Здесь же скажем, что Михаил Петрович как самостоятельно пытался помочь своим арестованным товарищам (обращался в партийные органы и органы госбезопасности, писал письма Калинину и Сталину), так и принимал самое активное участие в коллективных попытках добиться их освобождения, т.е. неизменно подписывал письма, уходившие во властные структуры от тех или иных групп деятелей науки и культуры. Под письмом, адресованным Сталину, написание и отправку которого организовала в начале 1944 года З.В. Ермольева, которое дошло до адресата, и итогом которого явилось освобождение Л.А. Зильбера, также стояла подпись М.П. Чумакова.
Подобное поведение в те годы требовало большого мужества. «Михаил Петрович всегда был образцом честности и чести», – так характеризовали учёного проработавшие с ним много лет люди.
Дополнительным подтверждением такой характеристики служит участие М.П. Чумакова в коллективном обращении группы учёных, авторов первого научного сообщения о клещевом энцефалите, которые в 1958 году, восстанавливая справедливость, публично (через печать) попросили считать авторами этого сообщения также Л.А. Зильбера и А.Д. Шеболдаеву.
В годы войны М.П. Чумаков продолжал исследование клещевого энцефалита на базе возглавляемых им лабораторий в ВИЭМ и Институте неврологии. Одним из результатов данной работы было создание лечебной противоэнцефалитной сыворотки. Уже в 1942 году Михаил Петрович применил её во фронтовых условиях. В этом году пришли тревожные сообщения об участившихся случаях заболевания красноармейцев на Волховском фронте болезнью, напоминавшей своими симптомами клещевой энцефалит. Выехав в войска во главе бригады специалистов, М.П. Чумаков быстро подавил наметившуюся эпидемическую вспышку. При этом им были широко использованы как противоэнцефалитная вакцина, так и лечебная сыворотка собственной разработки.
В 1944 году М.П. Чумаков защитил докторскую диссертацию на тему «Клещевой энцефалит человека», в которой были отражены многолетние изыскания учёного в области изучения этой болезни, её возбудителя и методов борьбы с нею. Михаилу Петровичу присуждается звание профессора.
А уже летом 1944 года учёному пришлось столкнуться с новым заболеванием, которое на многие годы определило сферу его научных интересов.
В мае 1944 года советские войска завершили освобождение Крыма. Вскоре медико-санитарная служба Отдельной Приморской армии обратила внимание на случаи незнакомого заболевания среди местного населения, диагностика которого вызывала затруднения. Появились заболевания этой болезнью и в войсках.
Для выявления природы заболевания, его эпидемиологических и клинических особенностей в июле в Крым направляется комплексная экспедиция Главного военно-санитарного управления РККА и Института эпидемиологии и микробиологии. Руководителем экспедиции был назначен профессор М.П. Чумаков.
В короткие сроки экспедиции удалось установить вирусную этиологию заболевания, передачу вируса степными клещами (Hyalomma marginatum), выработать рекомендации по защите людей от заражения.
Болезнь, по предложению Михаила Петровича Чумакова, получила название Крымской геморрагичской лихорадки (КГЛ). Причём сам термин «геморрагическая лихорадка» также был введён в науку М.П. Чумаковым.
Вирус КГЛ выделили много позже – в 1968 году. Но сделал это также М.П. Чумаков (совместная работа с А.М. Бутенко). Ещё несколько позже в результате сотрудничества с американскими вирусологами была показана идентичность вируса КГЛ и африканского вируса Конго. Сейчас учёные говорят об единой группе вирусов КГЛ – Конго (или ККГЛ), установлено широкое распространение этой инфекции в Евразии и Африке.
Изучение ещё одного вирусного геморрагического заболевания, получившего название Омской геморрагичской лихорадки (ОГЛ), было проведено под руководством М.П. Чумакова в 1947 – 1948 гг. в центральных районах Омской области. Изучение болезни омскими специалистами и сотрудниками «чумаковского» отдела нейровирусов Института неврологии привело к выявлению возбудителя – вируса, переносимого видом клещей Dermacenntor pictus. Были получены данные о территориальном распространении заболевания в Омской области. В дальнейшем очаги ОГЛ обнаружили в Новосибирской, Тюменской и Курганской областях. М.П. Чумаков и его сотрудники из отдела нейровирусов Института неврологии создали и успешно аттестовали вакцину против ОГЛ.
Многие годы в круг научных интересов Михаила Петровича входило изучение лихорадочного геморрагического заболевания, которое впервые было обнаружено на Дальнем Востоке в период знаменитых «энцефалитных» экспедиций конца 30-х годов. По предложению А.А Смородинцева, эта болезнь получила название «геморрагический нефрозонефрит». В послевоенные годы М.П. Чумаков организовал изучение аналогичного заболевания на Европейской части СССР и предложил назвать его геморрагической лихорадкой с почечным синдромом (ГЛПС), т.к. была установлена принадлежность инфекции именно к группе геморрагических лихорадок. Сейчас это название является общепринятым.