С 1991 г. довольно хаотичный набор органов Содружества неоднократно менялся. Структура органов, предусмотренная Уставом СНГ, успела устареть еще до вступления последнего в силу. Многие отраслевые органы оказались неэффективными. Другие существовали лишь на бумаге. С 1997 г. вопрос о реформе структуры органов СНГ стал предметом особого внимания.
На заседании Совета глав государств СНГ, состоявшемся 1–2 апреля 1999 г., было принято решение, наметившее основные пути совершенствования и реформирования органов Содружества путем сокращения их количества и численности сотрудников. Исполнительный секретариат, МЭК и рабочие органы отраслевых структур согласно этому решению должны быть реорганизованы в единый, постоянно действующий исполнительный, административный и координирующий орган — Исполнительный комитет СНГ. Принято также решение о создании Экономического совета Содружества. В итоге новая структура органов СНГ предполагает функционирование наряду с Советом глав государств и Советом глав правительств Межпарламентской Ассамблеи, Экономического суда, Совета министров иностранных дел, Исполкома, Экономического Совета, Совета министров обороны и Совета командующих погранвойсками, а также ряда отраслевых советов.
Порядок принятия решений в уставных и отраслевых органах СНГ регулируется Уставом, Правилами процедуры СГТ и СГП, утвержденными 17 мая 1996 г., а также положениями о соответствующих органах.
Уже в 1992 г. в СНГ утвердилась практика принятия политических решений на основе «консенсуса заинтересованных сторон»[79]: при формальном требовании консенсуса для принятия решения в СГТ или СГП каждое государство имеет право заявить о своей «незаинтересованности» в том или ином вопросе (это делается путем неподписания соответствующего документа), а решения считаются обязательными лишь для тех государств, которые их подписали. Лишь немногие документы СНГ подписаны всеми двенадцатью странами. Как правило, не только Молдова, Туркменистан и Украина, но и Азербайджан, Грузия, Узбекистан не поддерживают предложения, направленные на наделение органов СНГ наднациональными полномочиями.
В совещательных органах СНГ решения обычно принимаются на основе консенсуса, тогда как правила принятия решений в специализированных органах более дифференцированы. Чаще всего решения или рекомендации, подразумевающие проведение скоординированной или общей политики в соответствующих областях, требуют консенсуса, в то время как рекомендации по другим вопросам могут быть приняты квалифицированным (обычно 3/4) большинством голосов. В других случаях решения принимаются простым большинством голосов, однако они необязательны для тех государств, которые голосовали против или выразили незаинтересованность в соответствующем вопросе. Решения отраслевых органов в большинстве случаев носят рекомендательный характер.
В развитии СНГ можно выделить два основных этапа. Первый — 1992–1993 гг. — характеризовался попытками сохранить целостность постсоветского пространства. В основном был завершен раздел наследства бывшего СССР. Происходила ломка механизмов в прошлом межреспубликанского сотрудничества. Основным результатом первого этапа стало быстрое и лишь отчасти регулируемое экономическое, правовое и политическое размежевание стран бывшего СССР.
В условиях распада постсоветского пространства на втором этапе, начало которого можно отнести к осени 1993 г., страны Содружества приступили к поиску новых механизмов взаимодействия в различных областях, которые позволили бы сочетать интересы всех или хотя бы большинства его участников. В 1997 г. стало очевидно, что прилагавшиеся на втором этапе усилия в основном оказались безуспешными. С нарастанием критики СНГ за его неэффективность как инструмента многостороннего сотрудничества начался поиск новых, менее амбициозных, но прагматичных решений проблем, с которыми сталкиваются в своем сотрудничестве страны Содружества. В центре внимания при этом оказались два вопроса: реформа структуры органов СНГ и формирование зоны свободной торговли.