23 мая 1945 года в 9 часов 45 минут гросс-адмирала, генерал-полковника Йодля и генерал-адмирала фон Фридебурга вызвали на «Патрик», бывший пассажирский корабль, стоявший во фленсбургской гавани, где находилась резиденция союзной контрольной комиссии при верховном командовании вермахта.
Никакого приема с военными почестями, как прежде, не было. Офицеры-союзники объявили, что впредь они считаются военными преступниками. В то же самое время войска 11-й британской танковой дивизии заняли Мюрвикский анклав и оккупировали резиденцию временного правительства. Военные силы были значительны, как будто опасались, что гросс-адмирал со своим батальоном охраны может начать последнюю битву на суше.
Наступил последний час и открылся путь в плен, что не имело теперь ничего общего с правилами Женевской конвенции. Генерал-адмирал фон Фридебург предчувствовал это и ушел из жизни, приняв яд, генерал Кинцель также предпочел смерть. Гросс-адмирал перенес все со стоическим достоинством. Британские солдаты не постеснялись неприятной процедуры личного обыска, а охота за так называемыми сувенирами часто приводила к пропаже личной собственности, как, например, случилось с маршальским жезлом гросс-адмирала. 23 мая 1945 года не стал днем славы для овеянной славой 11-й танковой дивизии.
Гросс-адмирал был помещен сначала, как и многие другие, в «лагерь видных личностей» в Бад-Мондорф в Люксембурге, оттуда путь его лежал в Нюрнберг, в Международный военный трибунал. Гросс-адмирал, главнокомандующий ВМФ и, наконец, глава немецкого государства должен был держать ответ как «военный преступник». Защиту взял на себя флотский судья Кранцбюлер.
Лондонская конвенция от 6 августа 1945 года об осуждении немецких военных преступников, к которым автоматически приписывалась верхушка бывшего вермахта, предусмотрела 4 состава преступления как обвинительные причины: 1) тайный заговор против мира; 2) преступления против мира; 3) преступление против военного права; 4) преступление против человечества. По пунктам 1 и 4 нельзя даже при самом большом желании вынести какие-то обвинения против немецкого адмирала подводного флота, который позднее безупречно руководил и всем флотом. В Англии и в США юристы и высокопоставленные морские офицеры высказывали сомнения в том, достаточно ли вообще материала для суда. В Париже и Москве, где торопились положить конец действиям призрака рейха из Фленсбург-Мюрвика, настроены были иначе, тем более, что Советы имели большой опыт инсценировки показательных политических процессов, а формально юридические сомнения в пользу объективного отправления правосудия их западных коллег они вообще были не в состоянии понять, потому что их правосознание было диаметрально противоположно западному.
В октябре 1946 года на суде в Нюрнберге последовало оправдание по пункту 1. Во время объявления войны обвиняемый Карл Дёниц был капитаном 1-го ранга и никак не мог принимать участие в тайных планах Гитлера относительно войны. По пункту 2 он был признан виновным. Обоснование было притянуто за уши: в апреле 1940 года, когда немцы без объявления войны напали на Норвегию, он приказал своим подлодкам атаковать транспорт снабжения. По пункту 3 он был также признан виновным. Как командующий подводными силами он обязан был по службе принять к сведению так называемый особый приказ Гитлера в октябре 1942 года, согласно которому военнослужащий войск особого назначения, попавший в плен, должен быть расстрелян. Он отправил этот приказ в архив, так как, по мнению Дёница, он не затрагивал его сферу военных действий. Когда же он принял верховное командование ВМС, об этом приказе больше и речи не было, что, без сомнения, не согласовывалось с нормальными правовыми представлениями. Но так случалось с подобного рода террористическими приказами Гитлера. Второй, с точки зрения высокого суда, наказуемый состав преступления основывался на том факте, что гросс-адмирал в 1945 году затребовал у Шпеера для верфей рабочую бригаду из заключенных концлагерей. Тогда, ввиду спасательной акции на Балтийском море, он искал любые средства для выполнения ремонтных работ на верфи, разрушенной сильными бомбардировками. По его тогдашним представлениям, концлагеря были специальными местами для содержания под стражей преступных элементов, но о том, что эти лагеря были местом массовых убийств нежелательных по расовым признакам или по политическим мотивам людей — об этом он не имел ни малейшего представления. Так как среди заключенных находились представители разных национальностей из оккупированных областей, суд усмотрел в использовании их на военных работах нарушение традиционного права войны. Про пункту 4 относительно каких-либо преступлений против человечества гросс-адмирала материал для обвинения найден не был.