Сверх того, помещик Панкеев, понёсший большие убытки, подал имущественные иски на И.И. Мечникова, Н.Ф. Гамалею, Я.Ю. Бардаха.
Поскольку ни Мечников, ни Бардах какими-либо значительными средствами не располагали, то основная тяжесть урегулирования финансовых претензий была взята на себя Гамалеей.
Указанные события привели к тому, что И.И. Мечников решил покинуть Россию. Илья Ильич и ранее весьма критически относился к российским порядкам, конфликтовал с властями и реакционной профессурой, которая имела значительное влияние в научных и учебных учреждениях Российской империи. Удар по своему научному авторитету он воспринял крайне болезненно, тем более в ситуации, когда его недруги всячески пытались раздуть скандал и обвинить его «во всех смертных грехах».
Необходимость уехать за границу диктовалась также и состоянием здоровья жены. Ей требовались перемена климата и консультации и лечение европейских специалистов.
Илья Ильич уехал в Италию, поселившись на Сицилии, а затем, спустя некоторое время, перебрался в Париж, где стал работать в Пастеровском институте.
«Дело помещика Панкеева» привело к разладу между учителем и учеником. Глубоко уязвлённый И.И. Мечников считал Н.Ф. Гамалею виновником случившегося. И формально он был прав, ведь «недогляд», приведший к падежу овец Панкеева, случился в момент, когда обязанности директора Одесской прививочной станции исполнял Н.Ф. Гамалея, а следовательно, как руководитель, отвечал за деятельность учреждения и своих подчинённых.
В конечном итоге Николай Фёдорович решил все проблемы, обрушившиеся на него, его коллег, Одесскую прививочную станцию в связи с «Панкеевским делом», в том числе и финансовые. Но, увы, добрые отношения между учителем и учеником так и не восстановились. Более того, это «дело» «аукнулось» (кто бы мог подумать!) в Париже и привело к разрыву отношений Гамалеи со своим французским учителем, т.е. Луи Пастером. Но об этом немного ниже.
Несмотря на все передряги и заботы, возникшие из-за «Панкеевского скандала», Николай Фёдорович не прекращал упорной работы по изучению холеры.
Лабораторные опыты и исследования сочетались у него с работой в губернских, городских и больничных архивах, где он изучал документы, связанные с холерными эпидемиями, поездками в города (Баку, Саратов и др.), где возникала очередная вспышка этого опасного и совсем нередкого в тогдашней России заболевания. Здесь, на местах, Гамалея не только участвовал в борьбе с холерой, помогая местным врачам, но и старался понять, откуда «выскакивает» данная инфекция, где она «отсиживается» в период между своими вспышками, каким образом распространяется.
Эти напряжённые усилия дали свои результаты.
Гамалее удалось установить, что холерный вибрион может существовать как сапрофит в водоёмах, канавах с водой, турецких банях, в которых используются бассейны. Попадая из воды в человеческий организм, вибрион начинает жить как патоген. Первый вывод, который следовал из этого открытия, был чисто практический, прикладной, призванный помочь борьбе с холерой, предотвратить её вспышки, – необходима дезинфекция водоёмов (особенно со стоячей водой) и водных ёмкостей, использующихся так или иначе в бытовых целях (резервуаров, купален, бассейнов). В частности Николай Фёдорович установил, что именно купальни и бассейны турецких бань в Баку являлись источником холерных эпидемий, периодически обрушивавшихся на город. Второй вывод носил более широкий, научно-теоретический, характер: оказывается, бактериям свойственна изменчивость. Это касается как их морфологии, так и физиологических функций. На тот момент указанный вывод носил, буквально, революционный характер, ибо в микробиологической науке господствовало убеждение в постоянстве и неизменяемости микробных видов. На позициях неизменяемости стоял и открыватель холерного вибриона Роберт Кох. Но Николай Фёдорович не побоялся пойти против одного из столпов микробиологии. В дальнейшем исследования учёных подтвердили его абсолютную правоту. И Гамалея, по сути, открыл новую главу не только в микробиологии, но и в биологии вообще, ведь он показал наличие влияния внешней среды на развитие организмов, их изменчивость.
Лабораторные исследования, а также наблюдения в местах эпидемических вспышек постепенно убедили Гамалею в том, что главный путь распространения холеры – водный. При этом он не отрицал и контактно-бытовой способ передачи болезни (через грязные руки, вещи), убедился, что вибрион может разноситься и насекомыми (особенно мухами). Но эти пути всё-таки менее значимы. В данном случае мнение Гамалеи совпало с мнением Коха – он тоже предполагал, что главный путь распространения открытого им вибриона – водный.