Для обеспечения школы литературой он основал издательство. В числе авторов учебников были и известные анархисты — знаменитый географ Э. Реклю и Ж. Грав. Выходил ежемесячный «Бюллетень новой школы» — журнал, посвященный вопросам воспитания и предназначенный для родителей и учителей. В нем печатали труды П. Робена, Э. Реклю, П. А. Кропоткина, Г. Спенсера, биолога Э. Геккеля и астронома К. Фламмариона, сочинения Льва Толстого и Максима Горького, переводы статей известных педагогов и психологов, статьи самого Феррера.
Об успехе деятельности Феррера говорят факты. При открытии школы в ней учились 30 детей, к 1907 г. их число возросло до 126. У Феррера появились последователи — «Современная школа» положила начало движению «новых школ» по всей Испании. К 1904 г. в Барселоне и в провинции по этой системе работали 14 школ для детей рабочих. К 1907 г. их было уже 47 с 1700 учениками. Феррер снабжал школы своих последователей учебниками, подбирал для них учителей. Материальную помощь этим учебным заведениям оказывали и испанские синдикалистские профсоюзы, в деятельности которых Франсиско активно участвовал. С 1901 г. он сотрудничал в революционно-синдикалистской газете La Huelga General («Всеобщая стачка»), в 1907 г. входил в число основателей федерации революционно-синдикалистских профсоюзов «Рабочая солидарность», из которой позднее выросла знаменитая Национальная конфедерация труда (CNT). Да и само воспитание в «Современной школе», имевшее откровенно антиавторитарный, атеистический и антивоенный характер, по сути, было деятельностью по преобразованию существующего общественного строя.
Испанское правительство до поры до времени терпело существование подобных школ, поскольку государственное начальное образование находилось в плачевном состоянии: к 1907 г. на 18,5 млн населения страны лишь 6 млн были грамотными. Средняя школа находилась под тотальным контролем церкви, школы зачастую не имели нормального помещения. Обучали в них в основном чтению и письму на испанском и началам математики. Наибольшее внимание уделялось изучению Библии, молитв и катехизиса. Применялись телесные наказания. Но содержание «рационального воспитания» вызывало ненависть клерикалов, бюрократии и капиталистических кругов, поскольку выводило образование из сферы их идеологического контроля. В этой ситуации появился повод для расправы над Феррером. 31 мая 1906 г. Матео Морраль Брока, работник издательства Феррера, по собственной инициативе бросил бомбу в свадебный кортеж короля Альфонса XIII. Феррера обвинили в подстрекательстве к покушению и арестовали, а его школу закрыли. Попытка властей Испании уничтожить Феррера возмутила многих из тех, кто интересовался проблемами образования. Развернулась международная кампания в его защиту. О действиях испанских властей с возмущением писали газеты во многих странах мира, почти во всех странах Западной Европы появились «союзы помощи Ферреру». Под давлением международной общественности суд оправдал Феррера, однако власти не разрешили ему вновь открыть школу, сославшись на тот факт, что используемые в ней учебники не соответствуют установленным требованиям.
Феррер вынужден был уехать за границу и направить все силы на пропаганду своих педагогических идей. С этой целью в апреле 1908 г. совместно с английским журналистом Уильямом Гифордом он основал в Париже «Международную Лигу рационального воспитания детей». В нее входили педагоги из Испании, Германии, Франции, Италии, Бельгии, Швейцарии и Великобритании. В руководство Лиги вошли известные деятели науки и культуры: писатели — лауреаты Нобелевской премии Анатоль Франс и Морис Метерлинк, видный теоретик свободного воспитания Жан-Франсуа Эльсландер, биолог Эрнст Геккель. Продолжали свою деятельность сторонники Феррера и в Испании. С их помощью было возобновлено издание ежемесячного «Бюллетеня новой школы». 17 июня 1909 г., получив известие о болезни жены своего брата и племянницы, Феррер выехал в Барселону, не подозревая, что это путешествие закончится для него роковым образом.