Он часто повторял: то, что он пережил Берию — чудо. В особенности, после того их разговора, когда мастер интриг предложил Алиханову назначить того на место Курчатова, что случилось в период «между бомбами»: атомную уже создали и занялись водородной.
Курчатов Берию начал раздражать. Чересчур мощное он приобрел влияние, стал почти недосягаем даже для столь длинных рук, и Берия стал подумывать о его смещении. И без экивоков высказал все Алиханову. Но тот от перспективы тесного сотрудничества с Лаврентием Павловичем впал в такой ужас, что, быть может, это отразилось на его лице и не ускользнуло от внимания виртуоза сыска. Нет, нет и нет! Он, Алиханов, не справится, у него нет таких организаторских талантов, как у Курчатова. Его отпустили с брезгливой усмешкой. Но надо было предупредить Курчатова. Конечно, не по телефону, и не в доме, где тоже уши есть. А так, выйдя воздухом подышать, в неспешной прогулке. Идут рядышком, беседуют два академика, о чем-то своем, небось, ученом. А шепотом: «Знай, что Лаврентий затевает. Я отказался, имей в виду.
Чтобы тебе не говорили, верь — я отказался.»
Они и прежде дружили, этот же эпизод спаял их еще крепче. Пока Курчатов был жив, у Алиханова имелся защитник. Но все же история, происшедшая в институте у Алиханова в 1956 году, наложила на репутацию его директора пятно несмываемое.
В институте на партийном собрании обсуждалось знаменитое закрытое письмо по поводу Сталина, культа личности, и молодые ученые, члены партии, поверив в оттепель, в новые времена свободно, бесстрашно говорили о том, что наболело: будут ли, наконец, гарантии, что ужас беззакония не повторится. И разве в одном Сталине все зло, разве корни его не ведут глубже? Сейчас мы обсуждаем эти темы открыто, но в 1956 году тут был криминал, и репрессии незамедлительно последовали. Судьба Юрия Орлова, одного из участников институтского собрания, показательна. Хотя в судьбе этой случилась оттяжка — тюрьма, ссылка, высылка из страны произошли через несколько лет — а в 1956 году директор института Алиханов не дал Орлова уничтожить. Сумел его спрятать, устроить в Ереване, у своего брата Артема Алиханяна, да настолько надежно, с такой пользой и для дела, и для Орлова, что Академия наук Армянской ССР избрала его в члены-корреспонденты.
Вот тогда-то история 1956 года всплыла вновь: в Центре, в Москве, вгляделись в списки вновь избранным членов-корреспондентов: Орлов, тот самый?!
Другие участники собрания были либо изгнаны из института, либо исключены из партии, но никого из них не удалось посадить. Тут Алиханов стоял насмерть, звонил во все колокола, и, защищая своих подопечных, продемонстрировал еще раз властям собственную позицию. После его телефонного разговора с разгневанным Хрущевым, стало ясно, что симпатией, поддержкой у главы правительства он никогда не будет пользоваться. Настращав страшными карами для молодых участников собрания, Хрущев обрушился и на директора института: как мог, мол, он, ответственное лицо, член партии, подобное допустить. На что Алиханов, выждав, негромко обронил: а я, извините, не член партии…
Алиханов, по словам Тиграна, был готов и к более крутым мерам, и мог дойти до того, до чего дошел Сахаров. Но, возглавляя ИТЭФ, созданное им детище, он чувствовал ответственность перед людьми, работающими там: ИТЭФ был не ведомством, не закрытым научным заведением, а Домом.
А ситуация переменилась. Физики-ядерщики сделали свое дело, и на первый план вышли уже ракетчики. Алиханова прежде как щит прикрывала его необходимость в системе оборонной промышленности. Но он сам при первой же возможности постарался от чисто военных задач освободиться, его тянула к себе фундаментальная, чистая наука, занятие которой только и обеспечивает прогресс. Сиюминутное, практически применимое к сегодняшнему дню и именно сегодня выгодное, стареет так быстро! Как настоящий ученый, Алиханов это понимал: он занялся ускорителями. Но для тех, кто беспокоился только о дне сегодняшнем, а еще больше о себе лично, Алиханов утратил былой вес, былую нужность. А, значит, сделался уязвим.