Пассивными переносчиками оказывались как раз млекопитающие животные и даже птицы.
Теория природной очаговости клещевого энцефалита, сформулированная Е.Н. Павловским и А.А. Смородинцевым, в конечном варианте выглядела так: вирусу помогают длительное время сохраняться и распространяться связанные между собой животные и клещи. Вирус живёт и размножается в организме клеща, клещ кусает животное или птицу, заражает их, от этих животных новые клещи (возможно, изначально не инфицированные) переносят инфекцию к другим животным. Таким образом инфекция непрерывно поддерживается.
Если в зону указанного «круговорота» попадает человек, то он, подвергаясь нападению заразного клеща, заболевает.
Удалось учёным в 1938 году выяснить и причину заражения тех примерно 10% заболевших, которые нападению клещей не подвергались.
Ещё 1-я Дальневосточная экспедиция непреложно установила, что от человека к человеку энцефалит не передаётся. Сам собой напрашивался вывод: причина заражения может крыться в том или ином виде контакта с дикими или домашними животными. После кропотливых исследований было установлено, что только один вид контакта с животным-носителем вируса энцефалита ведёт к заражению: употребление парного (т.е. некипячёного и непастеризованного) козьего молока. Вирус попадает в козье молоко, и человек, употребляя его в «сыром» виде, заражается алиментарно, т.е. через желудочно-кишечный тракт.
Немаловажный факт: употребляя в пищу парное коровье молоко, энцефалитом не заразишься. В коровьем молоке содержатся вещества, нейтрализующие вирус, а вот в козьем молоке их нет.
Работу над вакциной начали ещё участники 1-й Дальневосточной экспедиции после возвращения осенью 1937 года в Москву. Но к началу 1938 года результатов эта работа не дала. Во-первых, довольно мал был срок разработки препарата, а во-вторых, исследовательская вирусологическая группа экспедиции была ослаблена тем, что из неё выбыл ряд специалистов: тяжело заболевшие энцефалитом и проходившие тогда курс лечения Чумаков и Соловьёв; арестованные в ноябре 1937 года Зильбер и Шеболдаева.
В начале 1938 года к разработке вакцины подключается отдел вирусологии ВИЭМ во главе с прибывшим из Ленинграда А.А. Смородинцевым.
Ведущими специалистами, работавшими над созданием вакцины, были Елизавета Николаевна Левкович (представитель исследовательской вирусологической группы 1-й Дальневосточной экспедиции), Надежда Вениаминовна Каган и Анатолий Александрович Смородинцев.
Первоначально учёные решили пойти по пути создания живой вакцины. Использовался следующий метод: заражали мышей, а затем использовали их мозг для пересева вируса от одного животного к другому, надеясь таким образом получить ослабленный (аттенуированный) штамм.
Испытывая поученную вакцину на здоровых мышах, учёные убедились, что ослабления вируса клещевого энцефалита не происходит. Он оставался таким же болезнетворным, каким был вначале.
Тогда решили переключиться на создание убитой вакцины. Смородинцев, Левкович и Каган накапливали вирус в мозгу мышей, заражая тысячи животных. Затем их усыпляли, вынимали мозг, измельчали его и растирали в ступках со стеклянными бусами. Это позволяло получить гомогенную массу, которую растворяли в специальном солевом растворе. Жидкость очищали от остатков мозговых клеток мышей с помощью центрифуг с большой скоростью вращения. В результате получали прозрачную жидкость с большой концентрацией вируса. Затем этот раствор инактивировали формалином.
Полученную убитую вакцину успешно испытали на лабораторных животных, в том числе на обезьянах. Однако испытание вакцины на животных полной уверенности в её безвредности и эффективности для людей не даёт.
Вопрос о том, кто будут первые люди, на которых пройдёт испытание вновь созданная вакцина, не возник – конечно же, ими стали сами создатели вакцины и добровольцы из числа их сотрудников. Сначала была проверена безвредность вакцины, т.е. исследователи ввели её себе и определённое время находились под наблюдением. Никаких побочных явлений вакцина не вызвала.
Теперь следовал другой этап – проверка эффективности вакцины. В крови всех испытуемых были обнаружены антитела к вирусу энцефалита. Т.е., казалось бы, вакцина работает, вызывает защитную реакцию в организме. Но достаточна ли была эта защита? Достаточен ли был уровень противоэнцефалитных антител?
Подвергаясь огромному риску, учёные заразили себя энцефалитом – они ввели себе в кровь большое количество дикого таёжного вируса, даже значительно большее, чем попадает в человеческий организм при укусе клеща. Никто из учёных не заболел. Таким образом, была доказана и эффективность новой вакцины.