Являясь доминирующей формой жизни на планете на протяжении сотен миллионов лет, археи оставили как результат своей жизнедеятельности, обширные залежи минерального сырья, возвращенный в органический оборот углерод, создавая, по-видимому, атмосферу, насыщенную метаном. Нельзя исключить, что значительная часть этого метана, насыщая воду, переносилась при этом в подземные полости, составляя ныне основу современных крупных газовых месторождений.
Археи, имея короткий срок жизни и занимая в своей массе экстремальные по условиям существования ареалы, оказались малоуязвимыми для вирусов и поэтому генетически устойчивой формой. Эта относительная устойчивость создала достаточные условия для эволюционного перехода аппарата наследования от уязвимой для внешних воздействий РНК к более устойчивой и информативной молекуле ДНК. Молекулы ДНК в археях имели еще простую организацию. Но это был уже революционный шаг на пути эволюции жизни. И есть все основания считать, что именно этим шагом было начато движение к видовому разнообразию форм жизни.
Следующей особенностью архей, связанной с экстремальностью их условий обитания являлось то, что они, преобразовывая субстрат, создавали благоприятную среду для жизнедеятельности большинства бактерий. И это послужило основанием для широкого распространения симбиоза архей с другими формами жизни и, в частности, привело к тому, что археи практически не чувствительны почти ко всем типам антибиотиков.
Сужение ареала благоприятного существования архейских сообществ строгих анаэробов логично подвело к тому, что среди них главенствующую роль стали играть фотосинтезирующие археи, которые и послужили прародителями цианобактерий.
Генетическая устойчивость архей сказалась и на их возможности структурной организации колоний клеток, которые встречаются большей частью в форме протяженных нитей. Эдакий прототип многоклеточных, возникших вначале как колонии отдельных клеток, затем преобразовавшихся в ходе эволюции в функционально связанные многоклеточные растительные организмы. В отличие от одноклеточной, структурно-организованная многоклеточная форма более устойчива к воздействиям внешней среды, лучше защищена от воздействия среды, в том числе и за счет возможности функционального разделения усилий по поддержанию гомеостаза жизненной среды колонии клеток. Так, например, в случае с сине-зелеными водорослями в ее нитяной структуре периодически появляются клетки, которые участвуют только в фиксации азота и лишены хлорофилла, так как процесс фиксации азота несовместим с наличием в клетке атомарного кислорода.
К простейшим многоклеточным относятся структурно связанные колонии типа гидр. Это сифонофоры, медузы, морские огурцы, кораллы и т.д. Здесь уже более сложные функциональные связи между клетками, чем в случае с сине-зелеными водорослями, что предполагает функциональную дифференциацию клеток в таких колониях.
Функциональная дифференциация клеток – безусловная необходимость пространственно организованной их колонии, существующей как единый биологический организм. Хотя бы в силу того, что различные группы клеток, находясь в различных структурных частях этого организма, подвержены отличающимся воздействиям среды. Есть еще одно фундаментальное преимущество многоклеточных организмов. Существование в рамках единого организма максимально благоприятствует информационному взаимодействию клеток на уровне белкового обмена. Такое взаимодействие позволяет колонии клеток организовать коллективное противодействие неблагоприятным факторам, в отличие, скажем, от структурно не связанной колонии бактерий. Но есть и неблагоприятный фактор такой организации. Гибель большой части функциональных клеток колонии может привести к гибели и всего биоорганизма. На уровне растительных форм жизни этот неблагоприятный фактор минимизируется тем, что структура целого организма может восстановиться даже из небольшой сохранившейся ее части.
Многоклеточная форма существования предъявила повышенные требования к генетическому аппарату клетки. Теперь генетическая информация должна была содержать не только последовательность кодов, определяющих структуру клетки, но и всю информацию о последовательности всех морфологических изменений, которые приводили к данной структуре организма, в том числе и тех, которые данную клетку напрямую не затрагивали. Вдобавок информационная сохранность кодов, записанных в молекулах ДНК, оказалась чрезвычайно важной для физического выживания данного вида организма, так как даже небольшие изменения в генной информации приводили к его мутации, крайне редко позволявшей данному организму конкурировать за среду обитания. Эта необходимость защиты генетической информации породила новый тип клеток, в которых появилось защищенное оболочкой ядро, содержащее весь генетический материал клетки. Более того, молекулы ДНК структурно упаковывались, что снижало возможность случайного химического воздействия на них. В отличие от безъядерных клеток, называемых прокариотами, такие клетки выделяются в отдельный класс и называются эукариотами.