Гросс-адмиралу и «временному правительству» дали понять, что всеобщую капитуляцию подписали не представители немецкого рейха; капитулировало верховное командование вермахта. Немецкое правительство больше не существовало для союзников как на Западе, так и на Востоке. Согласно решениям конференций в Тегеране и Ялте в 1943 и 1945 гг., имперское правительство в Германии (все равно какого состава) не предусматривалось. Территория германского рейха была сначала поделена на 3, а затем на 4 оккупационных зоны, где функции правления переходили соответственно к США, СССР, Великобритании и Франции. Осторожные попытки немецких эмигрантов в Вашингтоне создать эмигрантское правительство, постоянно отклонялись. 9 мая 1945 года Дёниц и его ближайшие сотрудники по ратному делу, адмиралы фон Фридебург, Герхард Вагнер и Годт стали де-юре военнопленными новой британской оккупационной власти. Тем не менее гросс-адмиралу Дёницу и его правительству оставили молча, не подвергая сомнениям, законность правительства, но и без какого-либо официального признания анклав Фленсбург-Мюрвик с видимым суверенитетом. Так же было разрешено дальнейшее существование полностью вооруженного охранного батальона Дёница, состоявшего из моряков-подводников под командой капитана третьего ранга Кремера.
Совершенно логичным, с точки зрения союзников, было создание контрольной комиссии под руководством американского генерал-майора Рукса и британского бригадира Форда. Эту комиссию прикрепили к верховному командованию вермахта, а не к временному рейхсправительству. Какое-то время с советской стороны придерживались мнения, что местопребывание правительства должно быть в оккупированном ими Берлине, столице рейха, не без задней мысли, видимо, что фашистов можно было бы там взять под стражу в их же тюрьме. В Вашингтоне и Лондоне не могли решить сразу, что же делать с представителями побежденного рейха в Фленсбурге, с чего начинать. Целый ряд людей, которые занимали здесь какие-то должности, как гросс-адмирал, фельдмаршал Кейтель, генерал-полковник Йодль, рейхсминистр Шпеер, значились у союзников в списке военных преступников. Намерения победителей отдать под суд военную верхушку немцев после окончания войны были известны и во Фленсбурге.
Когда после 8 мая 1945 года, имевшего такое большое значение в судьбе немцев, рухнула концепция поэтапной капитуляции (которая в конце концов в назначенное время включала и прекращение военных действий против Красной Армии) и гросс-адмирал подводил итоги, он мог гордиться тем, что ему удалось спасти более чем 2 миллиона беженцев из восточных областей Германии, и что более 55 % вооруженных сил, оказавшихся на территории Австрии и Чехии, смогли укрыться за англо-американской линией фронта. Но большая часть группы армий в Курляндии, армии Восточной Пруссии и большая часть группы армий «Е» на юго-востоке попали в руки русских или югославов. Еще до 17 мая 1945 года следовали транспорты с беженцами к морю, но из-за того, что порты на Балтийском море были потеряны, их направляли в Данию, Голландию и Норвегию, которые благодаря усилиям гросс-адмирала смогли после долгой оккупации относительно беспрепятственно осуществить переход к независимости.
3 и 4 мая 1945 года Дёниц обратился к бывшим рейхскомиссарам и военачальникам оккупированных областей и безапелляционно заявил, вопреки всяким представлениям, что эти территории на проходящих переговорах о капитуляции необходимо использовать как вещественный залог. Логично было предположить, что гросс-адмирал после подписания капитуляции с высшими представителями вермахта подаст вместе со своим правительством в отставку. Однако Дёниц решил этого не делать. Никто не мог знать, как в конце концов поведут себя союзники относительно немецких центральных органов; еще существовало убеждение, что конфликт между Западом и Востоком, собственно говоря, неизбежен, коль скоро два таких разнородных победителя встретились на немецкой земле.
Правительство Дёница за 14 дней и 10 часов своего существования наряду с разного рода спекулятивными соображениями занималось прежде всего разрешением двух проблем. 5 мая гросс-адмирал получил тревожное сообщение от фленсбургского начальника порта: сюда прибыла баржа с Вислы с заключенными из концлагерей, которую тащил буксир по Балтийскому морю. Экипаж и команда охранников из СС покинули баржу. Заключенные находятся в ужасающем состоянии. Впервые перед его глазами предстала обратная сторона политики режима, которому он так верно и преданно служил. Генерал-адмирал фон Фридебург привез вместе с собой из Реймса газеты союзников, где были помещены фотографии, сделанные в освобожденных лагерях, с горами трупов и с обреченными на смерть пленниками. Тогда Дёниц еще не знал, что этих жутких заведений было гораздо больше, чем требовалось для уголовников и профессиональных преступников всякого рода. Но, конечно, стало очевидным, что в этих лагерях творились зверства и преступления, которые должны быть расследованы и наказаны. Для проверки и пересмотра преступлений, совершенных в Третьем рейхе, он хотел подключить имперский верховный суд. Он приказал также учредить контроль вермахта над еще имеющимися лагерями, где все преступные элементы должны быть впредь арестованы. Рассуждения о том, что это должен быть долг немцев — осудить те преступления, которые совершались при прежнем режиме, были естественными и верными. Но Дёниц не сразу понял, что победители сами были полны решимости свершить суд над побежденными немцами. Инициатива Дёница о восстановлении законности запоздала.