29 июня 1937 года во время вскрытия больного, погибшего от клещевого энцефалита, неспециализированными медицинскими инструментами (специализированных в экспедиции наблюдалась нехватка) М.П. Чумаков поранился и сам заразился энцефалитом. Ему повезло – он выжил. Но болезнь протекала крайне тяжело. Итогом стали потеря слуха (сначала полная, затем слух частично, крайне слабо восстановился на левом ухе; однако без слухового аппарата М.П. Чумаков даже этим ухом слышать не мог), пожизненный паралич правой руки и мышц шеи. Более того, Михаил Петрович не без оснований подозревал, что вирус остался «сидеть» в его организме и «ведёт» свою губительную «работу». Особенно это явственно стало в старости, когда начали проявляться симптомы паралича конечностей (отнялись ноги, почти перестала действовать и левая рука). Поэтому в последние дни жизни М.П. Чумаков принял решение о посмертном исследовании его органов на наличие в них вируса клещевого энцефалита, что и было выполнено его сотрудниками. Как говорится в подобных случаях, завещал своё тело науке. Между прочим, в двигательных участках коры головного мозга Чумакова, именно там, где он и предполагал сам, учёными были обнаружены молекулы РНК вируса клещевого энцефалита. Михаил Петрович оказался прав: вирус «сидел» в его организме.
Но мы «убежали» далеко вперёд. Вернёмся в 1937 год. Вот как описывала состояние М.П. Чумакова после экспедиции Е.Н. Левкович в одном из своих писем:
«Михаил Петрович вернулся в Москву на собственных ногах, но в плохом состоянии. Исследовался в клинике Маргулиса, и затем его отвезли в Севастополь в Институт Сеченова. В настоящее время у него резко поражён слух, ещё остались поражения тройничного нерва, правая рука парализована, левая значительно окрепла. Как он пишет, посещают его кризы тяжелейшего настроения. Я надеюсь, что из Севастополя он вернётся трудоспособным» [30; 5].
Как уже отмечалось, полностью физически восстановиться Михаилу Петровичу так и не удалось – он остался калекой. Но вот психологически М.П. Чумаков восстановился «на все сто процентов»: «кризы тяжелейшего настроения» ушли в небытие, перед коллегами вновь был энергичный, бодрый, готовый много работать учёный. И, конечно же, главной своей задачей на данном этапе он считал работу по дальнейшему изучению клещевого энцефалита, чтобы справиться с этим опаснейшим заболеванием. Вирус энцефалита на долгие годы становится «личным врагом» Чумакова.
Правда, отправиться во вторую Дальневосточную экспедицию, организованную в 1938 году, Михаил Петрович по состоянию здоровья всё же не смог, о чём чрезвычайно сожалел
«…Как я завидую всем вам, там, – пишет он Е.Н. Левкович на Дальний Восток. – Вы можете всласть поработать на таком интересном деле! Меня чрезвычайно интересует вся ваша работа – особенно в отношении сывороточного лечения и клещевой передачи. Елизавета Николаевна, я только что недавно узнал, как мало годной для работы сыв[оротки] Вы имеете. Я бы порекомендовал Вам шире использовать сыв[оротки] реконвалесцентов, тем более, что у меня получился почти блестящий (“классический”) опыт серопрофилактики с человеч[еской] (моей) и кроличьей сыв[оротками]… Как-то приходится там Вам! Все ли здоровы? Главное, не повторяйте печальных прошлогодних примеров! Берегите своё здоровье!..» [20; 2].
Однако и оставаясь в Москве, М.П. Чумаков времени зря не терял.
Поправившись (относительно), он начинает работу во Всесоюзном Институте экспериментальной медицины, где заведует лабораторией. В этом же, 1938, году он организует вирусологическую лабораторию в Институте неврологии, на базе которой и продолжает исследования клещевого энцефалита (позднее эта лаборатория стала базой для организации отдела нейроинфекций в Институте неврологии, который также возглавил Михаил Петрович).
Как читатель уже мог заметить из письма М.П. Чумакова к Е.Н. Левкович, в 1938 году учёный сосредоточен на вопросах серотерапии и серопрофилактики клещевого энцефалита, и исследования его в данном направлении весьма успешны. Т.е. Михаил Петрович усиленно искал средство защиты людей от этого опаснейшего заболевания. Использование сыворотки, т.е. создание у людей пассивного иммунитета к болезни, на тот момент представлялось наиболее быстрым решением проблемы, способным уже «здесь и сейчас» уберечь людей.