Войска стояли друг против друга, готовые к бою, когда Александр еще раз объехал верхом фронт. Доскакав до возвышенности на левом внешнем фланге, он остановился и на виду фессалийских конников вознес торжественную молитву богам, дабы они даровали победу грекам, если он действительно произошел от Зевса. Затем он начал битву, продвинувшись всем своим войском наискось вправо. Персы последовали за этим движением, чтобы их не обошли с фланга. Однако когда Дарий понял, что противник избрал наилучший путь уйти с подготовленной для битвы местности, он дал своей коннице на левом фланге команду к атаке. В то время как здесь разгорелся ожесточенный бой конников, в центре прямо на македонские фаланги устремились размещенные перед боевым расположением боевые колесницы, но благодаря хладнокровным мерам македонян ни они, ни слоны не принесли желанного успеха. Ввиду передвижения левого крыла персов там возникла брешь, в которую молниеносно ворвался Александр, и вот уже он отчаянно скакал во главе своей конницы между первым и вторым персидскими эшелонами на вражеский центр, которому в это же время угрожала продвигающаяся македонская фаланга.
Однако исход был еще не ясен, поскольку на правом фланге персидская конница, в свою очередь, смешала ряды противника и, несмотря на превентивные меры Александра, проникла вглубь, до самого лагеря македонян. Как и при Иссе, один лишь Дарий не смог достойно встретить то, что происходило в непосредственной близости от него, он вновь оказался несостоятелен как полководец и как солдат и своим бегством дал сигнал ко всеобщему рассеянию войска. Самая сильная со времен похода Ксеркса армия прекратила отныне свое существование. Среди персов, которым удалось спастись от катастрофы, вновь был Дарий. С несколькими тысячами воинов, еще остававшихся при нем после битвы, он поспешил по старой царской дороге на восток в Экбатану, в то время как Александр, со своей стороны, после бешеного и все же напрасного преследования убегающего противника продолжил поход на юг, в направлении Вавилона.
Со времен покорения Междуречья персами Вавилон больше не имел того значения, как ранее, будучи столицей Вавилонского государства, но все еще занимал среди городов Передней Азии ведущее положение. Александр не рассчитывал получить город без боя и поэтому, подойдя к его стенам, выстроил войско в боевом порядке. Однако персидский сатрап Мазай, имевший в Вавилоне резиденцию и лишь недавно храбро сражавшийся за своего владыку, посчитал дальнейшее сопротивление бессмысленным, решив без боя передать страну и город в руки наступающего Александра и присягнуть ему как новому царю Азии. В сопровождении своих сыновей и всех духовных и светских сановников, он вышел навстречу Александру и торжественным актом подтвердил свое подчинение и передачу города, куда македонянин вошел как преемник Дария III и одновременно как царь Вавилона. Став, таким образом, обновителем древневавилонского царства, он тотчас приказал восстановить святилища местных богов, некогда разрушенные жестоким Ксерксом; кроме того, не забыл принести торжественную жертву главному вавилонскому богу Мардуку с точным соблюдением всех древних культовых предписаний. Понятно, что преемник Дария III в господстве над Азией должен был оставить у себя на службе сатрапа, который добровольно бы присягнул ему как новому владыке. Так и произошло. Мазаю пришлось примириться с тем, что его место военного коменданта занял македонский стратег. Финансовое управление сатрапией также было передано македонскому чиновнику.
Александр задержался в Вавилоне на два месяца, прежде чем продолжил поход со своим войском на восток — в Сузы, которых он достиг после двадцати дней пути. Сузы давно уже были собственно столицей и резиденцией великого Персидского царства. Отсюда Дарий I и Ксеркс отправлялись в свои походы на Элладу, из Суз сто лет спустя Артаксеркс Мнемон ниспослал так называемый царский мир Элладе. Теперь город с огромными сокровищницами золота и серебра без боя достался пришедшему с запада новому царю.
Следующей целью был Персеполь, одна из бывших царских резиденций и столица персидского рода, во главе которого некогда Кир сверг мидийского правителя Астиага и сам захватил господство над иранскими странами. Путь из Суз в Персеполь пролегал по земле воинственных бергуксиев, которые были готовы разрешить Александру проход лишь в том случае, если он отблагодарит их «подарками», которые, очевидно, прежние персидские цари в таких случаях «дарили» этому племени, лишь номинально им подвластному. Александр отреагировал молниеносно и с большой жестокостью, и, по-видимому, лишь ходатайство все еще находившейся в македонском лагере матери Дария позволило удержать разгневанного царя от изгнания строптивых жителей гор с их насиженных мест. Быстро продвинувшись с частью войска вперед, Александр вскоре достиг «Персидских ворот», за которыми окопался сатрап Ариобарзан с сильным войском и твердым намерением ни при каких обстоятельствах не впускать македонянина в свою сатрапию. Совершив смелый обход, которым он, как водится, руководил лично, Александр преодолел и это препятствие. Мощными стремительными переходами он приближался к Персеполю. Здесь также находилась огромная казна, полная золота и серебра, в целости и сохранности доставшаяся в руки Александру, когда он вошел в город, опять-таки без боя.