он потерял в этой войне обоих своих сыновей. В 1943–1944 годах они оба навечно остались на морском дне.
Также нужно было сразу же браться за перевооружение подводного флота, что было связано с факторами риска. Решение оснастить подводные лодки двигателями, одним из компонентов топлива которых является перекись водорода (изобретение профессора Вальтера), чтобы придать им более высокую скорость в подводном положении, могло лишь частично облегчить положение.
Многообещающим было серийное производство совершенно новых подводных лодок типа XXI и XXIII, оснащенных шноркелем для подачи воздуха. Противник ждал их появления с большим опасением. То, что этим подводным лодкам, несмотря на массированные атаки союзников с воздуха на прибрежную акваторию Германии, где происходили военные действия, удавалось в течение 13 месяцев поражать цели, было почти чудом. Это «чудо» нужно было спланировать, нужно было все хорошо обдумать, что. отняло очень много времени у гросс-адмирала.
Ему самому было ясно, что перевооружение было не чем иным, как соревнованием с временем, а время бежало тем быстрее, чем сильнее наседал противник на существующую лишь в воображении Гитлера «крепость» покоренной им Восточной Европы с юга и, наконец, с запада, начав там в июне 1944 года наступление. Дёниц был убежден, что западный противник не в состоянии высадиться на Европейском континенте крупными силами, по крайней мере до тех пор, пока его «серые волки» угрожали торговым коммуникациям Атлантики и пока, стрелка компаса колебалась между потерями тоннажа и его приобретением (между потопленными и заново построенными кораблями). С июля 1943 года число вновь построенных кораблей превзошло число потерь. Гитлер сам сказал Дёницу в январе 1943 года, как высоко он ценит значение действий подводных лодок при защите полосы обеспечения в Атлантике — увы, запоздалое признание. И тем не менее подводный флот был теперь в том же положении, что и в 1939 году; его удары были теперь для противника не более страшны, чем «булавочный укол».
Перед военно-морским флотом также стояла задача по охране огромной по своей протяженности береговой линии «крепости», начиная с Черного моря, включая Эгейское море, берега Италии, западное и северо-западное побережье Франции и далее до Норвегии. Для этой цели были задействованы подводные лодки, легкие военно-морские силы, малые боевые средства новых видов, мины, береговые батареи. Необходимо было добиться во что бы то ни стало сохранения блокады в восточной части Балтийского моря против советского флота, чтобы обеспечить спокойную акваторию для строительства подводных лодок и подготовки личного состава, а также иметь возможность для вывоза руды морем из Швеции. Как-то Фридрих Великий очень мудро заметил: «Кто хочет все защитить, не защитит ничего». Война на суше, на море и в воздухе переплелась здесь в такой форме, какая едва ли раньше была известна. Германия, по крайней мере, такой войны еще не знала. Судьба балтийской блокады во многом зависела от реальной стойкости Финляндии и от группы армий «Север», от ее способности удержать фронт под Нарвой. Сможет ли Дёниц еще раз, опираясь на прекрасно оснащенные базы снабжения подводных лодок на западном побережье Франции, развить второе наступление в Атлантике, имея на вооружении подводные лодки нового типа — все это зависело от результата великой битвы во Франции против союзнических армий. Как офицер высшего командного состава военно-морского флота он, по его убеждению, должен был соблюдать только интересы военно-морского флота. Поэтому он торпедировал своими решениями в июле 1944 года требования главнокомандующих групп армий «Центр» и «Север» фельдмаршала Модели и генерал-полковника Фрисснера о выводе своих разбитых на Балтике соединений. Армейские офицеры, наоборот, соблюдали только интересы своих фронтов на суше.