Тяжелые боевые корабли военно-морского флота из-за превосходства в воздухе союзников были повсеместно заблокированы на своих стоянках у берегов Норвегии. «Шарнхорст» трагически погиб при повторной атаке против конвоя на мурманской трассе. Единственный из оставшихся линейных кораблей «Тирпиц» стал жертвой воздушного налета противника.
В июле 1944 года Дёницу стало ясно, что позиции в Балтийском море на длительный срок сохранить не удастся, что борьба закончится скорее всего поражением немцев. Перевооружение подводного флота шло успешно, но могло произойти все, что угодно, прежде чем новые подводные лодки в соответствующем количестве появятся на вооружении. Из-за воздушных налетов на Берлин командный пункт гросс-адмирала летом 1943 года был перенесен в лагерь «Коралле», расположенный между Бернау и Эберсвальде. 20 июля 1944 года сюда пришло известие о неудавшемся покушении на Гитлера в его главной ставке и о попытке путча.
Дёниц был поражен, его реакция была необычайно острой, причем в пользу Гитлера. Об инициаторах государственного переворота, об их моральных и политических побудительных мотивах он не имел ни малейшего представления. Дёниц вообще не знал истинной картины происходящего в Германии, не представлял себе всех гнусных сторон правящего режима. Изо дня в день он вынужден был посылать все новые соединения своих подводных лодок (на «новую жертву»), с большой озабоченностью смотрел он на критическое положение на Восточном фронте. Всю Балтику уже нельзя было удержать. Финляндия вышла из войны, и район боевой подготовки и боевых действий, то есть всю восточную и центральную часть Балтийского моря можно было считать потерянной. Тогда ему еще не ясно было то, что сегодня знаем мы: что каждый месяц, который продлевал войну, каждая солдатская жертва означали сохранение режима, который втайне исповедовал убийство как государственное благо. Когда Дёница однажды спросили в частной беседе о теневой стороне гитлеровской системы, он ответил: «Вы не представляете себе, как я был отрезан от всего в “Коралле”». Затем он высказал вслух мысль о том, кому и как мог бы помочь, если бы он раньше узнал обо всех этих ужасах в концлагерях. Если бы он сам встал в ряды «путчистов», то все равно со своими подводными лодками ничего бы не смог сделать против Берлина! Это замечание, пронизанное легкой иронией, было высказано в разговоре уже спустя долгое время после войны и после заключения в Шпандау (крепость, построенная в 16 веке для прикрытия подступов к Берлину, с 20-х годов 20 века в черте города. С 1946 года международная тюрьма в Западном Берлине, где отбывали наказание нацистские военные преступники, осужденные Международным военным трибуналом. В 1983 году в Шпандау находился только Рудольф Гесс, которому было 89 лет. — Прим. пер.).
Резкая отповедь, данная им в свое время тем, кто принимал участие в государственном перевороте 20 июля, окончательно укрепила за ним ярлык «фанатичного нациста». Тогда, в 1944 году, он отмечал с большим удовлетворением, что в военно-морском флоте в ряды клятвопреступников встали только один капитан третьего ранга из верховного главнокомандования вермахта и его бывший начальник по военно-морской базе на Северном море адмирал Канарис. Флот просто не должен был снова «пасть», как в 1918 году. Это была больная память для всех морских офицеров старшего поколения в Германии.
Изначально Дёниц полагал, что война против Англии будет длиться очень долго, возможно, лет семь, и при успешном ведении этой транспортной войны можно было бы склонить Англию к миру на «паритетных» началах. Летом 1944 года можно было сделать вывод, что Германия долго не выстоит в этой мировой войне. Итог для подводного флота, все еще ожидающего новые типы (XXI и XXIII) подводных лодок, был удручающим. В промежуток времени между 1 июня и 31 декабря 1944 года подводными лодками было потоплено ИЗ кораблей водоизмещением 530 510 брутто-регистровых тонн. Собственные потери составляли 138 подводных лодок. Противник активизировал свои действия. Британское командование, впрочем, предполагало, что положение может снова измениться, если немцам удастся выпустить в большом количестве подводные лодки нового типа и приступить к их боевому применению. Это не могло произойти раньше начала лета 1945 года. Если рассматривать соотношение сил в марте 1945 года, то оказывается, что немецкий подводный флот насчитывал 463 боевых единицы — уровень начала войны, что, по представлениям Дёница, можно было бы назвать более чем идеальным положением. Противник располагал для противолодочной обороны свыше 426 эскортирующих боевых кораблей в своих водах и 37 авиационных групп истребителей прикрытия в районе боевых действий на судоходных трассах. Последние бои с конвоями, в которых участвовали обычные подводные лодки, происходили в марте 1945 года в Северном море. Между 11 и 21 марта 1945 года группа «Хаген», состоявшая из девяти подводных лодок, атаковала конвой JW-65, шедший в Мурманск в сопровождении двух конвойных авианосцев и 19 эскадренных миноносцев. Был потоплен один из кораблей охранения и два из 24 транспортных судов. Атаки 23–31 марта 1945 года на конвой RA-65, состоявший из 25 кораблей, были безуспешны.