Обладая внушительным букетом дефектов и конструктивных недостатков ЛаГГ-3 в одном начисто превосходил истребитель Яковлева: поджечь ЛаГГ оказалось делом почти невозможным, в то время как Яки горели подобно свечкам. Высокая боевая живучесть ЛаГГа опять же вызывает сомнения в «военном» происхождении пресловутого прозвища «Лакированный Гарантированный Гроб».
Характеристики ЛаГГа несколько поднялись после установки на самолет в 1942 г. двигателя М-105ПФ, который был на ПО л.с. мощнее, чем М-105П. Правда, прирост мощности почти «съел» прирост массы конструкции планера. Самолет по прежнему уступал по характеристикам немецким истребителям.
В ходе серийного производства конструкция самолета постоянно менялась: изменялось количество и емкость внутренних топливных баков, были внедрены подвесные баки, менялась форма руля направления и мачты радиоантенны. Начиная с самолетов 4-й серии вместо двух 12,7-мм пулеметов устанавливался один. Причина снятия одного крупнокалиберного пулемета была двоякой: желание снизить массу самолета и нехватка пулеметов УБ. Как уже говорилось, на самолетах 8-й и более поздних производственных серий не ставились пулеметы ШКАС, зато начиная с 11-й серии появилось шесть направляющих РО-82 для подвески реактивных снарядов РС-82.
Базовыми стали 1-я, 4-я, 8-я, 11-я, 23-я, 29-я и 66-я производственные серии.
Серийное производство Ла-5 началось в июне 1942 г. на авиационном заводе в Горьком. Некоторое время выпуск Ла-5 и ЛаГГ-3 шел параллельно, но в 1943 г. завод в Горьком стал строить только Ла-5, а выпуск ЛаГГов был сосредоточен на заводе в Тбилиси. Последние 229 истребителей грузинское предприятие сдало в 1944 г. ЛаГГ-3 оставались на вооружении истребительных авиационных полков ВВС Красной Армии на протяжении всей войны; ЛаГГи принимали участие в войне с Японией.
К концу 1943 г. большая часть ЛаГГов находилась в полках, действовавших на южном участке фронта, поближе к заводу-производителю. Как правило, ЛаГГами вооружали обычные строевые полки, но несколько гвардейских частей летали на ЛаГГах.
Как правило, изначально полк получал ЛаГГи одной серии, но затем на восполнение потерь поступали самолеты других производственных серий, а истребители, пошедшие ремонт в полевых мастерских, порой вообще трудно было отнести к какой-нибудь серии. Идентифицировать ЛаГГи по производственным сериям по фотографиям очень сложно, чаще всего просто невозможно. Более менее надежно определяются только машины 35-й и 66-й производственных серий.
В первые недели войны во фронтовые части поступило много ЛаГГов, восполняя потери первых дней в И-16 и МиГ-3. Летом и осенью 1941 г. ЛаГГи сыграли заметную роль не только в противоборстве с люфтваффе. Имевшие мощное вооружение живучие деревянные самолеты успешно штурмовали колонны наступающих частей вермахта.
Одним из первых ЛаГГи получил 164-й ИАП, базировавшийся на Кавказе. В этом полку начал свою карьеру военного летчика маршал авиации Н.М.Скоморохов, войну он закончил майором, сбил 46 самолетов лично, восемь — в группе. Три звена ЛаГГов 160-го полка обеспечивали перелет в осажденный Ленинград Г.К.Жукова. На другом фланге огромного фронта ЛаГГ-3 1 — и серии имелись на вооружении 44-го ИАП Ленинградского фронта, 7 марта 1942 г. преобразованного в 11-й гвардейский.
В августе 1941 г. на ЛаГГ-3 летчики 17-го ИАП прикрывали днепровские переправы в районе Кременчуга. Полк сменил «ишаки» на ЛаГГи в конце июля в Ростове-на-Дону. В июле ЛаГГи получил также 170-й ИАП.
Осенью 1941 г. с И-16 на ЛаГГ-3 был перевооружен 69-й ИАП, в котором служил один из самых результативных летчиков-истребителей Великой Отечественной войны — А.В.Алелюхин (40 побед, одержанных лично и 17 — в группе).
ЛаГГ-3 не стал символом битвы за московское небо, но вклад в общее дело полки, воевавшие на ЛаГГах внесли значительный. На Калининском фронте истребители этого типа занимали даже доминирующее положение, другое дело, что их было мало. Полки, вооруженные ЛаГГами действовали в составе Брянского, Западного и Калининского фронтов. В составе 6-го истребительного корпуса ПВО, на который возлагалась защита столицы от фашистских бомбардировщиков по состоянию на 31 июля 1941 г. входили два полка, имевших на вооружении ЛаГГи — 24-й ИАП (27 истребителей) и 233-й ИАП (в нем ЛаГГами была вооружена одна эскадрилья — 10 самолетов).
Начиная с 5 октября 1941 г. в 43-й авиадивизии проходили войсковые испытания три ЛаГГ-3, вооруженные 37-мм пушками; согласно отчету эти самолеты смогли уничтожить пять немецких танков. Мощное вооружение буквально провоцировало использовать эти машины в качестве штурмовиков. Однако новые пушки Шпитального были еще сырыми и работали ненадежно. Воевали эти три истребителя недолго — в середине октября их сбили в районе Вязьмы.