В МВД Берия сосредоточил только силовые структуры. Все отряды спецназа МВД и ГРУ усиленно тренировались на своих учебных базах.
Берия вышел на международную арену: провел переговоры по мирному урегулированию корейской войны, бушевавшей три года, попытался урегулировать отношения с Югославией, высказал мысль об объединении двух Германий, но когда 17 июня в Восточном Берлине вспыхнуло восстание, Берия приказал спецназу ГРУ и танковой бригаде особого назначения подавить ненужные и излишние свободы немецкого народа. Эта военная сила Берии стала пугать кремлевских небожителей, и на следующий день, 26 июня 1952 года, на Президиуме ЦК партии Хрущев обвинил Берию в раскольнической деятельности как империалистического агента и нажал кнопку звонка. В зал заседаний ворвались первый заместитель министра обороны маршал Жуков, командующий ПВО Московского военного округа генерал-полковник Москаленко, его заместитель — генерал-лейтенант Батицкий, начальник штаба ПВО генерал-майор Баксов и начальник политуправления штаба ПВО МВ О генерал-майор Зуб. Всех генералов на своей служебной машине, не подлежащей досмотру, провез в Кремль министр обороны СССР Булганин. Генералы арестовали Берию в Кремле и, закатав в ковер, вывезли из Кремля в спецназовские казармы ГРУ, которые усиленно охраняли БМП спецназа ГРУ.
Заместитель Берии по МВД СССР генерал Круглов был на стороне заговорщиков и, повернись ситуация иначе, неизвестно, что было бы со страной Советов.
23 декабря 1953 года на закрытом заседании Верховного суда СССР без присутствия обвиняемых был вынесен категоричный приговор: «Именем народа расстрелять врагов Советского Союза — маршала СССР Л. П. Берию, генерала В. Н. Меркулова, бывшего министра МВД Грузии генерала В. Г. Деканозова, бывшего первого заместителя МВД СССР генерал-полковника Б. 3. Кобулова, бывшего начальника управления МВД СССР генерал-полковника С. А. Гоглидзе, бывшего министра МВД Украины генерал-лейтенанта П. Я. Мешика, бывшего начальника следственного отдела МВД СССР генерал-лейтенанта Л. Е. Влодзимирского».
Всех членов семей врагов народа осудили по второй категории — на 10 лет с высылкой в Сибирь и Казахстан. 80-летнюю мать, тещу, жену, сына и глухонемую сестру Лаврентия Павловича зимой 1953 года в товарном вагоне отправили из солнечной Грузии в метельный Казахстан.
Еще через год Хрущев прикажет расстрелять следователя Рюмина, ставшего уже генералом, помощника Берии генерала П. В. Шарию, начальника и чиновников секретариата НКВД и МВД С. С. Мамулова, Б. А. Людвигова, Г. А. Ордынцева, заведующего приемной Берии — Муха-нова, генералов госбезопасности Рапаву и Церетели, сотрудников аппарата МВД — Савицкого, Кримяна, Хазана, Парамонова, коменданта внутренней тюрьмы Тбилиси Надарая, бывшего первого секретаря ЦК компартии Азербайджана Багирова, бывшего начальника охраны Берии (за потерю бдительности) генерала Р. Ф. Саркисова и еще с десяток мелких чиновников.
Практически до 1963 года в СССР не было спецназов и учебных центров, так политические лидеры страны боялись вооруженных профессионалов в камуфляже.
Особенно спецназа боялся Хрущев, который видел, как всесильного Берию, уже одной ногой попиравшего кремлевский трон, арестовали в 1953 году и месяц содержали под тайным арестом спецназ ГРУ и армейский спецназ. И этот страх Хрущева явно отразился на аресте и тюремном заключении выдающегося профессионала спецназа генерала Павла Судоплатова, возглавлявшего долгие годы войны 4-е диверсионно-разведывательное управление НКВД СССР. Хрущев не мог позволить сосредоточение в руках одного силового министра МВД всех силовых структур.
В марте 1954 года Хрущев Распоряжением Совета Министров СССР реорганизовал МВД СССР, разделив его на два ведомства: МВД СССР и Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР. Прсдседателем КГБ Хрущев назначил своего верного друга — генерала И. А. Серова.
В декабре 1953 года, сразу же после расстрела набившего всем генералам и партийным боссам страны оскомину маршала Берии, Хрущев подписал Постановление ЦК КПСС о формировании при Втором главном управлении МВД СССР (внешняя разведка) 12-го спецотдела для проведения диверсий на военно-стратегических объектах и коммуникациях США, Англии и других стран НАТО.
Все конвойные войска и спецназ были переданы в КГБ при СМ СССР.
Разведка, как военная, так и стратегическая, моментально среагировала на эти кадровые новации Хрущева массовыми дезертирствами резидентов в ЦРУ США: в январе 1954 года из токийской резидентуры перебежал в ЦРУ майор Юрий Растворов, в феврале из венской резидентуры дезертировал в ЦРУ подполковник КГБ Петр Дерябин, в апреле в британскую СИС перебежали Владимир и Евдокия Петровы.