Привлечение столь крупных сил советской авиации в данной операции объяснялось тем, что необходимо было совместно с артиллерией разрушить фортификационные сооружения и опорные пункты в городе-крепости, подавить артиллерийские батареи противника и тем самым создать условия войскам фронта для быстрого овладения городом с меньшими потерями. Насколько большое значение придавалось боевым действиям авиации в Кенигсбергской операции, видно из того, что намечавшиеся сроки ее проведения вследствие плохой погоды были перенесены решением Ставки ВГК с 5 на 6 апреля.
До начала операции штабом 1-й воздушной армии был разработан план боевых действий 1-й и 3-й воздушных армий в Кенигсбергской операции. Планом предусматривалось проведение предварительной авиационной подготовки с целью разрушения фортов и опорных пунктов в полосах наступления 43-й и 11-й гвардейской армий. Характерным для данной операции являлось то, что в ней особое место отводилось ударам нашей авиации по разрушению укрепленных узлов, дзотов и дотов. Сложные метеоусловия (туман) не позволили воздушным армиям полностью провести авиационную подготовку. Вместо запланированных 5316 самолето-вылетов 4 и 5 апреля было совершено только 766. Это сказалось на темпах наступления сухопутных войск, которые к исходу первого дня наступления продвинулись на отдельных направлениях на 2 - 4 км.
В последующие три дня авиация действовала с полным напряжением, нанося мощные удары по противнику. В эти дни особенно успешно действовала эскадрилья 75-го гвардейского Краснознаменного штурмового авиационного полка под командованием капитана А. К. Недбайло. Придя в район цели, штурмовики производили по шесть и более заходов, уничтожая технику и живую силу противника. Хотя А. К. Недбайло прибыл на фронт лишь в марте 1943 г., он до конца войны произвел 219 успешных боевых вылетов. За проявленные героизм, доблесть, мужество и отвагу Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 апреля 1945 г. ему было присвоено звание Героя Советского Союза, а 29 июня того же года он был награжден второй медалью "Золотая Звезда".
7 апреля с 10 часов до 13 часов 30 минут по оборонительным сооружениям и войскам в районе Кенигсберга были нанесены три бомбардировочных удара, в которых участвовало 246 самолетов Ту-2 и Пе-2. Вслед за фронтовой авиацией начался дневной массированный налет 516 дальних бомбардировщиков 18-й воздушной армии. Эффективные действия авиации помогли нашим войскам быстро вклиниться в оборону крепости. На другой день по резервам западнее Кенигсберга был нанесен удар 456 нашими бомбардировщиками.
Массированные действия 18-й воздушной армии днем обеспечивались безраздельным господством в воздухе. Для сопровождения дальних бомбардировщиков 7 апреля было выделено 124 истребителя. Кроме того, в момент удара 108 истребителей патрулировали на различных высотах вокруг города и не допускали истребителей противника к району боевых действий бомбардировщиков. За 20 минут до подхода дальних бомбардировщиков к Кенигсбергу штурмовиками и бомбардировщиками был нанесен удар по двум основным вражеским аэродромам с целью подавления его истребительной авиации. В результате этого 18-й воздушной армии удалось нанести противнику сильные удары без потери своих самолетов.
Штурмовая и истребительная авиация, поддерживая наступавшие войска фронта, уничтожала и подавляла его войска и артиллерию непосредственно на поле боя. Помимо разрушения оборонительных сооружений в Кенигсберге она уничтожала войска противника при переброске их с Земландского полуострова. 7 апреля штурмовой авиацией 1-й и 3-й воздушных армий был нанесен ряд ударов по войскам в лесах западнее Кенигсберга. В результате действий авиации был сорван готовящийся противником контрудар с целью деблокирования гарнизона Кенигсберга.
В этот день особенно успешно действовала группа штурмовиков под командованием Героя Советского Союза майора М. Т. Степанищева по уничтожению живой силы и артиллерии противника на южной окраине Кенигсберга. Несмотря на сильное противодействие вражеской зенитной артиллерии, штурмовики, возглавляемые героем-летчиком, уничтожили несколько артиллерийских орудий и взорвали три крупных склада с боеприпасами. За образцовое выполнение боевых заданий командования, личную отвагу и героизм Указом Президиума Верховного Совета СССР от 29 июня 1945 г. М. Т. Степанищев был награжден второй медалью "Золотая Звезда".
В ходе штурма Кенигсберга авиация флота (командующий генерал М. И. Самохин) во взаимодействии с фронтовой и дальней авиацией продолжала уничтожать войска и технику в порту Пиллау, а также вела борьбу с его транспортами и кораблями в море. Так, 7 апреля свыше 240 бомбардировщиков и штурмовиков ВВС КБФ нанесли ряд ударов по сосредоточению кораблей противника в порту Пиллау.
В результате совместных действий сухопутных войск и авиации противник прекратил сопротивление, и 10 апреля гарнизон Кенигсберга капитулировал. За четыре дня операции авиация совершила 14090 самолето-вылетов и сбросила на противника 4440 тонн бомб. Ее массированные действия значительно ускорили капитуляцию немецких войск. Это показали фашистские генералы, попавшие в плен. Бывший немецкий комендант города и крепости Кенигсберг генерал Ляш сказал:
" во взятии Кенигсберга авиация сыграла исключительно большую роль солдаты были измучены, прижаты к земле, загнаны в блиндажи".
Успешный разгром восточно-прусской группировки врага значительно ослабил армию фашистской Германии. Советское командование получило возможность использовать высвободившиеся войска и авиацию для завершения победы над врагом.
В ознаменование одержанной победы Президиум Верховного Совета СССР учредил медаль "За взятие Кенигсберга", которой был награжден весь личный состав авиационных частей и соединений, принимавший участие в штурме этой крепости.
За умелое руководство боевыми действиями авиации в Восточно-Прусской операции командующий 1-й воздушной армией генерал Т. Т. Хрюкин Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 апреля 1945 г был награжден второй медалью "Золотая Звезда". Этим же указом второй медалью "Золотая Звезда" награждались летчики Г. М. Паршин, Е. М. Кунгурцев, Г. М. Мыльников, а летчикам А. Н. Прохорову, В. А. Алексенко и Н. И. Семейко присваивалось звание Героя Советского Союза. Многие генералы и офицеры авиационных частей и соединений - участники Восточно-Прусской операции -были награждены орденами и медалями Советского Союза.