Широкое развитие получила и подпольная деятельность. При этом следует отметить, что условия для подпольной работы к концу оккупации чрезвычайно усложнились.
«Враг сильно насторожен, — писал секретарь Навлинского окружном а партии А. В. Суслин в своей докладной записке от 2 февраля 1943 года, — и все населенные пункты… в радиусе 15—20 километров от нашего «партизанского края» держит на осадном положении…»
Блокированные в лесах вместе с партизанами партийные комитеты оказались изолированными от населенных пунктов. Однако эти препятствия не остановили развития подпольной борьбы. Подпольные организации росли, расширяли круг своей деятельности, изыскивали новые организационные формы работы. К числу их относились антифашистские комитеты, подпольные подрывные и террористические группы, подпольная агентура.
Антифашистские комитеты представляли собой массовые организации, состоявшие из коммунистов, беспартийных патриотов, а также комсомольцев и несоюзной молодежи. Создавались эти комитеты под руководством парторганизаций и работали по их заданиям. Задачами антифашистских комитетов были: разложение воинских формирований противника, массово-политическая работа среди населения, организация саботажа фашистских мероприятий, разведка, диверсии и пополнение партизанских отрядов. Через эти комитеты партийные организации усиливали воздействие на массы, укрепляли связи с ними.
Диверсионные и террористические группы подпольщиков вносили серьезный вклад в дело борьбы с оккупантами. Так, одна из таких групп в Севском районе, заминировав в шести местах большаки, подрывала автомашины и, срезав 20 телеграфных столбов, на несколько дней нарушила телефонную и телеграфную связь фашистской администрации. Одна из диверсионных групп Трубчевского района сняла 3 километра проводов связи, подорвала автомашину с гитлеровцами. В Брасовском районе диверсионная группа взорвала гараж с танками, автомашинами, мотоциклами и запасы бензина.
Террористические группы подпольщиков совершили несколько покушений на видных фашистских чиновников, в том числе на обер-бургомистра Локотского округа Каминского. Эти покушения настолько запугали фашистское начальство, что Каминский, например, вынужден был держать для своей личной охраны целый батальон солдат.
Агенты-одиночки выполняли преимущественно разведывательные задания. Благодаря им, по свидетельству Орловского штаба партизанского движения, разведывательная деятельность резко оживилась.
Значительно более широкую, чем раньше, работу подпольщики развернули среди солдат, полицейских и различных воинских формирований врага: «русско-немецких» батальонов, войск «РОА», «восточных» подразделений и т. д. В этом заключалась одна из основных особенностей подпольной деятельности последнего периода. Партийные организации распространяли среди личного состава этих формирований обращения, письма, листовки, газеты, пропуска для перехода на сторону партизан и Советской Армии на русском, немецком и венгерском языках. Советские листовки регулярно подбрасывались даже в кабинеты обер-бургомистра Каминского и немецкого коменданта Клетни. Работа подпольщиков среди вражеских формирований являлась одной из причин массового перехода полицейских и солдат различных подразделений на сторону партизан. Им была предоставлена возможность искупить свою вину перед Родиной активной борьбой с оккупантами. Около 4 тысяч человек перешли в партизанские отряды, и многие из них боевыми делами в рядах партизан смыли с себя позорное прошлое. Так, например, с 23 июня по 9 сентября 1943 года одна из групп, вошедших в Дятьковские партизанские отряды, пустила под откос три вражеских эшелона, а другая взорвала пять штабелей с орудийными и зенитными снарядами. Часть перебежавших партизаны оставляли во вражеских формированиях для разведывательной и диверсионной работы.
Весьма успешно работали орловские подпольщики в подразделениях «РОА». Набранные преимущественно путем насильственной мобилизации, части «РОА» представляли собой благоприятную среду для антифашистской агитации. Под влиянием этой агитации солдаты «РОА» иногда целыми подразделениями с оружием в руках переходили на сторону партизан или Советской Армии. По мере нараставшего наступления советских войск углублялся процесс разложения полиции, «РОА» и «русско-немецких» батальонов, усиливалась действенность пропаганды подпольщиков.