Тысячи патриотов Литвы были уничтожены в первые дни оккупации; гибли ни в чем не повинные дети, женщины и старики. На литовскую землю спустился мрак, а высшее католическое духовенство Литвы благословляло гитлеровский порядок. Каунасский митрополит архиепископ И. Сквирецкас именем бога заклинал литовцев собирать цветной металл для военной промышленности Германии, теплую одежду для солдат-оккупантов, ежедневно молиться за победу фашистской армии. После войны многие ксендзы-изменники возглавляли банды, хранили в храмах оружие, снабжали им бандитов.
Пособником гитлеровцев в борьбе с Советской Армией оказалась греко-католическая (униатская) церковь. Владыка униатов граф Андрей Шептицкий, занявший кресло митрополита на Святоюрской горе во Львове в 1901 г., всю свою жизнь посвятил борьбе за подчинение православной церкви Ватикану.
Поэтому когда началось вторжение гитлеровской армии в нашу страну, престарелый митрополит развил бурную деятельность. "Победоносную немецкую армию приветствую как освободительницу от врага", — провозгласил Шептицкий в пастырском письме на второй день после захвата старинного украинского города оккупантами. 5 июля 1941 г. митрополит обращается с новым посланием к своей пастве: "Каждый душепастырь обязан в ближайшее воскресенье после получения этого призыва отправить благодарственное богослужение и после пения "Тебя, бога, хвалим…" провозгласить многолетие победоносной немецкой армии…"
На рассвете к собору святого Юра с первыми немецкими частями подошел отряд украинских националистов-добровольцев, так называемый легион "Нахтигаль", тот самый батальон, который позже проклинали многие советские семьи. Командовали им Роман Шухевич и доктор богословия Иван Гриньоха. Вскормленные фашистами, одетые в немецкую форму, напичканные идеями самостийной Украины, вояки этого батальона отличались от гитлеровских головорезов лишь желто-голубой ленточкой на плече.
Андрей Шептицкий после беседы с И. Гриньоха, своим воспитанником и кандидатом в профессоры богословия, благословил легионеров и заодно дал "добро" на создание украинского правительства.
В роскошных палатах митрополита поселился Ганс Кох, галицийский немец, который еще в 1919 г. вел переговоры с Деникиным от имени "Украинской армии", ныне капитан отдела военной контрразведки. При нем жил его советник по украинским и польским делам доктор Р. Фель. Святоюрский собор стал штаб-квартирой немецкой разведки, которая провела во Львове целую серию карательных операций, расстреляв тысячи советских людей, в том числе и большую группу ученых. К услугам карателей был опыт матерого врага Советской власти и даже его богатый винный погреб. За годы оккупации в митрополитских палатах побывали такие гитлеровские тузы, как Ганс Франк — палач польского народа, Карл Ляш — генерал-губернатор Галиции, палач Отто Бауэр, уничтоженный позже советским разведчиком Николаем Кузнецовым, посетил митрополита и адмирал Канарис.
Граф Шептицкий из кожи лез, чтобы удовлетворить пожелания своих покровителей. Под его надзором создавалась дивизия СС "Галиция". Он лично освятил знамя дивизии, послал капелланами в ее полки наиболее доверенных священников, а протопресвитером дивизии назначил доктора богословия Василия Лабу. На флажках украинских националистов старательно было выведено: "На Москву!", но дивизия дошла лишь до Брод. Под ударами Советской Армии преступное творение митрополита-шпиона рассыпалось. Предателей настигало карающее возмездие.
Дряхлому графу Шептицкому не удалось увидеть окончательный крах фашистской Германии, на которую он поставил последнюю и самую крупную ставку. После его смерти митрополитом униатов стал верный подручный Шептицкого Иосиф Слипый, который еще до войны тайно служил фашистской Германии. Не удивительно, что он продолжал верно служить гитлеровским захватчикам до последнего дня их пребывания на советской земле. Вот как вели себя святые отцы в годы войны.
В годы Отечественной войны проявился и противоречивый характер сектантских вероучений. В те дни многие сектанты искренне осуждали зверства немецко-фашистских захватчиков. Забыв о вероучении, они брались за оружие и шли на врага. Некоторые из них за боевые подвиги были награждены орденами и медалями. Федор Косолапов, в детстве втянутый в секту прыгунов, не посчитался с наставлениями проповедника и матери, которые рекомендовали "не стрелять во врагов, не убивать их", отважно сражался на фронте. "Окончив учебу в саперном взводе, — вспоминает он, — я в октябре 1943 г. был направлен в маршевую роту, а отсюда на фронт на Таманский полуостров. Я старался иметь на своем счету как можно больше уничтоженных врагов. За подрыв вражеского танка меня наградили орденом Красной Звезды". Многие другие сектанты в тяжелые для нашей Родины дни показали себя подлинными патриотами социалистического Отечества. Однако претензии сектантов на свою долю в победе чрезмерно преувеличены.