Хрущев заявил на Пленуме: «Я прочитал бумаг товарища Серова (председатель КГБ — авт.) больше, чем произведений Маркса, Энгельса и Ленина, вместе взятых».
Пленум ЦК, под пристальным вниманием офицеров спецназа, проголосовал против Молотова — и его тут же отправили послом в Монголию, против Маленкова — его назначили директором гидроэлектростанции в Усть-Каменогорск, против Кагановича — его Хрущев на следующий день сделал управляющим трестом «Союзас-бест», против Булганина — он стал председателем ставропольского Совнархоза.
Но силовые действия спецназа ГРУ и маршала Жукова в глубине души сильно напугали Хрущева, хотя он спрятал свой страх в уголках редко смеющихся губ. В душе Хрущев уже решил избавиться от опасного министра обороны.
В тюрьме ждал решения суда отец советского спецназа, величайший профессионал своего дела, бывший начальник 4-го разведывательно-диверсионного управления НКВД генерал-лейтенант П. А. Судоплатов. Хрущев, зная авторитет генерала среди спецназовцев, боялся влияния Судоплатова на политические настроения спецназовцев. После суда, осенью 1958 года, Павла Анатольевича Судоплатова перед этапом привезли в кабинет Председателя КГБ генерала Серова, который сказал заслуженному генералу, как какому-то простому урке-стукачу: «Вас отправят во Владимирскую тюрьму. Если вы вдруг вспомните там о каких-либо подозрительных действиях или преступных приказах Молотова или Маленкова, сообщите мне!» Генерал Судоплатов молча отвернулся.
В октябре 1957 года маршал Жуков вылетел в Севастополь и на крейсере «Куйбышев» отправился с дружеским визитом в Югославию, а Хрущев поехал по военным округам — договариваться с командующими о снятии Жукова с поста министра обороны. На закрытом Октябрьском Пленуме ЦК партии Суслов говорил с партийной трибуны: «Для чего Жуков формирует части специального назначения и диверсионно-штурмовые части, зачем он приказал сформировать армейскую школу спецназа? Для чего, товарищи? Да еще предлагает развернуть эти части спецназа в дивизию особого назначения! Чтобы Кремль штурмовать, я вас спрашиваю!?»
Военный историк профессор Наумов комментирует:
«Во всех округах по стране было семнадцать специальных разведывательных рот. Жуков свел их воедино и стал учить. Вот и все. Жуков потом на Пленуме напомнил Хрущеву, что два раза говорил и докладывал ему об этом. И что Хрущев с этим согласился. Но создать армейское училище для подготовки диверсантов незаметно от КГБ и от местных партийных органов просто невозможно. Особые отделы, подчиненные ведомству госбезопасности, знали все, что происходило в армии. Хрущев понимал, что Жукова могут выдвинуть на Пленуме как альтернативу ему. Но нет фактов, свидетельствующих о том, что Жуков готовил путч с помощью частей специального назначения ГРУ».
Жесткий характер Жукова, беспрекословное подчинение ему армии и авторитет в частях спецназа, выступления на Пленумах ЦК с разоблачениями репрессий, в которых были повинны все члены Политбюро, подписывавшие расстрельные списки, в том числе и Хрущев, сильно напугали Хрущева. Маршал Жуков был смещен с поста министра обороны СССР, а все отряды спецназа переформированы и отправлены на Дальний Восток в помощь конвойным войскам МВД. Профессионалов диверсионно-разведывательной подготовки надолго отправили в общевойсковые соединения.
Все досье Берии, касавшиеся расстрельных списков с подписью Хрущева, по распоряжению Хрущева были перевезены лично генералом Серовым из подвалов КГБ в архивы ЦК. По воспоминаниям офицеров спецназа тюремной охраны Лефортовской тюрьмы, в течении трех дней невозможно было открыть окна зданий внутренней тюрьмы — такой едкий дым поднимался от сжигаемых секретных архивов НКВД — МГБ.