Летом 1902 года в Одессе возникла эпидемия чумы.
Николай Фёдорович и его сотрудники тут же включились в борьбу с нею.
Для Гамалеи причина эпидемии была очевидной. Он и до этого в своих лекциях и статьях утверждал, что если не истреблять крыс, то отдельные заболевания чумой могут привести к эпидемии. С учётом того, что Одесса – город портовый, вероятность заноса отдельных случаев чумы на судах, пребывающих отовсюду, в том числе и из стран, где вспышки этой страшной болезни – явление нередкое, очень и очень велика.
Давно было известно, что серые крысы (пасюки) являются предвестниками чумы, к которой они очень восприимчивы. Крысы несли в себе заразу, являясь как бы резервуаром чумных бактерий. И не только они сами широко разносили её. Это делали ещё и блохи. Если среди крыс начинался массовый «падёж», значит, чума вырвалась наружу, значит – жди беды.
Всё это прекрасно было известно и Гамалее, и его сотрудникам.
Но контрольных мер в Одесском порту не проводилось, несмотря на требования директора Бактериологического института.
Сверх того, именно весной 1902 года у властей Одессы не нашлось денег для истребления крыс. Последние очень сильно размножились.
Чума «приехала» в Одессу на пароходе «Мария Терезия», прибывшем в город с грузом риса. Ещё в пути на судне заболел матрос. Он скончался накануне прибытия в Одесский порт. Поэтому капитан корабля запросил разрешения похоронить его на берегу, на городском кладбище. Портовое начальство проявило преступную халатность и даже не попыталось как следует выяснить причины смерти моряка, не говоря уже о помещении судна, его команды и груза в карантин. «Мария Терезия» разгрузила свой смертоносный груз, который был помещён в один из портовых складов; умерший матрос был похоронен без всяких предосторожностей на городском кладбище… А вскоре в городе начался повальный мор среди крыс. Очень быстро в городе начали заболевать и люди.
Гамалея действовал как опытный эпидемиолог. Он прошёлся по «цепочке» и указал властям на главный источник заразы – склад риса в порту. Тут же последовало требование и к портовым, и к городским властям – уничтожить склад и его содержимое. Однако властям оказались ближе коммерческие интересы хозяина риса. К тому же и сеять панику в городе, к которой повело бы, по их мнению, сожжение целого склада с его содержимым в порту, они не хотели. Очевидно, власть предержащие надеялись, что «авось как-нибудь рассосётся». Но чума – не та болезнь, которая «как-нибудь рассасывается».
Когда случаи заболевания людей стали множиться, власти, изрядно перепугавшись, согласились на все требования Н.Ф. Гамалеи.
Начали, разумеется, с уничтожения «знаменитого» рисового склада. Далее Гамалея организовал первую всеобщую дератизацию в Одессе, как тогда говорили – крысоистребление. В течение 12 дней созданные специальные отряды истребляли крыс на судах в порту, на территории порта, в подвалах городских зданий. Трупы крыс сжигались. Искались и сдохнувшие сами от чумы крысы. Для этой цели даже вскрывались полы в городских зданиях.
Больные люди изолировались. Им вкалывали сыворотку. Для профилактики заражения применяли противочумную вакцину. Столь энергичные меры учёных и врачей под руководством Н.Ф. Гамалеи позволили погасить чумную вспышку в самом начале.
По результатам борьбы с эпидемией в Одессе Гамалееей был разработан комплекс мероприятий по предупреждению заносов чумы в портовые города России. Однако реализовать эти мероприятия, да и то отчасти, Гамалея смог только несколько лет спустя, когда сам «попал во власть».
Учёный справедливо полагал, что огромную роль в борьбе с заразными болезнями играет дезинфекционное дело, т.е. уничтожение возбудителей этих болезней в окружающей среде. Он уделял большое внимание вопросам обеззараживания одежды, помещений, бытовых предметов, уничтожению переносчиков некоторых заболеваний (грызунов (дератизация) и насекомых (дезинсекция)). Кстати, последний термин был введён в научный и практический оборот именно Гамалеей (от латинских «dis» – уничтожение и «insectum» – насекомое).
Понятно, что все эти положения были ценны для борьбы не только с чумой, но и с многими другими опасными инфекционными заболеваниями (холерой, разными видами тифа, малярией и др.). Те же крысы, кроме чумы, могут разносить ещё и туляремию, эпидемическую желтуху, паршу, содоку, бешенство, различные кишечные отравления, брюшной тиф.
В 1908 году Николай Фёдорович был уже не в состоянии финансировать деятельность Одесского бактериологического института из своих средств. Попросту говоря, состояние Гамалеи было исчерпано. А государственной поддержки институт, несмотря на свои заслуги в борьбе с одесской чумой в 1902 году, так и не дождался. Деятельность института пришлось приостановить. Работу продолжала только пастеровская станция.