Н.Ф. Гамалея принимал участие в медицинских совещаниях Государственного Центрального института курортологии и физиотерапии и Крымского НИИ физических методов лечения и медицинской климатологии имени И.М. Сеченова, также эвакуированных в Боровое.
За годы эвакуации из-под пера Н.Ф. Гамалеи вышел ряд научных работ: «Влияние бактериальных витаминов на лечение туберкулёза в Боровом», «Лечебные факторы Борового», «Медицинская микробиология» (учебник, второе издание), «Руководство по микробиологии», «Грипп и борьба с ним» (ценность этой небольшой по объёму работы была отмечена в английской научной печати).
В 1943 году Николай Фёдорович был удостоен Сталинской премии за многолетнюю выдающуюся работу в области науки, а также за научный подвиг в тылу в годы Великой Отечественной войны.
Во второй половине 1944 года Н.Ф. Гамалея с семьёй вернулся из эвакуации в Москву. Увы, среди вернувшихся не было супруги учёного Надежды Михайловны Гамалея, которая скончалась в Боровом 27 мая 1944 года. Там же она и была похоронена.
После возвращения в Москву Николай Фёдорович продолжил работу над противотуберкулёзным препаратом из экстракта тканей иммунизированных пасюков. Работа велась им совместно с биохимиком Н.П. Грачёвой. Полученный исследователями препарат был назван тиссулином. Он показал свою эффективность при лечении заражённых туберкулёзом животных.
Результаты этой работы были оглашены Гамалеей 26 января 1946 года на заседании учёного совета Института туберкулёза Академии медицинских наук СССР.
К сожалению, не только тиссулин, не проходивший клинических испытаний, но и микол, прошедший клинические испытания в Боровом во время войны, не могли начать применяться в медицинской практике. Ясно, что тиссулину были необходимы клинические испытания. Что же касается микола, то требовалось официальное подтверждение результатов его испытаний в военные годы.
Только в 1948 году Минздрав СССР издал приказ о проведении широких клинических испытаний микола и тиссулина. Они были успешно начаты, но затем приостановлены и уже больше не возобновлялись. Надо полагать, что дело тут было не только в смерти автора препаратов – академика Гамалеи, который, наверное, мог бы своим авторитетом «продавить» продолжение клинических испытаний и довести дело до массового выпуска этих лекарств. В связи с триумфальным началом эры антибиотиков, которые дали хороший результат в деле лечения туберкулёза, получение и производство других препаратов попросту казалось ненужным как пустая трата времени, сил и средств.
Увы, туберкулёзная микобактерия стала довольно быстро приспосабливаться к тем антибиотикам, которыми пытались её победить. Так, скажем, полученный американскими учёными в 1944 году стрептомицин первоначально показывал высокую эффективность при лечении туберкулёза. Однако уже к 70-м годам ХХ века эта эффективность резко снизилась, а вскоре стрептомицин и вовсе оказался бесполезен в борьбе с туберкулёзом. На смену ему стали один за другим приходить новые синтетические антибиотики. Для победы над болезнью всё более увеличивалась их «мощность», росла дозировка. Антибиотики даже стали применять комплексно (методика DOTS). Тем не менее палочка Коха раз за разом «училась побеждать» антибиотики. И по сей день туберкулёз ведёт широкое наступление на человечество. Методика DOTS – комплексное применение мощнейших синтетических антибиотиков – пока эффективна. Но не ждёт ли и её судьба предшествующих антибиотических препаратов, перед которыми болезнь первоначально отступала, а затем как будто делала качественный рывок, и «бившие» её ранее антибиотики оказывались бесполезными?
И тогда возникает естественный вопрос: а не пора бы пойти по иному пути? Тенденция явно прорисовывается: наращивание «мощности» антибиотиков даёт лишь временный эффект. Может быть, лучше обернуться назад и вспомнить разработанные Гамалеей микол и тиссулин? Может быть, здесь лежит решение? Может быть, именно эти два препарата смогут, наконец-то, обеспечить окончательную победу над туберкулёзом, позволят обуздать опасную и коварную болезнь.
Но вернёмся к биографии Николая Фёдоровича.
Последние годы своей жизни он занимался также исследованиями в области вирусологии. Случайным и спонтанным этот интерес не был.
В сущности, именно Гамалея сделал первый шаг к открытию вирусов. В 1886 году, ещё до открытия Д.И. Ивановского (1892 г.), Николай Фёдорович отметил, что кровь телёнка, больного чумой рогатого скота, профильтрованная через фильтр Шамберлана, оставалась заразной для здоровых телят. Было ясно, что заболевание в подобном случае вызывают не бактериальные патогены. Но что? Учёный не мог тогда объяснить этого. Не было у него возможности и продолжать исследование выявленного эффекта. Поэтому публикация Гамалеи о своём наблюдении попросту прошла незамеченной. Однако позже ряд авторов и историков науки стали считать именно Гамалею исследователем, который описал возбудителя чумы рогатого скота как вирус (не открыв, собственно, самого вируса). Вполне обосновано им возражали другие авторы и историки науки, ссылаясь именно на то, что Николай Фёдорович не понял, что он открыл. Указанная «оценочная вилка» существует и в наши дни. Доля истины есть и в той, и в другой точке зрения.