Тогда же при пекинской резидентуре было образовано представительство КРО ОГПУ, которое возглавил Сергей Лихаренко. В этот период большое значение приобрела шанхайская резидентура. Возглавлял ее с 1922 года С. Л. Вильде, работавший под «крышей» советского консульства. Его заместителем в 1925–1927 годах был Наум Эйтингон. Сотрудники резидентуры оказывали большую помощь прибывавшим в Гуанчжоу советским военным советникам, а также добывали необходимую для Народно-революционной армии информацию. Интересно отметить, что в шанхайской резидентуре в 1926–1927 годах под прикрытием должности коменданта консульства работал Рудольф Абель, чьим именем в 1957 году воспользовался арестованный в США разведчик-нелегал Вильям Фишер.
Значительную помощь гоминьдановскому правительству в борьбе за объединение Китая оказывали и сотрудники внешней разведки, работавшие в Монголии в качестве инструкторов государственной внутренней охраны (ГВО) МНР и одновременно руководившие разведкой в Тибете, Внутренней Монголии и Северном Китае. Так, главный инструктор ГВО в 1926–1927 годах Яков Блюмкин при содействии монгольских разведчиков создал резидентуры в Хайларе (Внутренняя Монголия), Кобдо (Синьцзян) и Калгане (Северный Китай). А в январе 1927 года он получил задание Центра организовать поездку к генералу Фэн Юйсяну, который объявил себя сторонником Сунь Ятсена.
В это время армия Фэн Юйсяна вела тяжелые оборонительные бои с наступающими войсками северных милитаристов, и поэтому Блюмкин решил сам отправиться к нему. После тяжелого и опасного пути через безлюдную, занесенную снегом пустыню Гоби отряд Блюмкина в феврале 1927 года прибыл в Баотоу, где размещался штаб Фэн Юйсяна. Там Блюмкин оставался около месяца, собирая необходимую Центру информацию и оказывая Фэн Юйсяну помощь в организации разведки и контрразведки.
Однако во второй половине 20-х годов кремлевское руководство во главе со Сталиным после реорганизации в 1923–1924 годах Гоминьдана, вступления в него коммунистов и смерти 12 марта 1925 года Сунь Ятсена стало настаивать на ускорении китайской революции. При этом главной задачей считалось направить Китай на «социалистические рельсы». Но такая близорукая политика привела к печальным результатам. В марте 1927 года Бородин, следуя указаниям из Москвы, предпринял попытку сместить главнокомандующего китайской армией Чан Кайши. По его указанию в Шанхае под руководством КПК началось формирование отрядов китайской Красной гвардии с целью организации вооруженного восстания, провозглашения революционного правительства и создания китайской Красной армии.
Но планы Бородина практически сразу стали известны Чан Кайши, и он немедленно предпринял наступление на Шанхай. 12 апреля 1927 года Шанхай был взят его войсками, начавшееся было восстание потоплено в крови, а 28 апреля были арестованы и казнены 25 функционеров КПК. После этого собравшиеся в Нанкине лидеры Гоминьдана создали новое правительство во главе с Ху Ханминем. Впрочем, фактическим главой нового гоминьдановского режима стал Чан Кайши, с ноября 1928 по январь 1932 года занимавший пост премьер-министра и сохранивший за собой должность главнокомандующего армией.
В результате этих событий советско-китайские отношения резко ухудшились. В апреле 1927 года по указанию Чан Кайши был проведен обыск в советском консульстве в Пекине, который нанес сильный удар по позициям советской разведки в Китае. В ходе обыска полиция изъяла большое количество документов, в том числе шифры, списки агентуры и поставок оружия КПК, инструкции китайским коммунистам по оказанию помощи советским представителям в разведработе. Обострилась и обстановка в Маньчжурии в районе Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД), а против сотрудников советского консульства в Харбине постоянно устраивались провокации. Фактический правитель северо-восточных провинций Китая генерал Чжан Цзолинь, с 1918 года державшийся у власти, играя на противоречивых интересах в Маньчжурии СССР, Японии и правительства Гоминьдана, был крайне обозлен деятельностью Бородина в 1927 году. Он занял откровенно прояпонскую позицию, а нормальное функционирование КВЖД было поставлено под угрозу из-за постоянных провокаций против советских служащих.
В 1928 году сотрудниками харбинской резидентуры, которой с 1927 по 1929 год руководил Наум Эйтингон, были добыты материалы о переговорах союзника Чжан Цзолиня, лидера фынтяньской (мукденской) группы «провинциальных милитаристов» Чжан Сюэляна с японцами, целью которых было создание в Северо-Восточном Китае Независимой Маньчжурской республики на следующих условиях: