Юный студент буквально запирает себя в стенах аудиторий и университетской библиотеки. Зато уже на втором году обучения ему предлагают место учителя в низшем классе Фридриховой коллегии со столом, помещением и жалованьем в размере двадцати талеров. Условия не самые блестящие, но Байер соглашается на них, чтобы облегчить отцу бремя расходов на своё содержание. Отныне он даёт уроки чистописания и латыни ста пятидесяти ученикам, проводя ежедневно по семь часов в том самом классе, в котором не так давно сиживал сам. Для него словно не существует усталости, и он ещё находит время на изучение еврейских книг Ветхого Завета и чтение античных философов.
Однако спустя несколько месяцев его нервная система даёт сбой. Байеру начинает казаться, что он приобрёл дар ясновидения. Несмотря на чувство физической бодрости, время от времени им овладевают особого рода припадки, сопровождаемые конвульсиями всего тела, после чего он начинает ясно видеть события, которым только предстоит произойти. Позже Байер уверял, что всё случалось именно так, как ему представлялось в видениях. Впрочем, жизнь его протекала настолько однообразно и размеренно, что предвидеть его завтрашний день не составляло особого труда. Наваждение постепенно прошло само собой.
Поздней осенью 1711 года через Кёнигсберг вторично проезжает русский царь. Теперь это просвещённый монарх, которого интересуют не только корабли, пушки и фейерверки, но и вопросы гуманитарного образования. На этот раз он внимательно осматривает королевскую библиотеку, где ему показывают Радзивиловскую летопись. Заинтересованный Пётр приказывает сделать с неё список для его личной библиотеки. Копия будет прислана в Петербург два года спустя.
В 1713 году добытая должность частного учителя освобождает Байера от утомительных школьных занятий. Но он по-прежнему не позволяет себе ни минуты отдыха. «Я, — пишет он в автобиографии, — никогда не был доволен тем, что изучил, и думал всегда идти далее». Учёные интересы его разнообразятся и становятся более углублёнными. Он увлекается китаистикой и восточными языками, не забывая об отцах церкви и классиках. Недовольный своим латинским слогом, который кажется ему напыщенным, он корпеет над Титом Ливием, перемежая латинские штудии с изучением Конфуция и составлением китайского лексикона.
Переутомление на этот раз даёт о себе знать приступами тяжёлой тоски и полным физическим истощением. Байер выглядит, как скелет, обтянутый жёлтой кожей. Но даже в этом состоянии он не оставляет учёных занятий, укрепляя себя мыслью о предуготованном ему высоком предназначении. Когда душевное уныние овладевает им, он начинает распевать похоронные песни до тех пор, пока не высушивает душу до дна от струящихся слёз, а потом затягивает хвалебные псалмы и снова принимается за работу. «Я, — пишет Байер, — утешал себя тем, что ожидал от Господа всякого блага; что Он видел мою душу, а также то, что все мои работы клонятся к тому, чтобы я всеми силами мог доверчиво достигнуть того, к чему Он меня предназначал». Нельзя сказать, какое именно будущее рисовалось ему в те годы, но, несомненно, что оно было связано с научными свершениями.
Лучшим средством против ипохондрии тогда считалось путешествие, и Байер осенью 1714 года отправляется в Данциг, к своему родственнику, профессору красноречия Иоганну Сарторию. Выясняется, однако, что гостю не рады. Хозяин даже не отпирает для него двери своей богатой библиотеки. Байер рыщет по городу в поисках книжных лавок, где обзаводится рядом редких изданий, в том числе многотомным Сorpus Вуzantinum — собранием источников по византийской истории, которое впоследствии он использует для своих разысканий по истории русской.
Летом 1715 года Байер ненадолго возвращается в Кёнигсберг. Тут он вступает в загробную полемику с датчанином Олигером Паулли (1644–1714). Этот религиозный фанатик и удачливый купец, наживший огромное состояние посредством работорговли, объявил себя потомком царя Давида и новым Мессией, которому предопределено свыше обратить евреев в христианство и восстановить Израильское царство, о чём он письменно известил королевские дворы Европы с призывом поддержать его начинание. Кроме того, он взбудоражил церковные круги своим истолкованием крестных слов Иисуса: «Eli, Eli, Lama Sabachthani» («Боже Мой, Боже Мой! для чего Ты Меня оставил?» — Мф. 27:46; Мк. 15:34), которые он переводил как «для чего Ты прославил Меня».