Очевидным было лишь одно: заразивший Н.В. Каган и Н.Я. Уткину вирус был чрезвычайно вирулентен. Уж не с тем ли вирусом «громадной вирулентности», на который «напоролась» экспедиция осенью 1938 года, работали исследовательницы? Т.е. с вирусом осеннего (японского) энцефалита. Тогда становится ясно, почему «не сработали» прививки.
Памяти погибших исследовательниц посвятили свою монографию «Вирусы комплекса клещевого энцефалита», вышедшую в 1939 году, Е.Н. Левкович, В.В. Погодина, Г.Д. Засухина и Л.Г. Карпович. Им также был посвящён 2-й выпуск 56-го тома журнала «Архив биологических наук» за 1939 год, полностью отданный проблеме клещевого энцефалита.
Главной задачей 3-й (1939 год) и 4-й (1940 год) Дальневосточных экспедиций являлась масштабная вакцинация населения в таёжных районах Дальнего Востока.
В начале мая 1939 года А.А. Смородинцев, остававшийся в Москве и присоединившийся к 3-й экспедиции несколько позже, писал Е.Н. Левкович, в тот момент находившейся с основной группой экспедиции «на месте»:
«Перед нами уже в этом году ставят обязательную директиву привить против осеннего энцефалита большое число населения эндемических очагов, учитывая безвредность вакцины по Оборскому опыту и рассчитывая на большую эффективность при повышении дозировки за счёт человеческого мозга. …Нам требуется уже сейчас приступить к организации подготовки этой кампании. Я написал подробную инструкцию по изготовлению вакцины из мозга людей, погибших от таёжного энцефалита, которую привезу 28/V» [30; 7].
Данные по экспериментальному испытанию вакцины из мозга людей, погибших от энцефалита, вошли в диссертацию Е.Н.Левкович, но это направление дальнейшего развития не получило.
Увы, 3-я экспедиция также не обошлась без человеческих потерь: на территории Супутинского заповедника заразился энцефалитом и погиб паразитолог Б.И. Померанцев.
В целом, 3-я и 4-я экспедиции полностью справились с поставленной перед ними задачей: была проведена массовая иммунизация населения советского Дальнего Востока вакцинами против весенне-летнего и осеннего энцефалитов. Заболеваемость этими инфекциями снизилась в десятки раз. Десяткам тысяч людей удалось спасти жизнь и здоровье.
Теоретическим итогом 3-й экспедиции можно считать окончательную формулировку академиком Е.Н. Павловским теории природной очаговости заболевания.
В 1941 году А.А. Смородинцев, вместе с другими участниками Дальневосточных экспедиций (Е.Н. Павловским, Е.Н. Левкович, П.А. Петрищевой, А.К. Шубладзе, М.П. Чумаковым и В.Д. Соловьёвым), был награждён только что учреждённой Сталинской премией (1-й степени) с формулировкой: «За открытия в 1939 году возбудителей заразных заболеваний человека, известных под названием “Весенне-летний и осенний энцефалиты”, и за разработку успешно применяемых методов их лечения, одобренных Наркомздравом СССР».
Вскоре началась Великая Отечественная война, и всю денежную составляющую премии Анатолий Александрович, так же как и все его коллеги, передал в Фонд обороны.
С октября 1941 г. по октябрь 1942 г. А.А. Смородинцев находился вместе с ВИЭМ в эвакуации в Томске. Здесь учёный совмещал работу с занятием должности главного эпидемиолога Томского городского отдела здравоохранения.
Вскоре после возвращения из эвакуации, в 1943 году, Анатолий Александрович вместе с группой специалистов был командирован в Северную Африку для работы в составе международной комиссии по поискам химического и бактериологического оружия на складах немецкой армии Роммеля, разгромленной союзниками.
Работа комиссии завершилась в начале 1944 года, и А.А. Смородинцева направляют в научную командировку в США (по приглашению Рокфеллеровского фонда). Находясь в США, он был избран почётным членом американского Общества микробиологов.
В 1945 году Анатолия Александровича избирают членом-корреспондентом созданной в 1944 году Академии медицинских наук СССР.
В 1946 году учёный создаёт и возглавляет в Москве Институт вирусологии имени Ивановского (занимает этот пост до 1948 года).
В 1948 году А.А. Смородинцев возвращается в Ленинград, где работает заведующим отделом вирусологии Института экспериментальной медицины (до 1967 года).
В начале 50-х годов отдел под руководством А.А. Смородинцева приступил к изучению полиомиелита и поиску путей борьбы с ним.
Как уже отмечалось ранее, в Советском Союзе с конца 40-х годов шёл неуклонный подъём заболеваемости этим страшным недугом, который с 1952 года приобрёл характер ежегодных эпидемических вспышек.