Если суд в Вердене с уничтожением мятежников должен был сделать невозможными другие восстания, то он своей цели не достиг. Результаты оказались противоположными. Борьба, к которой призвал Видукинд, — как и прежде, душа сопротивления, — приняла теперь самые ожесточенные формы и требовала окончательного разрешения. В 783 году у Детмольда и на реке Хазе произошли два единственных открытых сражения этой войны, из которых франки вышли победителями. Их перевес становился все более ощутимым; сам Карл все дольше задерживался в Саксонии, чтобы при активной поддержке своего сына, тоже Карла, окончательно подавить сопротивление.
Ввиду такого положения, Видукинд осознал бесперспективность своих действий. Так как его борьба за свободу саксонцев и за старых богов не принесла успеха, он, как и многие германские князья, бывшие до него в подобном положении, засомневался в явно бессильных богах. Видукинд связался с франкским королем, сложил оружие и вместе со своим сподвижником Аббио и многочисленной свитой в 785 году в королевском пфальце Аттиньи принял крещение: он признал более сильного Бога. Карл лично был крестным отцом своего противника, вместе с крещением которого завершилось завоевание всей Саксонии. Фактически, в 785 г. произошло важнейшее событие саксонской войны.
Видукинд, безусловно, выдающаяся фигура среди противников Карла, очистил франкскому королю путь. С тех пор он исчезает из истории, чтобы возродиться в мифах и преданиях. Странное явление: тогда как языческий миф игнорирует конец Видукинда и увековечивает борца за свободу и «народного короля», церковные предания числят поздно принявшего христианство вождя саксонцев среди святых; в мифах он — борец против Карла, в житии — его союзник. Хотя в действительности было и то, и другое, симптоматично, что в мифах и преданиях он живет двумя разными жизнями. В этой двойственности уже вырисовывается неоднозначное немецкое историческое сознание, которое ориентировалось как на борца за свободу Видукинда (и его предшественника Арминия), так и на Карла Великого, в конце концов победившего Видукинда. Эта альтернатива уже не существует, после того как в гитлеровском Рейхе не удалась запоздалая попытка использовать мифический образ Видукинда против представленного «палачом саксонцев» Карла. Карл Великий и Видукинд продолжают жить в истории не как заклятые враги.
Если кто и поверил, что отпразднованное по всему франкскому королевству крещение Видукинда положило конец большой войне на востоке, то эта вера оказалась ошибочной. Тем не менее произошло решающее событие: Видукинд заключил мир с Карлом и Христом. Этот мир наложил отпечаток на вторую и решающую фазу саксонской войны.
Семь лет после этого молчало оружие. Карл пытался придать четкую организацию саксонской церкви. Самые перспективные миссионерские пункты, основанные на прилегающих франкских территориях, стали епископствами. Начало было положено в Бремене. Первый Бременский епископ, англосакс Виллехад, рукоположенный в сан в 787 г., прибыл из Утрехта. Уроженцем Утрехта был также Лиудгер, первый епископ Мюнстера. В Оснабрюк, ранняя история которого представляет особую проблему, прибыл епископ из Люттиха. Падерборн, который, по всей вероятности, был сделан епископством в 799 г., тоже был доверен саксонцу Хатхумару и примыкал к Вюрцбургу, Вердерн — к Оденвальдскому монастырю Аморбах, Минден — к Фульде. Бремен, Мюнстер и Оснабрюк подчинялись кельнскому епископству, Падербон, Верден и Минден — майнцскому. При Людовике Благочестивом добавились Хальберштадт и Хильдесгейм, в окрестностях которых уже в эти годы проповедовали миссионеры из Реймса и Шалона-на-Марне. Таким образом, были активизированы все прилегающие франкские территории от Нижнего Рейна до Майна для обеспечения помощи и поддержки молодой саксонской церкви.
Ее организация еще не была окончена, когда в 792 г. совершенно неожиданно саксонцы восстали, воспользовавшись отсутствием Карла, который на юго-востоке воевал с аварами. Саксонская война вступила в свою последнюю фазу. Для этой фазы характерно, что в битвах больше не участвовали все группы саксонского племени. Основным районом сопротивления теперь стали племенные округа Северной Эльбы, к которым позже присоединились соседние между Везером и Эльбой. В этом ограниченном пространстве с прежней силой разгорелись сражения, неоднократно осложненные паводками. Война снова шла с тем же чередованием франкских наступлений и саксонских мятежей. Чтобы совладать наконец с этими вечными беспорядками, Карл прибегнул к радикальному средству: массовой депортации. Согласно Эйнгарду, 10 000 саксонцев в принудительном порядке покинули родину и были расселены в различных районах франкского королевства. Их земельная собственность была или конфискована, или отдана приверженцам короля. Эта мера, которая омрачает образ Карла в наших глазах, должна оцениваться с учетом того, что более двух десятилетий длилась ожесточенная борьба, прежде чем король применил это последнее средство. Но еще важнее то, что он им и ограничился. Карл за одним-единственным исключением — кровавой бойни в Вердене — проявлял только вызванную необходимостью суровость. Последняя фаза войны характеризовалась не только принудительным переселением саксонцев, но и улучшением их правового статуса. Когда Карл со всей строгостью подавлял последнее сопротивление саксонцев, он одновременно все больше уравнивал их в правах с франками. После того как Алкуин уже несколько лет ратовал за более мягкое обращение с саксонцами, в 797 г. «Capitulatio in partibus Saxoniae» была заменена новым законом, так называемым «Capitulatio Saxonicum». Этот закон во многих случаях вместо смертной казни предусматривал денежный штраф и кроме того, был издан не в одностороннем порядке самим королем, а утвержден на Королевской Курии с согласия франков и саксонцев. Это было лишь промежуточное решение, за рамки которого Карл вышел через пять лет (снова на Королевской Курии в Аахене), дав указание задокументировать саксонское народное право. Франкский король признал древнее право саксонцев, которое было кодифицировано и приспособлено к изменившимся отношениям. В 802 г. их официальный статус был приравнен к франкскому, и они стали полномочными подданными Карла.