Кожедуб поймал вражеский бомбардировщик в прицел, нажал на гашетку — несколько выстрелов, после чего пушки замолчали: кончился боекомплект. Кожедуб приказал атаковать противника Мухину, но у ведомого было на исходе горючее. Бой прекратился сам собой, после того как Ju-87 сбросили бомбы и взяли курс на запад.
На аэродроме командир эскадрильи капитан Владимир Семенов устроил своему заместителю форменную выволочку за нарушение приказа, но потом поздравил с первой победой.
После этого боевого вылета будущий ас сделал три важнейших вывод: всегда осматривать хвост своего самолета, никогда не нарушать дисциплину в воздухе, контролировать расход боекомплекта. Про эти вещи Иван Кожедуб больше не забывал никогда.
На следующий день Кожедуб сбил еще один Ju-87, в тот же день получил ранение в ногу капитан Семенов. Ранение оказалось легким, но передвигался капитан только с помощью костылей и летать не мог. Теперь в воздухе командовал эскадрильей Кожедуб, а на земле — Семенов.
В первом боевом вылете в качестве и/о комэска четверка Кожедуба была атакована в лоб парой мессеров. Кожедуб открыл огонь с предельно короткой дистанции и сбил один Bf. 109. В тот день Кожедуб летал на боевые задания дважды и сбил еще одного «худого».
Вскоре Семенова назначили заместителем командира полка, Кожедуб стал командиром эскадрильи, Павел Брызгалов — заместителем командира эскадрильи.
15 августа, прикрывая разведчик Пе-2, Кожедуб сбил два истребителя Bf. 109. Через восемь дней, опять прикрывая «пешки», сбил Fw-190. Кожедуб описывал этот фоккер как «новенький самолет, сверкавший свежей зеленой краской».
Очередной Ju-87 ас завалили в трудном воздушно бою 30 сентября. Кожедуб во главе группы Ла-5 утюжил воздушное пространство над левым берегом Днепра, прикрывая советские войска от ударов с воздуха — обычная тактика советских истребителей. Пара мессеров атаковали на встречных курсах. Кожедуб уклонился от атаки, но его самолет получил несколько попаданий и загорелся. Ведомый и вторая пара (Брызгалов — Горкало), считая, что самолет командира сбит, устремилась за мессерами, чтобы отомстить. Кожедуб призывал по радио друзей вернуться, но они его не слышали. Комэск сумел скольжением сбить пламя, после чего взял курс домой. На маршруте он встретил группу из 18 Ju-87, истребителей прикрытия не было. Кожедуб атаковал в одиночку и на поврежденном самолете сбил один «лаптежник».
Пикирующие бомбардировщики немедленно встали в оборонительный круг, очень эффективный маневр. Кожедуб предпринял несколько попыток прорвать круг, но успеха они не имели. Главное было сделано — «штуки» в беспорядке побросали бомбы. Горючее в баках Ла-5 кончилось, как только после посадки летчик открыл фонарь кабины. На Кожедуба смотрели как на выходца с того света: все считали, что его сбил мессершмитт. Ведомые Кожедуба, как оказалось и не могли услышать своего командира по радио: радиостанция была разбита снарядом, выпущенным пушкой мессера. Тем не менее, памятуя собственные ошибки Кожедуб отчитал летчиков: главная задача — прикрытие наземных войск.
В бою 12 октября воздушный стрелок «штуки» зажег Ла-5 Кожедуба. Ju-87 упал, но и у Кожедуба шансов уцелеть казалось не осталось. Летчик направил в крутом пике свой истребитель на немецкую зенитную батарею. Резкое пикирование погасило пламя. Хитрый хохол подумал: «А погибать нам рановато!» Ла-5 вышел из самоубийственного пикирования.
Через три дня четверка, ведомая Кожедубом, в который раз подверглась атаке немецких «охотников». Мессера подбили в первой же атаке самолеты Мухина и Колесникова, оба Ла-5 вышли из боя. Мотор на Ла-5 Жигуленкова начал работать с перебоями, он не мог в наборе высоты удерживаться за истребителем командира. Получилось, что Кожедубу в одиночку пришлось прикрывать три поврежденных истребителя, которые в ином случае неизбежно были бы добиты «охотниками». Единственный свой шанс Кожедуб увидел в лобовой атаке с последующим «подныриванием» и заходом в хвост противнику резким разворотом. Немцам пришла в голову та же самая идея. Кожедуб сумел выполнить разворот с гораздо меньшем радиусом, после чего оказался в выигрышном положении. Пилот Ла-5 открыл огонь, однако немец в последний момент вышел из-под удара, после чего оба Bf. 109 вышли из боя.
В тот же день, ближе к вечеру, в небо ушли звенья Кожедуба и Евстигнеева. Восьмерка Ла-5 вышла на звено Bf/109, но немцы не любили принимать бой в меньшинстве. «Мессера» уклонились от схватки. Зато через несколько минут в этот район подошла большая группа немецких истребителей. В завязавшемся воздушном бою Иван Кожедуб сбил один самолет противника, а Кирилл Евстигнеев — два.