После третьей и последней радиограммы Бормана гросс-адмирал намеревался проигнорировать созданное по завещанию Гитлера имперское правительство Геббельса с Мартином Борманом в качестве «партайминистра». Если бы Геббельс и Борман объявились во Фленсбурге, то они были бы арестованы. Дёниц хотел видеть в качестве внешнеполитического советника бывшего министра иностранных дел рейха барона фон Нейрата, от которого Гитлер избавился в 1938 году, и во главе верховного командования вермахта желал бы поставить фельдмаршала фон Манштейна, которого Гитлер в 1944 году отстранил от службы. Однако местопребывание обоих было неизвестно. Он обратился с просьбой к бывшему до настоящего времени министром финансов рейха, консерватору по своим убеждениям, графу Шверину фон Крозигу, пригласив его стать советником и ведущим министром во временном правительстве рейха. Граф Шверин-Крозиг, бывший экспертом по финансовым вопросам, но не дипломатом, колебался, однако затем ответил согласием. Был сформирован небольшой рейхскабинет, в котором Альберт Шпеер курировал хозяйственные вопросы, а бывшие рейхсминистры Бакке и Дорпмюллер отвечали за продовольственное снабжение и средства сообщения. Временному рейхскабинету из бывшей знати Третьего рейха осталось небольшое поле деятельности. Тем временем главком Южного фронта фельдмаршал Кессельринг известил гросс-адмирала о том, что группа юго-западных армий («С») в Северной Италии и Тироле по взаимному соглашению с фюрером СС и полицией Италии добровольно капитулировала перед западными союзниками, что было очень некстати для сильного коммунистического партизанского движения в Северной Италии и предводителя югославской коммунистической партизанской армии Тито, так как англо-американские войска вклинились глубоко во фланги наступающим на север югославам. Дёниц одобрил — что оставалось ему делать, а 3 и 5 мая 1945 года с его согласия капитулировали группа армий «Юг» во главе с главкомом Кессельрингом и сражавшаяся против Тито на юго-востоке группа армий «Е».
Самым трудным днем для него, бывшего командующего подводными силами, спланировавшего битву в Атлантике и руководившего ею, был, вероятно, день 4 мая 1945 года. Монтгомери потребовал передачи военного и торгового флота. Чтобы не рисковать ходом частичной капитуляции, Дёниц согласился отдать военный флот и приказал явиться подлодкам, а также остальным боевым кораблям всех типов, находившимся в исправном состоянии. Он действовал четко и бескорыстно, так, как положено солдату, которым он всегда был. Его адъютант, капитан третьего ранга Людде-Нейрат, исказил приказ за спиной своего гросс-адмирала, которого он глубоко уважал и почитал. Это привело к тому, что 221 подлодка потопили сами себя. 151 подлодка, среди них 12 типа XXIII и одна типа XXI, попали в руки противника. 44 подлодки находились на боевых заданиях, когда «лев», как называли Дёница его подводники, издал краткий прощальный приказ, в котором он удостоверял, что его матросы и офицеры дрались как львы.
Второй этап окончания военных действий предполагал общую капитуляцию всех войск, сражавшихся против западных держав. 6 мая 1945 года Дёниц направил генерал-адмирала фон Фридебурга и генерал-полковника Штумпфа в ВВС, а генерал-лейтенанта Кипцеля в штаб-квартиру союзников в Реймсе.
Генерал Дуайт Дейвид Эйзенхауэр, верховный главнокомандующий силами союзников в Западной Европе, руководствовался в своей военной карьере теми же принципами, что и Дёниц. Какая бы ни была политическая обстановка, солдат обязан подчиняться политическому руководству. Поэтому он настаивал, следуя директивам президента, на безоговорочной капитуляции. Пускаться в переговоры об отсрочках, о каких-то особых сделках с армией, которая сражается против Советов и их союзников, он никоим образом не собирался. Дёниц настоятельно просил начальника оперативного штаба вермахта генерал-полковника Йодля самому полететь в Реймс, чтобы попытаться выговорить отсрочку хотя бы в 48 часов между подписанием акта о капитуляции и вступлением его в силу. Йодль прекрасно понимал, что оставалась либо капитуляция, либо — хаос. Гросс-адмирал решился на капитуляцию, которая была подписана Фридебургом, Штумпфом и Йодлем 7–8 мая 1945 года в Реймсе, с оговоркой, что она вступит в силу 9 мая в 00 часов 00 минут и эта повторная процедура состоится 9 мая 1945 года в Карлсхорсте в присутствии советского командующего и представителей германского вермахта.