Выступление П. Григоренко против извращения чистоты учения марксизма-ленинизма, дискриминации в армии по национальному признаку, его требование внести в документы партийной конференции 1961 г. поправку, направленную на ликвидацию условий, способствующих развитию нового культа личности (Н.С. Хрущева), привели к изгнанию Григоренко из академии и переводу-ссылке на Дальний Восток. В 1961 году он основал «Союз возрождения ленинизма», распространял антиправительственные листовки, призывающие к восстановлению ленинских норм и принципов. В феврале 1964 г. был арестован, направлен на судебно-психиатрическую экспертизу в Институт им. проф. В.П. Сербского, где его признали психически больным и направили на принудительное лечение в Ленинградскую специализированную психиатрическую больницу, откуда он был освобожден через год в мае 1965 г. После освобождения на работу его не принимали, работал носильщиком, грузчиком, дворником. Петр Григоренко стал активным диссидентом: критиковал политику партии, правительства, КГБ, открыто выступал во время политических судебных процессов над диссидентами, протестовал против советской оккупации Чехословакии, защищал автономию крымских татар и т. д. Повторный арест — в 1969 г. — закончился повторным направлением на судебно-психиатрическую экспертизу в Институт им. Сербского и направлением на принудительное лечение как душевнобольного. На протяжении четырех лет находился на лечении в специализированных психиатрических больницах, освободился в июне 1974 г. В 1971 г. молодой украинский психиатр Семен Глузман по собственной инициативе, воспользовавшись полученными от адвоката генерала (С. Калистратовой) материалами уголовного дела, а также побеседовав с близкими генералу людьми, провел заочную судебно-психиатрическую экспертизу, в которой профессионально и обоснованно доказал неправомерность диагноза официальной психиатрии. Заключение было напечатано в «самиздате», а Глузман получил семь лет лагерей строгого режима и четыре года ссылки. В 1977 г. Григоренко, не помышляя об эмиграции, уезжает лечиться в Нью-Йорк, где узнает о том, что его лишили гражданства. По собственной инициативе он обращается к виднейшим американским психиатрам и психологам, и те признают его психически здоровым. Только в 1992 г. официальная посмертная судебно-психиатрическая экспертная комиссия на родине П. Григоренко сняла с него клеймо душевнобольного и подтвердила безосновательность многолетнего изнуряющего лечения в психбольницах строгого режима.
Теперь проанализируем медицинскую документацию с точки зрения обоснованности установленного диагноза и экспертного заключения. Дважды, в 1964 г. и 1969 г., у Григоренко отмечали признаки паранойяльного развития (систематизированный бред) на фоне органических нарушений головного мозга, при наличии раннего церебрального атеросклероза, колебаний артериального давления и (отмеченной в анамнезе) полученной во время войны контузии. В 1964 г. в подтверждение паранойяльного развития приводились трактуемые как бредовые «идеи реформаторства, переустройства государства в сочетании с идеями переоценки собственной личности (на уровне мессианства), элементами бредового толкования отдельных фактов действительности с аффективной охваченностью». Этот диагноз был поставлен в соответствии с (сохранявшимся, к сожалению, до недавнего времени) определением бреда реформаторства, развивающегося у «страстных идеалистов», создающих новые политические системы («Руководство по психиатрии», М., 1988). Судя по записям в истории болезни, его идеи «реформаторства» представляли собой ленинские принципы управления государством. В истории болезни подчеркивалась уверенность генерала в истинности своих взглядов, но нигде не просматривались мессианские тенденции. В письмах П. Григоренко в ЦК КПСС, Совет Министров, имеющихся в материалах уголовного дела, содержатся критика отклонений от ленинских идей построения социализма и собственные раздумья по этому поводу. Что касается «бредовых» толкований отдельных фактов, то они исчерпывались негативным отношением к врачам и подозрениями, присущими большинству поступающих на судебно-психиатрическую экспертизу, относительно связи врачей-экспертов со следственными органами. Учитывая, что на экспертизе генерал находился в 4-м специализированном отделении (которое будет подробно описано позднее), можно понять, как у него сформировалось подобное мнение, в истинности которого Григоренко тогда действительно был убежден и пытался убедить в своей правоте окружающих.