Это назначение явилось свидетельством высокого доверия к Тухачевскому партии. По положению, принятому Наркомвоеном и Высшим военным советом 6 апреля, военные комиссары являлись непосредственным политическим органом Советской власти при армии. Назначение на эту должность бывшего офицера было редким исключением в годы гражданской войны. Подавляющее большинство военных комиссаров были кадровыми рабочими, вступившими в партию задолго до Октябрьской революции. Однако многие из них имели слабую военную подготовку, что затрудняло их работу по контролю деятельности военных специалистов и военно-политическому руководству боевыми действиями. Требовалось в кратчайшие сроки выработать принципы и программы обучения комиссаров военному делу. В этой связи заслуживает внимания «Проект организации курсов военных комиссаров», составленный в июне Тухачевским и представленный им Председателю Всебюровоенкома К. К. Юреневу.
В проекте говорилось: «Институт воен, комиссаров должен стоять на должной высоте, как по природным дарованиям, так и по специальной военной подготовке. Для этой цели предлагается образовать «Курсы военных комиссаров» с двухмесячным сроком. Окончив такие курсы, военные комиссары будут вполне разбираться в обстановке, в требованиях военного искусства, а получив известный опыт на практике, легко сделаются самостоятельными революционными командирами». В программу их обучения предлагалось включить следующие предметы: военную администрацию, стратегию, тактику, военную историю, артиллерию, фортификацию, военно-судное дело, военную географию, военную гигиену и уставы. Конечно, за два месяца глубоко освоить эти предметы было невозможно. Тухачевский считал, что «гораздо важнее обучить военных комиссаров военным наукам в широком масштабе, хотя бы и поверхностно».
Особое внимание в письменном обращении к Юреневу, приложенном к «Проекту», уделялось повышению уровня агитационно-пропагандистской работы в войсках.
«Теперь является насущно необходимым организованным путем провести на фронте лекции, сообщения, собеседования на разные темы по вопросам социализма и текущего момента, — писал Тухачевский, — эти сообщения должны делать комиссары. Если полковые комиссары недостаточно к этому подготовлены, то на помощь к ним должны прийти комиссары дивизий, армий и т. д. Комиссары должны ездить в части для чтения лекций, сообщений, а также устраивать их для сотрудников своих штабов.
Эти лекции не должны носить случайный характер. Комиссары армий, фронтов, а, если можно, то и выше должны указывать приблизительные темы и общее направление сообщений». Предложения, высказанные Михаилом Николаевичем, были использованы Всебюровоенкомом при разработке программы для Центральных курсов военных комиссаров.
Сам факт разработки «Проекта организации курсов военных комиссаров» и приложения к нему показывают, что Тухачевский уже в начале гражданской войны, не имея глубоких марксистских знаний, понимал роль и значение партийно-политической работы в войсках, необходимость овладения армейскими политработниками военной наукой и военным искусством.
В конце мая 1918 года над Советской Республикой нависла серьезная опасность. На востоке страны начался мятеж чехословацкого корпуса. Одновременно подняли голову монархисты, меньшевики, эсеры и кулаки. В короткий срок мятежники захватили Поволжье и Сибирь, являвшиеся жизненно важными для Советского государства сырьевыми, промышленными и сельскохозяйственными районами.
13 июня Совет Народных Комиссаров принял постановление, подписанное Лениным, об учреждении Революционного военного совета для руководства операциями против мятежа чехословацкого корпуса. Среди сотен командиров, направленных на восток, был и Тухачевский, 19 июня он получил назначение на должность командующего 1-й армией Восточного фронта. В удостоверении, выданном Наркомвоеном, указывалось, что он командирован на Восточный фронт «для исполнения работ исключительной важности по организации и формированию Красной Армии в высшие войсковые соединения и командования ими» и на него следует возложить наиболее важную и ответственную работу по борьбе с чехословаками, так как по рекомендации ВЦИК Тухачевский является «одним из немногих военных специалистов Коммунистической партии».