Однако в Средней Азии и Казахстане уже в середине 1920-х гг. стали очевидными негативные последствия земельно-водной реформы. Вместо того чтобы решить проблемы в межэтнических отношениях, она их усугубила412. Американский историк Т. Мартин полагает, что в 1920-х гг. наихудшие отношения между «титульными» этносами и русскими сложились в Казахстане, Киргизии, Восточной Башкирии и Бурятии413, то есть именно в «кочевых» регионах.
В Казахстане землеустройство, осуществленное по этническому принципу, в некоторых местностях привело к столкновениям на межнациональной почве414. Масла в огонь подливала позиция некоторых местных чиновников и национальных деятелей, которые добивались депортации неказахского населения. 11 апреля 1925 г. Казахский ЦИК принял закон о высылке переселенцев из региона – причем «некоренными» считались не только «европейцы», но также узбеки и уйгуры (14 сентября 1925 г. Президиум ВЦИК отменил этот закон как не соответствующий основам государственной национальной политики)415. С санкции местных властей под флагом «деколонизации» предпринимались враждебные действия в отношении переселенцев416. В 1927 г. в регионе произошло резкое обострение межнациональных отношений из-за того, что местные власти затягивали землеустроительные работы для национальных меньшинств, а земельные споры длились годами417.
Представителям «титульных» этносов в некоторых местностях достались излишки земли. Так было, например, в Киргизии и Бурятии, где они стали сдавать землю в аренду русским – часто по высокой цене418. В Туркестане из-за преследований русского населения в целом произошло сокращение земледелия419.
Реакция со стороны русского и другого «европейского» населения была соответствующей. Крестьяне выражали обиду на власть и непонимание, за что они сражались в Гражданской войне420. В Москву потекли жалобы на имя «всесоюзного старосты» М.И. Калинина и в Наркомат земледелия. Данные о массовых притеснениях поступали также от селькоров «Крестьянской газеты». Происходили столкновения «европейского» населения с оседающими кочевниками421. Когда в Киргизии чиновник Джанузаков, назначенный для устройства возвращавшихся из Китая киргизских беженцев, провел изъятие земель для них у переселенцев, эта акция, как и другие меры по устройству беженцев, вызвали сопротивление местных русских властей422. В начале 1920-х гг., после проведения земельноводной реформы, русские крестьяне заявляли, что «киргизам дают землю для того, чтобы они ею торговали», «распределение земли и воды неправильное. Киргизам больше – русским меньше. Киргизы сами землю не обрабатывают, а продают и землю, и воду». Граждане селений Быстроречки и Вайтыка говорили: «Выгнали бедняков русских как собак и отдали все кочевникам-киргизам, за которых еще и постреляли немало русских». Даже в 1927 г. – на фоне развивавшегося басмаческого движения, но и помня о реформе, – русское население в Узгенском районе отказывалось от проведения посевной кампании, мотивируя это тем, что «все равно киргизы отнимут землю и выгонят русских»423. Русское население Казахстана выражало стремление к автономизации424. На севере республики выдвигались требования об отделении уездов с преобладающим русскоязычным населением и присоединении их к Сибири425.
Центральная власть была вынуждена реагировать. 17 ноября 1924 г. ВЦИК создал комиссию под руководством секретаря ЦИК СССР А.С. Енукидзе, которая должна была разобраться с положением русского населения в автономных республиках и областях426. Защиту прав русского и другого «европейского» населения отстаивал Наркомат земледелия, который «решительно выступил за то, чтобы защитить культурное русское земледелие от “отсталых” обычаев кочевников». Выход был найден в этнической сегрегации. Комиссия при ВЦИК под руководством М.П. Серафимова, созданная в 1924 г. (работала до апреля 1926 г.), предложила создать в Казахстане четыре русских округа, объединенных во вновь создаваемую Калининскую автономную область, которая должна была стать основой для будущих земледельческих поселений русских. Хотя такая автономия создана не была, к концу 1926 г. под давлением из Москвы в Киргизии и Башкирии были созданы русские национальные советы. В конце 1927 г. они начали создаваться и в Казахстане427.